差异基因富集的通路有很多;如何进行功能的聚类分群?

愿武艺晴小朋友一定得每天都开心 


preB_deg = FindMarkers(object=PreB,   
                                          ident.1="memory_35d",ident.2="fed",    #都去除以fed组
                                          logfc.threshold =1,                  #出来的基因数,条件设置宽一点,
                                         #min.pct=0.4,                           #管纳入计算的对象细胞是哪些个
                                          only.pos=FALSE)                    #管log2Foldchange的值大小

preB_deg[which(preB_deg$p_val_adj %in% NA),'change'] <- 'Not'
preB_deg[which(preB_deg$avg_log2FC >= 2 & preB_deg$p_val_adj < 0.05),'change'] <- 'Up'     #(p.adj < 0.05, log2FC >= 1)
preB_deg[which(preB_deg$avg_log2FC <= -2 & preB_deg$p_val_adj < 0.05),'change'] <- 'Down'  #(p.adj < 0.05, log2FC <= -1)
preB_deg[which(abs(preB_deg$avg_lo

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