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原创 提高小鼠繁殖率的方法

优先选择繁殖力强的小鼠品系(如CD-1、ICR、Swiss Webster等),避免使用繁殖力低的近交系(如C57BL/6)。1)把同时怀孕的LSL-Cas9小鼠放在一起,出生后可以一起承担喂奶的活。2)繁育室保持安静,放下层会好些,不经常光照,打扰几率小。4)虽然关心它,但不要频繁打扰它,会影响气味。:40-70%(过低影响泌乳,过高易滋生细菌)。(雌鼠产后发情时可直接交配,缩短繁殖间隔)。,避免频繁打扰孕鼠(减少应激导致流产)。(提高交配效率,避免雄鼠过度疲劳)。愿武艺晴小朋友一定得每天都开心!

2025-03-25 16:40:35 387

原创 CreERT2小鼠,都有哪些花样?

CreERT2

2025-03-22 11:13:01 217

原创 Genotyping的PCR程序总结

Genotyping

2025-02-18 08:58:15 191

原创 PCR-Mix总结

PCR-Mix

2025-02-10 09:02:47 382

原创 CreERT2 的诱导敲除是个啥

诱导敲除系统

2025-01-26 16:36:47 274

原创 Tamoxifen(他莫昔芬)的配置

经验分享

2025-01-18 20:00:34 469

原创 引物设计的一些规则和小Tips

验证cas9蛋白的有无

2025-01-12 12:22:21 650

原创 单链DNA寡核苷酸链的同源重组建库(CRISPR sgRNA 建库)

sgRNA pool

2025-01-06 08:50:59 346

原创 检测sgRNA的编辑效率

sgRNA 的编辑效率

2024-12-29 15:23:24 372

原创 关于画火山图(by ggplot2)的一些总结和经验

火山图 by ggplot2

2024-12-21 14:46:23 847

原创 SCENIC-Regulon的热图怎么实现?

调节子

2024-12-15 16:46:33 396

原创 GSEA展示4个样本组在转录组水平的相似性

GSEA 评价4个样本(2对)在转录组水平相似度

2024-12-07 18:19:10 546

原创 如何用Cytoscape::EnrichmentMap 可视化GSEA的运算结果?

Cytoscape::EnrichmentMap 可视化GSEA

2024-11-29 21:36:45 547

原创 如何用cytoscape画细胞通讯的结果?

细胞通讯结果的可视化

2024-11-21 15:31:10 312

原创 Copykat中如何出CNV的热图?

染色体的编号 → 拷贝数变异的情况

2024-11-14 19:18:54 922

原创 EnrichmentMap 该怎么用?方法和流程的建立过程

Enrichmentmap函数和使用方法

2024-10-31 23:26:51 587

原创 差异基因富集的通路有很多;如何进行功能的聚类分群?

功能(pathways)的聚类

2024-10-25 21:24:21 826

原创 如何识别并分类转录因子的家族

拿到对转录因子的家族分类

2024-10-17 21:28:07 487

原创 如何鉴定一段抗体序列的CDR区(CDR1、CDR2、CDR3)

抗体分区

2024-10-11 14:19:54 1542

原创 单细胞中的GSVA基因集评分怎么实现?

GSVA 基因集评分

2024-09-30 20:56:45 1121 1

原创 iRegulon的使用:去识别给定基因集合中关键的调控因子

iRegulon 的使用

2024-09-26 10:00:22 305 1

原创 解决NumbaWarning error的报错

NumbaWarning

2024-09-18 12:45:01 663

原创 基于scRNA-data,运用pySCENIC寻找细胞群里面活跃的调节子

细胞群中top pioneering forces TF

2024-09-14 21:36:28 398

原创 scRNA-data中的R值

相关性

2024-09-06 17:07:32 576

原创 jjVolcano 展示多组的差异基因,scRNA很受用

jjVolcano 火山图

2024-08-21 10:32:59 829

原创 使用ggplot2 DIY Dotplot:即能在XY轴映射2种分类

DIY Dotplot

2024-08-15 20:11:35 905

原创 多层嵌套柱状图适配了: n个scRNA-data的可视化需求

多层嵌套柱状图

2024-08-14 18:07:00 881

原创 单细胞数据怎么表现genes mRNA表达的热图?

简单热图

2024-08-04 17:43:38 371

原创 计算R velocity的方法和流程(CellRank2)

cellranger-count & velocyto & cellrank2

2024-07-28 22:44:50 938

原创 monocle3拟时序分析怎么做到多样本间pseudotime值可比?

monocle3

2024-07-19 19:51:25 478

原创 细胞通讯之cellchat的流程

cell-cell communication

2024-07-10 18:49:29 1363

原创 scRNA-data数据如何画3D PCA图?

PCA 主成分分析

2024-07-05 13:55:57 1048

原创 7.ArchR的onto整合(3)

Healthy-Like样细胞的鉴定 & Disease-Like样细胞的celltype的注释

2024-06-13 13:24:06 884

原创 7.ArchR的onto整合(2)

Healthy-like 样细胞的鉴定

2024-05-09 19:49:26 845 1

原创 7.ArchR的整合(1)

欢迎批评指正

2024-04-28 21:40:54 1207 4

原创 6.ArchR的可视化(6):发育轨迹

欢迎留言

2024-04-25 18:22:18 794 2

原创 6.ArchR的可视化(5):共可及性co-accessibility

欢迎ArchR的爱好者们的留言交流讨论

2024-04-25 12:27:19 853 1

原创 6.ArchR的可视化(4):TF的Footprint

TF的Footprint

2024-04-24 16:36:02 1817

原创 6.ArchR的可视化(3):TF的序列标识图

2)greenleaf文中的对这一部分的描述如下:We used the cell-by-peaks and the Catalog of Inferred Sequence Binding Preferences (CIS-BP) motif (from chromVAR motifs ‘human_pwms_v1’) matches within these peaks from motifmatchr ”matchMotifs(positions=out)“可视化一段序列某个位点的保守性;

2024-04-24 10:05:53 682

原创 6.ArchR的可视化(2):TF activity

#markerMotifs <- markerMotifs[markerMotifs %ni% "z:SREBF1_22"] 过滤掉很像但不是EBF1的Motif。> projHeme2 <- addGroupCoverages(ArchRProj=projHeme2, groupBy="celltype") #构建拟混池重复。> markerMotifs <- grep("z:", markerMotifs, value = TRUE) #用grep函数只提取对应特征的z-scores。

2024-04-23 10:15:32 768

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