愿武艺晴小朋友一定得每天都开心!
Copykat:运用贝叶斯方法,并结合层次聚类,基于CNV(Copy number variation,拷贝数变异)识别整倍体和非整倍体细胞。
在这之前:我们可以先可视化每个细胞,在每条染色体上的整倍性情况。
Note:【Copykat对计算资源要求较高,建议上服务器,申请多一点的CPU和运行内存】
一共55946个细胞;启动时间(2024-11-14 09:44)到结束时间2024-11-14 16:55。
具有代码和运行步骤如下:
#Step 1:加载要使用的R包
library(Seurat)
library(data.table)
library(ggplot2)
library(devtools)
library(copykat)
library(tidyverse)
library("dlm")
#Step 2:接着就准备input的data
ifnb2 <- readRDS(file = "***/Sample.rds") ##单细胞的rds对象
Idents(ifnb2) <- ifnb2$Sample
ifnb2 <- subset(ifnb2,Sample %in% c(