13、下一代测序（NGS）数据的应用：从基础概念到实际操作

下一代测序（NGS）数据的应用：从基础概念到实际操作

一、基础概念

在深入了解 NGS 数据的应用之前，我们需要先熟悉一些关键的术语：
- 基因座（Locus） ：基因组中的一个遗传位置，它可以有多种不同的等位基因形式，这些等位基因通常可以通过分子或表型标记进行追踪。
- 数量性状基因座（Quantitative trait locus, QTL） ：位于基因座上的一段 DNA 序列，它与数量性状（如身高、产量等）的变异相关。数量性状的程度可以变化，并且受到许多基因和环境的影响。
- 异交群体（Outcross population） ：由两个遗传上不同的亲本产生，通常会产生全同胞后代。
- F2 群体 ：通过两个不同自交系亲本产生的 F1 代自花授粉，或 F1 代植株之间杂交而产生。
- 回交群体（Backcross, BC） ：将 F1 代个体与其中一个亲本进行杂交而产生。
- 重组自交系（Recombinant inbred line, RIL） ：通过 F2 代个体自交产生，通常需要 8 代或更多代。单粒传法可以加速这个过程，在生长条件较差的情况下，植物会提前开花并减少种子数量，每一代只选取一粒种子进行繁殖。

此外，还有一些其他的概念：
- 群体结构和隐蔽亲缘关系 ：群体结构通常描述了大群体个体之间遥远的共同祖先关系，而隐蔽亲缘关系则指小群体个体之间近期的共同祖