如何用Cytoscape::EnrichmentMap 可视化GSEA的运算结果？

愿武艺晴小朋友一定得每天都开心！ 

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第一步：下载安装GSEA 4.3.3的桌面版；安装好后的界面如下图所示：

第二步：下载C5 数据集下的GO subset of BP的基因集，点击Gene Symbols，下载基因ID为Symbol号的gmt格式文件。（人和小鼠是两个不一样的链接，要按自己的实际下载）

第三步：整理表达量数据。要求是第1列为gene Symbol，第2列的数据随意，因为软件会自动忽略，但第1列和第2列的列名必须是“Name”和“Deion”，接着的其他列：为不同样本对应的表达量，然后另存为制表符分隔的txt文件。

第四步：制作表型文件。

第1行包含3个数值，必须用空格分隔，其中第1个数值为样本数，第2个数值为分组数，第3个数值必须为1。第2行为比较组标签，第1个标签必须与表达量文件第1个样本相对应，也必须用空格分隔。第3行与表达量文件的样本顺序相对应，会出现在GSEA结果中的图表中，用制表符分隔。最后，将分组文件的拓展名改为“cls”。