twocanis的博客

拿到多组学的数据后一直在找合适的方法将二者进行关联，比如我这里是三种体液的代谢组与一种体液的宏基因组。需求是对多组学进行关联分析，直到最近看到不少文章里利用Gephi将相关性表格进行可视化的图，效果还不错，于是写个过程记录自用。这里演示的是属水平的差异菌群相对丰度（宏基因组结果）与代谢组鉴定到的差异代谢物进行关联。先是计算相关性生成graphml格式文件使用Gephi软件进行可视化。

需求是对瘤胃宏基因组结果鉴定到的差异菌株与表观指标、瘤胃代谢组、血清代谢组、牛奶代谢组中有差异的部分进行关联分析，效果图如下：逗号分隔的csv格式文件，两个表格，一个是每个样本对应的表观指标数据，另一个是每个样本对应的菌群丰度，我这里用的是genus水平如果报错R版本有问题装不上（我的4.3.1版本R出现了这个报错）请尝试：

同上一篇的PCoA分析，这个也是基于公司结果基础上的再次分析，重新挑选样本，在公司结果提供的csv结果表上进行删减，本地重新分析作图。

选取不同样本属水平的丰度数据，利用r的vegan包等绘制PCoA图

背景**基于公司已给出的结果上做出调整（公司只给出了top10），画KEGG富集通路的气泡图，初始文件如下图代码演示> getwd() #显示工作目录> setwd() #如果上述显示不是想要的路径，可以新建一个文件夹然后设置成工作目录，方便一些原始文件以及结果图片的存放> install.packages("ggplot2",destdir="D:/RData/R-win-4.0.2/R-4.0.2/R-packages",lib="D:/RData/R-win-4.0.2

前言：这是根据B站《R语言入门与数据分析》自学整理的学习笔记。非科班出身，之前也没接触过代码，自己理解能力也比较差，所以会显得外行又笨拙，但还是希望多交流学习，才有动力持续进步。目前这个课程笔记还没完结，会边学边更新。文章目录P1 课程介绍P2 数据分析P3 数据挖掘P4 数据可视化P5 R语言介绍R语言的特点R语言的缺点P6 案例演示P7 R软件的安装P8 R软件的运行与设置P9 Rstudio左上脚本窗口左下控制台窗口右上环境和历史记录窗口右下功能模块窗口快捷键P10 Rstudio 基本操作图片另