GSEA展示4个样本组在转录组水平的相似性

愿武艺晴小朋友一定得每天都开心！ 

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4个转录组两对之间的相似性该如何衡量，文献中有一种方法是用GSEA的NES值来衡量；

具体的代码如下：

library(clusterProfiler)
library(GSEABase)
library(ggplot2)
library(fgsea)
library(enrichplot)
library(readxl)

#第一步：底部的genelist准备 (通常是所有BulkRNAseq测到的基因 n≈28000，都参加排序)

data = read_excel("./ for gsea.xlsx",sheet = "fasting vs fed")

geneList = data$`fasting/fed`
names(geneList ) = data$Name
head(geneList)
geneList = sort(geneList,decreasing = T)
head(geneList)
tail(geneList)

#第二步：上部的genelist准备

#这里可以对样本2 vs control2的转录本，取多组子集。#例如上调基因分3组：第一组是：log2FC大于0；第二组是：log2FC大于1；第三组是：log2FC大于2；#下调基因也分3组：第一组是：log2FC小于0；第二组是：log2FC小于-1；第三组是：log2FC小于-2；#然后把6组合并为一个gmt文件。

geneset <- read.gmt(file.