6、测序数据质量检查与比对实用指南

测序数据质量检查与比对实用指南

1. 测序数据质量检查

1.1 测序污染问题检查

测序数据可能会受到引物、接头或其他污染物的影响。为了确定具体使用的引物和接头，可联系测序服务提供商，以防FastQC提供的列表不是最新的。污染问题的结果存于 contaminated_fastqc 文件夹中，重点关注“Overrepresented sequences”表，从“Possible Source”列可知，问题由双端PCR引物和接头导致。

FastQC是一个全面的测序数据质量检查程序，更多信息可访问 http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk 。

1.2 Fastx - toolkit安装

完成数据集质量检查后，需为后续的比对工作准备数据。Fastx - toolkit是用于FASTQ文件预处理的工具集，可从 http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/download.html 下载。

在Linux环境下的安装步骤如下：

$ wget http://hannonlab.cshl.edu/fastx_tool - kit/fastx_t