利用freesurfer6进行海马分割的环境配置和步骤，以及获取海马体积

已于 2023-10-07 14:03:55 修改
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分类专栏： FreeSurfer学习 文章标签： 算法 vim
于 2023-10-06 22:28:38 首次发布
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/xj4math/article/details/133623203
版权
本文介绍了使用Freesurfer6进行海马分割的步骤，包括Matlab Runtime的安装，运行`recon-all`命令进行海马分割，以及通过`quantifyHippocampalSubfields.sh`收集海马体积。详细步骤涉及在特定目录下检查分割结果和执行脚本。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

利用freesurfer6进行海马分割的环境配置和步骤

在这里插入图片描述

Matlab Runtime 安装

一些 freesurfer 模块，例如 fsfast 和子场/核分割工具，需要 matlab 运行时包 (MCR)。 MCR 允许用户运行分布式 matlab 编译的程序，而无需支付 matlab 许可证费用。 freesurfer 命令 fs_install_mcr 可用于安装此软件包。 MCR版本要求如下。

在 freesurfer 7.0 以上版本时，请通过运行以下命令安装 MCR 8.4 (R2014b)：

fs_install_mcr R2014b

在 freesurfer 6.0 版本时，请通过运行以下命令安装 MCR 8.0 (R2012b)：

fs_install_mcr R2012b

注意：如果 fs_install_mcr 脚本在您的 freesurfer 发行版中不可用，可以通过运行以下命令来下载：


                

                
                
        

        

    

  


        

            

                

                

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使用freesurfer进行海马亚区分割学习笔记

				
			

			

				

					weixin_52073820的博客
				

				

					04-02
					
					4944
					
				

			

		

		

			
				
前言
freesurfer是一个强大的结构像数据处理软件，除了可以分割皮层之外，还可以进行海马、杏仁核和岛叶等区域的进行亚区的分割，因此这几天学习了一下如何进行海马亚区分割，特记录下来以便今后查看
macOS系统：12.3 Monterey
fresssurfer版本：7.2.0
freesurfer官网：freesufer-fswik//HippocampalSubfieldsAndNucleiOfAmygdalai
一、安装freesurfer
目前最新版本为7.2.0，我安装的就是这个版本
打开fre

			
		

	



                

            
              



	

		

			

				
					
Ubuntu系统下MRIcroN、FSL6.0.5、Freesurfer7.1.1、ANTs、MRtrix3、AFNI的安装详解——核磁共振数据处理必备

				
			

			

				

					从事脑科学核磁共振方法学研究，在Nature communications等权威期刊发表研究论文，熟练掌握磁共振处理方法和统计学方法，欢迎大家和我交流。
				

				

					10-04
					
					5306
					
				

			

		

		

			
				
Ubuntu系统下MRIcroN、FSL6.05、Freesurfer7.1.1、MRtrix3、AFNI、ANTs的安装详解一、安装MRIcroN二、 FSL6.0.5完整安装与FSLeyes等Not Found修复Anaconda与虚拟环境（所有操作均在root下）获取最新版Anaconda3安装Anaconda3配置所有用户可用去掉恼人的base创建虚拟环境FSL与FSLeyes安装（所有操作均在root下)下载FSL安装FSL添加环境变量到/etc/bash.bashrc末尾 (ubuntu)或者 

			
		

	



              


  
              

                


	

		

			

				
					
关于Freesurfer6.0海马体的分割环境以及步骤

				
			

			

				

					qq_44748946的博客
				

				

					03-16
					
					3661
					
				

			

		

		

			
				
利用freesurfer6.0进行海马分割的步骤（亲测有效）：
在/usr/local/freesurfer路径下解压MatlabRuntime压缩包并把license.txt文件复制在该路径下
tar zxvf MatlabRuntime.gz

1，文件夹的命名规则：
要在/usr/local/freesurfer/subject/建立一个文件夹/mri/orig/*.mgz文件
SUBJECTS_DIR=/media/clm/Data/chen_hippocampus_segment/control 

			
		

	





	

		

			

				
					
freesurfer海马亚区的分割

				
			

			

				

					weixin_51192938的博客
				

				

					09-19
					
					1439
					
				

			

		

		

			
				
freesurfer

			
		

	



		

			
		



	

		

			

				
					
基于FreeSurfer的海马亚区分割

				
			

			

				

					cc1609130201的博客
				

				

					06-08
					
					2488
					
				

			

		

		

			
				
结构性海马异常在许多神经和精神疾病中很常见，海马测量的变化与认知表现和其他复杂表型（如应激敏感性）有关。随着可用于映射和体积定量的自动化算法的出现，海马亚区域得到了越来越多的研究。在通过ENIGMA联盟的努力下，一些疾病工作组正在使用FreeSurfer软件来分析患有神经和精神病症的患者及匹配对照组的海马亚区域（亚区）体积。在这个概述中，我们解释了算法的原理，总结了测量可靠性研究，并用示例数据演示了两个附加方面（亚区自相关和体积/可靠性相关性）。然后，我们解释了为改进管道协同而对海马亚区分割质量控制（QC）

			
		

	





	

		

			

				
					
使用freesurfer和3Dslicer进行脑区分割和电极定点（详细版）

				
			

			

				

					zQIANYUN的博客
				

				

					11-23
					
					4369
					
				

			

		

		

			
				
1、安装好matlab和freesurfer2、在目标位置创建文件夹3、开放权限4、将需要计算的nii文件放入文件夹。

			
		

	





	

		

			

				
					
freesurfer安装及环境配置

				
			

			

				

					weixin_51192938的博客
				

				

					09-06
					
					3023
					
				

			

		

		

			
				
freesurfer 
anzhuang

			
		

	





	

		

			

				
					
freesurfer 海马分割

					
最新发布

				
			

			

				

					03-31
				

			

		

		

			
				
### 使用 FreeSurfer 进行海马体分割的教程  FreeSurfer 是一种广泛应用于神经影像数据处理的强大工具集，能够实现大脑结构的自动分割和量化。以下是关于如何使用 FreeSurfer 对海马体进行分割的操作指南：  #### 1....

			
		

	





	

		

			

				
					
NIfTI文件在MATLAB中的高效应用：掌握关键技术

				
			

			

				

					
				

			

		

		

			
				
首先概述了NIfTI文件的结构与特点，随后深入讨论了如何利用MATLAB内置功能和第三方工具箱高效地读取和写入NIfTI文件。此外，本文还探讨了NIfTI数据的高级处理技术，包括批量处理、性能优化策略及可视化和统计分析...

			
		

	





	

		

			

				
					
freesurfer-海马/杏仁核亚区体积分割

				
			

			

				

					xxx
				

				

					09-16
					
					1936
					
				

			

		

		

			
				
海马/杏仁核亚区体积

			
		

	





	

		

			

				
					
FreeSurfer的安装教程

				
			

			

				

					10-17
				

			

		

		

			
				
FreeSurfer的安装教程，如果有问题，欢迎留言，一定全力解决

			
		

	





	

		

			

				
					
3_海马分割_海马体分割_matlab磁共振_matlab_医学图像_

				
			

			

				

					09-28
				

			

		

		

			
				
使用matlab实现脑磁共振图像的海马体分割

			
		

	





	

		

			

				
					
使用freesurfer来划分脑区

				
			

			

				

					12-08
				

			

		

		

			
				
有关脑区划分的文章，使用该文章可以为我们提供很好的思路

			
		

	





	

		

			

				
					
fsl左右海马体分割+freesurfer合并

				
			

			

				

					九久的博客
				

				

					04-27
					
					3274
					
				

			

		

		

			
				
文章目录背景bash直接运行python+nipype实现
背景
需要分割出海马体。可借鉴方法：深度学习（UNet分割），形态学上的开闭，fsl中的分割。
使用fsl种的分割时需要注意，fsl分割分为左海马和右海马
方法：使用fsl中的first命令进行分割。
先在终端输入first查看需要输入的参数：

可以看到-i 要从哪个文件进行提取， -k输出分割文件名称，-m 分割的标准文件（*.bmv），-l 做flirt时的变换矩阵。
关于*.bmv文件：fsl自带的，在fsl安装目录data/first下面

			
		

	





	

		

			

				
					
freesurfer进行海马海马亚区分割

				
			

			

				

					AliceMeng20的博客
				

				

					08-21
					
					379
					
				

			

		

		

			
				
少数freesurfer模块需要使用matlab runtime package（MCR），可以不用安装matlab，使用freesurfer指令fs_install_mcr安装MCR就可以。但是我这里显示没有segmentHA_T1.sh指令，我使用了freesurfer官网提供的一个分割方法。对于freesurfer7，需要安装 MCR 8.4 (R2014b)，运行。对于freesurfer6，需要安装 MCR 8.0(R2012b) ，运行。考虑到参考目录的问题，可以运行指令，指定运行目录。

			
		

	





	

		

			

				
					
Freesurfer 安装使用指南

				
			

			

				

					Dream19961996的博客
				

				

					12-25
					
					4407
					
				

			

		

		

			
				
Freesurfer目前只支持安装在Linux系统上
这里写目录标题FreeSurfer安装步骤FreeSurfer配准步骤
FreeSurfer安装步骤
https://blog.youkuaiyun.com/zuzhiang/article/details/107562854
安装在自己的虚拟环境里面即可：
（1）将压缩包放在/home/tj/application/里面
（2）运行命令 解压压缩包  当前路径：sudo tar -zxvf freesurfer安装包文件名
（3）改变freesurfer的文件权限

			
		

	





	

		

			

				
					
Ubuntu操作系统下安装freesurfer的详细教程

				
			

			

				

					XsiJava的博客
				

				

					09-17
					
					1478
					
				

			

		

		

			
				
请注意，本教程仅涵盖了freesurfer的安装过程，并未涉及其具体用法。您可以参考freesurfer官方文档和教程来了解更多关于如何使用freesurfer进行医学图像处理的信息。本文将详细介绍在Ubuntu操作系统上安装freesurfer的步骤和相应的源代码。在安装freesurfer之前，我们需要从官方网站下载最新版本的软件包。安装完成后，我们需要配置一些环境变量，以便系统能够正确识别和访问freesurfer。如果输出显示了freesurfer的帮助信息，则说明安装成功。

			
		

	





	

		

			

				
					
Freesurfer安装使用+可视化

				
			

			

				

					Dream19961996的博客
				

				

					04-13
					
					2380
					
				

			

		

		

			
				
FreeSurfer的安装
FreeSurfer只能在linux系统中进行安装
安装在自己的虚拟环境里面即可：
（1）将压缩包放在/home/*/application/里面（自己建的）
（2）运行命令 解压压缩包  当前路径：sudo tar -zxvf freesurfer安装包文件名
（3）改变freesurfer的文件权限：sudo chmod -R 777 ./freesurfer
（4）配置全局环境变量：sudo gedit  /etc/profile
export FREESURFER_HO.

			
		

	



              




          




        



    





    



      

      

        
      

      





	

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成就一亿技术人!

          

          

        

        

          

          

            领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝
            规则
          

        

      

      

        

          

            
              
            
            

              
hope_wisdom
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