如何用cytoscape画细胞通讯的结果?

愿武艺晴小朋友一定得每天都开心! 


目前,在计算细胞通讯的方法有两种:cellphoneDB(这个技术要求高,要上服务器运行)和cellchat(这个使用)。不管用哪个方法,殊途同归,我们最后会拿到细胞通讯的count 矩阵:

1) 如下所示:

2) 然后做下面的变换,变为长数据:

3) 接着导入到cytoscape中:

4)设置好source & target &count的对应的cytoscape的属性

5)选一个自己觉得好看的layout:

6)调整这些细节,让圆圆更好看一些:

7)在耐心好好调整,一顿慢慢操作下来,我就先上个草图,献丑了,当抛砖引玉了:

8)若有需要,在导出为PDF, 利于后期编辑制作:


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