samtools 检测bam文件的完整度

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这篇博客介绍了如何使用Samtools工具来检查BAM文件的完整性和一致性。通过`samtools view`命令结合`head`和`tail`来验证文件头尾信息，并使用`for`循环遍历所有BAM文件，结合`samtools quickcheck`进行快速检查。这有助于确保生物信息学分析中的数据质量。

检测bam文件的完整度

samtools view T_recal.bam|head 
samtools view T_recal.bam|tail 

for i in *.bam ;do (samtools quickcheck $i && echo "ok" || echo $i error);done
【bioinfo】samtools stats 输出结果解读
lillianqdzpw
07-15 6358
参考： samtools stats # sam or bam input $ samtools stat test.sam > test_sam_stat.txt
conda安装samtools安装 ，查看sam文件bam文件 如何查看bam文件的内容读取bam读取bam查看bam文件
生信小博士的博客
03-16 2818
您可以使用samtools或其他类似的工具来查看BAM文件的内容。这些命令可以在命令行中直接运行，也可以通过脚本自动化执行。您可以在samtools的官方文档中查找更多信息和示例。如何查看bam文件的内容。
bam文件读取_检测bam文件的完整度-流程之殇
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12-21 3565
本来以为有bai文件就说明是流程运行是完整的，事实上我还是太年轻，最近处理一个 600个病人的肿瘤WES数据，走流程过程发现卡在CNVKIT，部分样本出现了:File"pysam/libcalignmentfile.pyx",line729,inpysam.libcalignmentfile.AlignmentFile.__cinit__File"pysam/libcalignment...
samtools常用命令详解
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samtools常用命令详解 http://www.plob.org/2014/01/26/7112.html 1. view view命令的主要功能是：将sam文件转换成bam文件；然后对bam文件进行各种操作，比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作是对bam文件进行的，因而当输入为sam文件的时候，不能进行该操作)；最后将排序或提取得到的数据输出为bam
文件的读写基本操作
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一、文件是计算机中数据持久化存储的表现形式 读写文件标准操作格式1： 1、打开文件：file1 = open('文件名','读写模式') 2、操作文件 3、关闭文件：file1.close() 文件操作完毕后必须关闭，否则长期保持对文件的连接状态，造成内存溢出的现象发生 读写文件操作格式2： # 1、打开文件 file1 = open('demo.txt','w') # 2、操作文件 file1.write('hello world') # 3、关闭文件 file1.close() 1、打开文件：wi
samtools直接查看bam文件
hs6605015的博客
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SAM和BAM是序列比对之后常用的输出格式，比如tophat输出BAM格式，bowtie和bwa等都采用了SAM格式。BAM格式其实就是SAM格式的二进制格式，占用存储空间更小。samtools由中国学者开发，专门用于sam/bam格式文件的各种操作。 1）查看BAM/SAM格式文件 samtools view [‐bhuHS] [‐t in.refList] [‐o output] [‐f reqFlag] [‐F skipFlag] [‐q minMapQ] [‐l library] [‐r read‐
生信分析常见文件——BAM文件
pumc_2023的博客
10-13 6168
比对软件将质控后的fq格式文件与参考基因组进行比对后。
linux怎么查看一个bam文件,生信分析过程中这些常见文件的格式以及查看方式你都知道吗？...
weixin_32052253的博客
04-28 8031
原标题：生信分析过程中这些常见文件的格式以及查看方式你都知道吗？生信分析过程中，会与很多不同格式的文件打交道，除了原始测序数据 fastq 之外，还需要准备基因组文件 fasta 格式和基因注释文件 gtf 格式。在分析的过程中还会有众多中间文件的生成，如 bed 、 bed12 、 sam 、 bam 、 wig 、 bigwig 、 bedgraph 等，生成后我们一般会查看下内容了解文件每一...
bam文件读取_比对文件BAM/CAM深度检测好用工具：Mosdepth
weixin_42520909的博客
12-23 1801
做完比对后，最直接的一个问题就是想知道：你的reads比对上了哪些区域没比对上哪些区域，有多少reads比对上特定的区域(该区域比对深度)。传统手艺一般可以使用 bedtools cov或者 samtools depth来直接实现，但是受限其速度，这些工具我个人用起来体验不太好，特别是对文件大小很大的BAM file。今天就给大家推荐一款我觉得非常好用，速度很快的比对文件BAM/CAM深...
linux怎么查看一个bam文件,Linux常规操作笔记
weixin_32661831的博客
04-28 4107
前言这个教程源于曾健明，题库地址为其博客。所使用的Linux系统是曾健明的服务器，服务器信息如下：/usr/local/bin/miniconda3/bin路径下面安装了生物信息学软件，可以使用全路径调用它们，或者添加该目录到环境变量。两个练手数据：2.1 转录组数据：/public/study/mRNAseq/tair/的转录组的测试数据，具体教程可以看其博客：http://www.bio-in...
samtools sam查看工具
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samtools是一种多方式处理sam文件的工具，可以将sam文件转换盛bam文件，序列map结果的浏览，call SNPs，计算覆盖深度等
使用Python处理BAM的方法
01-21
在上一篇的文章里我详细介绍了BAM（SAM/CRAM）的格式和一些需要注意的细节，还说了该如何使用samtools在命令行中对其进行操作。但是很多时候这些操作是不能满足我们的实际需要的，比如统计比对率、计算在某个比对质量值之上的read有多少，或者计算PE比对的插入片段长度分布，甚至需要你根据实际情况编写一个新的变异检测算法等。这个时候往往难以直接通过samtools来实现【注】，而是需要编写专门的程序进行计算。因此，在这一篇文章里我们就一起来学习应该如何在程序中借助Pysam来处理BAM文件。 【注】关于统计比对率其实是可以通过samtools stats计算获得的。不过我们这篇文章不是为了
samtools学习及使用范例,以及官方文档详解
GRC
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本文章主要参考“菜鸟”的新浪博客，自己只是把自己操作的过程记录下来，供大家参考。 #第一步：把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件 system"samtools view -bS map.sam > map.bam"; #第二步：sort 一下 BAM 文件,得到map.sorted.bam system"samtools sort map.bam map.sorted"
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Samtools(CentOS Linux)安装及常用命令详解Samtools(CentOS Linux)安装及常用命令详解序列比对(将测序reads与已知序列信息的基因或基因组进行比对)是高通量测序数据分析中最重要的一环，无论是转录组还是重测序都是基于比对结果来进行后续各项分析的，比对结果格式比较常见的是sam和bam文件，例如转录组Tophat分析软件输出的比对结果为.bam文件，而重测序中B...
RNA-seq流程学习笔记（9）-使用RSeQC软件对生成的BAM文件进行质控
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参考文章： 用RSeQC对比对后的转录组数据进行质控 高通量测序质控及可视化工具包RSeQC RSeQC使用笔记 在A survey of best practices for RNA-seq data analysis里面，提到了人类基因组应该有70%~90%的比对率，并且多比对read（multi-mapping reads）数量要少。另外比对在外显子和所比对链（uniformity of read coverage on exons and the mapped strand）的覆盖度要保持一致。 R
samtools及bam文件的相关知识
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文章目录一些重要的概念首先是关于模板和read的概念然后是线性比对(linear alignment)和嵌合比对(chimeric alignment)的概念Phred scale1-base和0-base文件bam文件的headerbam文件的主要内容 本文主要记录了阅读http://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf 时学习到的一些内容 主要包括bam...
bam文件读取_bam格式文件处理大全(一）
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VincentLuo91的博客
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SAM和BAM是序列比对之后常用的输出格式，比如tophat输出BAM格式，bowtie和bwa等都采用了SAM格式。BAM格式其实就是SAM格式的二进制格式，占用存储空间更小。samtools由中国学者开发，专门用于sam/bam格式文件的各种操作。 1）查看BAM/SAM格式文件     $ samtools view [‐bhuHS] [‐t in.refList] [‐o ou
Samtools应用指南-处理Sam与Bam文件
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检查bam文件完整性
最新发布
03-30
<think>好的，用户想了解如何验证BAM文件的完整性，以及有哪些工具可以使用。我需要先回忆一下相关的知识，然后结合提供的引用内容来组织答案。 首先，根据引用[1]和[2]，md5sum是一个常用的文件完整性校验工具，适用于任何文件类型，包括BAM文件。用户可以通过生成MD5校验和文件，然后在需要验证的时候使用md5sum -c命令来检查。这可能是一个直接的方法，但需要确保在传输或存储过程中生成了正确的MD5值。 接下来，引用[3]提到Mosdepth工具主要用于BAM文件的深度检测，虽然主要功能不是完整性检查，但处理BAM文件时可能会发现某些错误。如果文件损坏，工具可能会报错，但这种方法可能不够全面，属于间接检测。 然后，引用[4]中的RSeQC软件用于BAM文件的质控，虽然主要关注比对质量，但像bam_stat.py这样的命令可以检查BAM文件的结构问题，比如头信息或索引错误，这也属于完整性检查的一部分。 此外，samtools是一个处理BAM文件的常用工具，使用samtools quickcheck命令可以快速检查文件是否有明显的损坏，比如格式错误或索引缺失。而samtools view -t命令尝试读取整个文件也能帮助发现错误，特别是数据损坏的情况。 需要将这些方法分门别类，可能分为直接校验（MD5）、工具检查和软件命令检查。用户可能需要知道每种方法的适用场景，比如MD5适合传输后的校验，而samtools或RSeQC适合日常处理前的快速检查。 另外，用户可能想知道这些工具的具体使用步骤，比如md5sum的生成和验证命令，samtools quickcheck的使用示例。同时，注意事项也很重要，比如MD5的预先生成和存储，不同工具的检测侧重点。 可能还需要比较这些方法的优缺点，比如MD5只能检测完整传输，不能发现文件内部结构问题，而samtools能够检查格式错误。这样用户可以根据具体情况选择合适的方法。 最后，生成相关问题时要围绕BAM文件的完整性扩展，比如如何批量检查、其他校验工具、完整性对分析的影响，以及修复损坏文件的方法。这些问题可以帮助用户进一步了解相关主题。</think>### BAM文件完整性检测方法及工具 #### 一、直接校验方法（MD5/SHA校验） 1. **MD5校验** 通过生成文件的MD5哈希值，比对传输前后的哈希值是否一致，可验证文件是否完整。 - **生成校验文件**： ```bash md5sum ./*.bam > bam_md5.txt ``` - **验证完整性**： ```bash md5sum -c bam_md5.txt ``` 若输出全部标记为`OK`，则文件完整[^1][^2]。 2. **SHA校验** 类似MD5，但采用更安全的哈希算法（如SHA-256），命令为`sha256sum`，用法与`md5sum`一致。 --- #### 二、专用工具检测 1. **samtools快速检查** `samtools`是处理BAM文件的常用工具，可通过以下命令快速检测文件完整性： ```bash samtools quickcheck your_file.bam ``` - 若无输出，表示文件基本完整；若报错（如`ERROR`或`corrupted`），则文件可能损坏[^3]。 2. **samtools深度读取验证** 通过尝试读取整个文件来检测数据块是否损坏： ```bash samtools view -@ 8 -h your_file.bam > /dev/null ``` - 若命令执行无报错，则文件可正常读取。 3. **RSeQC的`bam_stat.py`** RSeQC工具包中的`bam_stat.py`可检测BAM文件结构问题： ```bash bam_stat.py -i your_file.bam ``` - 输出会显示文件头信息、比对记录数及潜在错误[^4]。 4. **Mosdepth间接检测** Mosdepth处理BAM文件时，若文件损坏会直接报错，可通过运行以下命令验证： ```bash mosdepth test your_file.bam ``` --- #### 三、注意事项 1. **MD5校验的局限性** MD5仅能验证文件内容是否一致，无法检测BAM内部结构错误（如索引缺失）。需结合`samtools`等工具进行综合验证。 2. **索引文件的关联性** BAM文件的索引（`.bai`）需与主文件匹配，若索引损坏，需用`samtools index`重新生成。 ---
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