单细胞中的GSVA基因集评分怎么实现?

愿武艺晴小朋友一定得每天都开心 


## 使用GSVA:score的大小来定量评价基因集在样本中的相对大小
library(GSVA)
#读取gmt文件
geneset <- read.gmt(file.path("./PreB_pathways_GSVA_score.gmt"))  #read.gmt
geneset <- split(geneset$gene,geneset$term)
geneset

Idents(fasting_memory) <- fasting_memory$Sample
fasting_memory_preB <- subset(fasting_memory,Celltype %in% c("Pre-B")) %>% subset(Sample %in% c("memory_10d","memory_35d","memory_66d"))

fasting_memory_preB <- FindVariableFeatures(fasting_memory_preB,selection.method="vst",nfeatures=2000)
genes <- VariableFeatures(fasting_memory_preB)
GSVA_exp <- AverageExpression(fasting_memory_preB,
                              #features = genes,
                              group.by = 'Sample', assays = 'RNA', slot = "data") 
GSVA_exp <

<think>好的,我现在需要帮助用户找到R语言中用于单细胞转录组富分析的代码示例。用户的问题很明确,但我要先理清思路,确保回答正确且符合他们的需求。 首先,用户提到的“单细胞转录组富分析”可能包括多种方法,比如基因分析(GSEA)、GO富、KEGG通路分析,或者像AddModuleScore这样的评分方法。根据提供的引用,特别是引用[1]提到了Seurat的AddModuleScore,这可能是一个相关的函数。此外,引用[3]提到了SCENIC用于转录因子分析,但用户的问题更偏向富分析,所以可能暂时不需要涉及SCENIC。 接下来,我需要考虑用户可能的场景。单细胞数据分析通常使用Seurat包,因此示例代码应该基于Seurat环境。同时,用户可能需要常见的富分析方法,比如clusterProfiler进行GO或KEGG分析,或者使用AUCell、GSVA等方法进行基因评分。 检查引用内容,引用[1]详细说明了AddModuleScore的使用步骤,这适用于基因评分,属于富分析的一部分。引用[2]提到了差异分析后的个性化分析,这可能包括富分析。因此,我应该结合这些信息,给出几种常用的方法示例。 用户可能需要分步骤的代码示例,所以需要结构清晰。首先介绍AddModuleScore,然后可能是clusterProfiler的GO/KEGG分析,最后可能提到AUCell或GSVA。同时,要确保代码语法正确,比如使用正确的函数名和参数。 另外,用户可能对如何准备基因、如何运行分析以及如何可视化结果感兴趣。需要确保代码示例包含这些步骤,比如读取数据、定义基因、计算得分或富结果、可视化。 还要注意引用文献的正确应用,比如在提到AddModuleScore时引用[1],在分析流程中提到引用[2]。同时,检查是否有其他需要注意的细节,比如包是否需要安装,是否需要预处理数据等,可能需要添加注释说明。 最后,生成相关问题时要围绕用户的需求,可能涉及不同方法的比较、优化方法或结果解读等。确保问题相关且有助于用户进一步探索。</think>以下是在R语言中进行单细胞转录组富分析的代码示例及解析,结合Seurat框架和常用分析工具: ### 一、基因评分法(基于Seurat) ```r library(Seurat) # 1. 读取单细胞数据 sce <- readRDS("seurat_object.rds") # 2. 定义目标基因(示例:T细胞激活相关基因) geneSet <- list( Tcell_activation = c("CD3E", "CD28", "IL2RA", "CD69"), CellCycle = c("MKI67", "TOP2A", "PCNA") ) # 3. 计算模块评分 sce <- AddModuleScore(sce, features = geneSet, name = "GS_") # 4. 结果可视化 FeaturePlot(sce, features = "GS_1", label = TRUE) # Tcell_activation评分 VlnPlot(sce, features = "GS_2", group.by = "celltype") # CellCycle评分分布 ``` 该方法适用于快速评估预定义基因的表达活性[^1] ### 二、通路富分析(基于clusterProfiler) ```r library(clusterProfiler) library(org.Hs.eg.db) # 1. 获取差异基因列表(示例) markers <- FindMarkers(sce, ident.1 = "T细胞", min.pct = 0.25) top_genes <- rownames(markers)[1:100] # 2. ID转换 gene_ids <- bitr(top_genes, fromType = "SYMBOL", toType = "ENTREZID", OrgDb = org.Hs.eg.db) # 3. GO富分析 ego <- enrichGO(gene = gene_ids$ENTREZID, OrgDb = org.Hs.eg.db, ont = "BP", # 生物过程 pAdjustMethod = "BH", qvalueCutoff = 0.05) # 4. 结果可视化 dotplot(ego, showCategory=15) + ggtitle("GO enrichment") ``` ### 三、AUCell基因 ```r library(AUCell) library(GSEABase) # 1. 构建基因 geneSets <- GeneSetCollection(list( GeneSet(c("GZMA", "PRF1", "GNLY"), setName="Cytotoxic"), GeneSet(c("CCR7", "SELL", "TCF7"), setName="Naive") )) # 2. 计算AUC值 exprMatrix <- as.matrix(GetAssayData(sce, slot = "counts")) auc_scores <- AUCell_run(exprMatrix, geneSets) # 3. 结果整合到Seurat sce[["AUC"]] <- CreateAssayObject(data = auc_scores) ```
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