使用freesurfer和3Dslicer进行脑区分割和电极定点（详细版）

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#ubuntu #matlab

于 2022-11-23 19:40:27 首次发布

这篇博客详细介绍了如何在Ubuntu系统下使用Freesurfer、MATLAB和Fieldtrip进行脑区分割，并通过Slicer3D进行配准。在Windows环境中，利用SlicerFreeSurfer和3Dslicer软件进行电极定点。整个流程涵盖了 dicom到nii格式的转换、脑电图数据处理、ACPC定位、MRI与CT配准以及电极自动定点的计算方法。

一、前期准备

Linux系统安装Freesurfer、MATLAB插件spm12、fieldtrip，Windows下载mricron、Slicer3D（需要插件SlicerFreeSurfer）软件

文件准备

ct 和mri t1 文件，格式为dicom，需要转换为 nii 格式（可在spm中转换）转换nii详细介绍
edf 文件，包含脑电的所有数据
电极位置图，手术计划

二、Ubantu下进行脑区分割

准备工作

1、安装好matlab和freesurfer

2、在目标位置创建文件夹
在这里插入图片描述
3、开放权限

4、将需要计算的nii文件放入文件夹

使用matlab进行计算

需要提前下载好fieldtrip并解压，设置路径（包括全部子文件夹）
1、打开mri_cut.m文件，修改位置subject00x，和ct文件的名字（代码可参考fieldtrip官网）

clc; clear; close all;

subjID = 'subject006';
ct_fname = 's0001195183-0005-00001-000384-01.nii';
mri =ft_read_mri(fullfile('/media/huang/data2/zhuqianyun/sEEG',subjID,ct_fname));

ft_determine_coordsys(mri);
cfg = [ ];
cfg.method = 'interactive';
cfg.coordsys = 'acpc';
 mri_acpc = ft_volumerealign(cfg,mri);
cfg = [ ];
cfg.filename = ['/media/huang/data2/zhuqianyun/sEEG/',subjID, '/',subjID, '_MR_acpc'];
cfg.filetype = 'nifti';
cfg.parameter = 'anatomy';
ft_volumewrite(cfg, mri_acpc)

fshome = '/home/zhuqianyun/freesurfer/';
subdir     = ['/media/huang/data2/zhuqianyun/sEEG/',subjID, '/'];
mrfile     = [cfg.filename,'.nii'];
system(['export FREESURFER_HOME=' fshome '; ' ...
'source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh; ' ...
'mri_convert -c -oc 0 0 0 ' mrfile ' ' [subdir '/tmp.nii'] '; ' ...
'recon-all -i ' [subdir '/tmp.nii'] ' -s ' 'freesurfer' ' -sd ' subdir ' -all'])