twocanis的博客

拿到了瘤胃液、血液、牛奶的代谢组学结果，想找出这几种体液之间差异代谢物的关联，偶然在师妹那里看到了下面这个图，描述的是两组间差异脂质类代谢物在三种体液内的分布与代谢组鉴定强度，用这样一种组合热图的方式展现，包含了每种体液包含差异代谢物的种类、差异代谢物在组间的鉴定强度、差异代谢物的分类，以及能看出共有、特有以及流向分布等信息，不只是代谢组学，同理可运用到其他多组织部位的联合组学。下面用我自己的数据描述复刻过程。more。

拿到多组学的数据后一直在找合适的方法将二者进行关联，比如我这里是三种体液的代谢组与一种体液的宏基因组。需求是对多组学进行关联分析，直到最近看到不少文章里利用Gephi将相关性表格进行可视化的图，效果还不错，于是写个过程记录自用。这里演示的是属水平的差异菌群相对丰度（宏基因组结果）与代谢组鉴定到的差异代谢物进行关联。先是计算相关性生成graphml格式文件使用Gephi软件进行可视化。

需求是对瘤胃宏基因组结果鉴定到的差异菌株与表观指标、瘤胃代谢组、血清代谢组、牛奶代谢组中有差异的部分进行关联分析，效果图如下：逗号分隔的csv格式文件，两个表格，一个是每个样本对应的表观指标数据，另一个是每个样本对应的菌群丰度，我这里用的是genus水平如果报错R版本有问题装不上（我的4.3.1版本R出现了这个报错）请尝试：

同上一篇的PCoA分析，这个也是基于公司结果基础上的再次分析，重新挑选样本，在公司结果提供的csv结果表上进行删减，本地重新分析作图。

选取不同样本属水平的丰度数据，利用r的vegan包等绘制PCoA图

分析代谢组数据，网站在线制作不同组差异代谢物的高级Venn图之UpSet图，用于比较数据集直之间的交集关系

SPSS单因素方差分析，非正态分布的秩和检验

针对代谢组学结果，根据KEGG或者HMDB分类绘制包含Fold Change变化的差异代谢产物分类图，使用到的软件包括excel、graphpad、AI等。

探究在添加物刺激下BMEC细胞脂滴分泌的变化情况，使用BODIPY染料进行脂滴染色，Beckman公司流式仪器检测，配套summit软件处理

将实验样本的代谢组进行数据可视化，利用Echarts绘制差异代谢产物分类与HMDB化学分类的旭日图