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RSS订阅原创 肝癌造模常用方法
这两种自由基都是高反应性的，可诱导复杂的细胞改变，从而导致肝毒性损伤、炎症、纤维化、肝硬化和肝细胞癌。二乙基亚硝胺 （DEN） 和四氯化碳 （CCl4） 诱导的 HCC 小鼠模型几乎概括了 HCC 纤维化和炎症的特点，最常用来建模。化学诱导的 HCC 模型通常涉及作为引发剂的遗传毒性致癌物和作为肿瘤促进剂的非遗传毒性致癌物。随后，这种自由基与核酸、蛋白质和脂质发生反应，从而损害关键的细胞过程，导致脂质代谢改变（脂肪变性和脂肪变性）和蛋白质含量降低。，发现羟脯氨酸和甘油三酯水平升高，整体肝功能进一步下降。
2025-01-05 21:28:44
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原创 RNA-Seq去批次
芯片数据与处理过的非count数据可以使用SVA包的combat函数和limma包的removeBatchEffect函数。本次count数据使用combat-Seq去批次效果不明显，可能原因：数据之间本身批次小；ComBat-seq使用负二项回归模型来去除批次效应，通过将原始数据映射到预期分布来提供调整后的数据。目前常用的去批次的软件有combat、combat_seq、removeBatchEffect。使用combat和removeBatchEffect对count数据进行去批次，可行性有待商榷。
2024-12-23 16:56:02
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原创 巨噬细胞与肿瘤
巨噬细胞属于，具有很强的变形运动能力，可以吞噬杀伤清除病原体。作为专职抗原提呈细胞，具有摄取、加工提呈抗原引发适应性免疫应答的能力。大多数病原体通过呼吸系统、肠粘膜、皮肤损伤或泌尿生殖道进入宿主。由于巨噬细胞聚集在粘膜下层组织中，它们通常是第一个遇到病原体的防御细胞。当某些吞噬细胞受体与病原体表面相互作用时，吞噬作用就开始了。
2024-12-17 19:25:27
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原创 NF-κB通路
Nuclear Factor kappa-light-chain-enhancer of activated B cells） 主要由NF-κB1（p105/p50）、NF-κB2（p100/p52）、p65（RELA）、RELB 和 c-REL 组成。） NF-κB 信号转导中，CD40、RANK、LT-βR 和 BAFF-R 激活 NIK，从而进一步磷酸化 IKKα 并促进 p100 降解为 p52。） NF-κB 信号转导主要由 BCR、TCR、TLR、IL-1R 和 TNFR 激活。
2024-12-17 16:08:10
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原创 标准差与标准误
标准差：描述个体值间的变异，标准差较小，表示观察值围绕均数的波动较小，说明样本均数的代表性就越好。标准误：描述样本均数的抽样误差，标准误较小，表示样本均数与总体均数较接近。说明样本均数的可靠性。误差（error ） 是指观测值与真实值、样本统计量与总体参数之间的差别。标准差与标准误都是变异指标，说明个体值之间差异是用标准差，说明样本均数之间差异时用标准误。：衡量样本均值作为总体均值估计的精确度，即不同样本均值之间的变异程度，用来衡量标准误差。标准误=标准差 / N的根号。标准差是对均数的偏离。
2024-12-03 19:35:51
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原创 Wnt/β-catenin 信号通路
Wnt 信号通路包括非经典和经典通路。非经典 Wnt 通路独立于 β-catenin-T 细胞因子/淋巴增强子结合因子 （TCF/LEF），例如 Wnt/Ca2+通路和非经典 Wnt 平面细胞极性。经典 Wnt 通路，也称为 Wnt/β-catenin 通路，涉及 β-catenin 的核转位和通过 TCF/LEF 转录因子激活靶基因。核段主要包括 β-catenin，它易位到细胞核、TCF/LEF 家族成员和 β-catenin 下游靶基因，如 MMPs 和 c-Myc。
2024-11-28 21:18:29
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原创 SNP基本概念
如文献中发现炎症通路（TNF-a、IL-1b、IL-10、TGF-b等）、铁代谢（HFE1）、氧化应激通路（GSTM1、SOD2、MPO等）、DNA修复机制（MTHFR、TP53、MDM2等）基因中的多个 SNP 与 HCC 发生相关。NC_000023.9 是第 9 版本 NCBI 中人类的 X 染色体的编号，在参考序列之后紧跟着一个冒号，用于分隔参考序列和突变信息，g代表基因组序列，g.32317682代表在基因组上的位置， G>A表示由G碱基突变成A碱基。c——编码蛋白的DNA序列；
2024-11-28 19:59:24
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原创 CCLE 数据库
输入目的细胞名称，待跳出如下页面后，一直下拉页面到如下图所示，看到Mutation词条，此时显示的就是该细胞中有突变的基因list，同样Fusion的词条是融合的基因list，Translocation的词条则是一些易位的基因list（友情提醒：这些都是可以下载的信息哦~）选择Mutations模块下面的View details in the Characterization tab按钮，左下角可以下载细胞List在Excel中进行筛选。
2024-11-27 15:44:30
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原创 Transwell assays
细胞迁移是细胞在外界信号（如：药物或趋化因子等）的作用下，细胞通过穿越细胞外基质（ECM）和基底膜等屏障，从一个区域迁移到另一个区域。这种细胞行为通常与恶性肿瘤的进展和转移密切相关，因为肿瘤细胞需要侵袭周围组织以获取营养和生长空间，从而实现远处转移。而侵袭则是指肿瘤细胞突破基底膜并向周围组织浸润的行为，这是肿瘤细胞恶性程度的一种体现。，以便通过狭窄的通道或空隙。从实验目的来看，Transwell迁移实验主要用于评估细胞的迁移能力和运动能力，以及研究。通过计算穿过膜孔的细胞数量，可以评估细胞的迁移能力。
2024-11-21 14:42:41
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原创 干扰素分型与产生
在人类细胞中，I 型 IFN 包括 IFN-α 的 13 个亚型、IFN-β以及 IFN-ε 和 IFN-ω 组成。III 型 IFN包括 IFN-λ1、IFN-λ2、IFN-λ3和 IFN-λ4，前三种与白细胞介素 10 （IL-10） 在结构上相关，IFN-λ4与 HCV 感染清除受损有关。II 型 IFN 类只有一个成员：IFN-γ。对于许多病毒感染，这会导致干扰素 （IFN） 的产生和分泌，干扰素对先天免疫至关重要，也对适应性免疫反应产生深远影响。图1：I型和III型IFN信号级联的简化示意图。
2024-11-20 09:22:07
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原创 NOTCH Signaling
另一项研究表明，在 HBV 相关的 HCC 组织中，Notch1 或 Notch4 的表达与 HBx 相关，表明 HBx 可能通过调节 Notch 通路在致癌作用中发挥作用。在高尔基体中，转化酶裂解 Notch 跨膜区细胞外片段中的 S1 位点，导致形成两个不同的片段：NECD 和 TMD。配体激活的 Notch 受体通过与 DNA 结合的 CSL 辅阻遏蛋白复合体相互作用来启动下游靶基因的转录，形成经典的 Notch 信号通路。然而，在各种人类恶性肿瘤中越来越多地观察到 Notch 信号通路的失调。
2024-11-16 14:20:29
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原创 注释SNP和INDEL
ANNOVAR软件是由perl语言编写的，主要包含三种不同的注释方法：gene-based, region-based 和filter-based。基于基因的注释揭示 variant 与已知基因直接的关系以及对其编码蛋白产生的功能性影响，基于区域的注释揭示 variant 与不同基因组特定段的关系，例如：它是否落在转录因子结合区域等，基于筛选的注释则分析 variant 是否位于指定的数据库中，比如dbSNP, 1000G，ESP 6500等数据库。
2024-10-27 20:27:51
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原创 GATK下载报错处理
运行GATK报错：GATK jar file not found. Have you run "gatk-register"?conda下载GATK：conda install -c bioconda gatk。解压缩：unzip gatk-4.6.0.0.zip。运行：gatk-register。下载到 WINDOWS 再上传到 LINUX。将 gatk 路径改为绝对路径！
2024-10-23 14:35:36
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原创 生信分析常见文件——fasta和fatsq文件
余数就是这个值，，表示到达下一个密码子需要跳过的碱基个数。该编码区第一个密码子的位置，取值。表示该编码框的第一个密码子的第一、二个碱基位于该编码区外；得分，数字，是注释信息可能性的说明，可以是序列相似性比对时的。注释的来源，一般为数据库或者注释的机构，如果未知，则用点“表示该编码框的第一个密码子的第一个碱基位于该编码区外；表示该编码框的第一个密码子第一个碱基位于其。来说，本列指定下一个密码子开始的位置。序列）以及相应的质量评价的文本格式。有效，表示起始编码的位置，有效值为。：序列的编号，一般为。
2024-10-20 16:58:41
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原创 常见LINUX基本操作
改变工作目录位置 cd（cd /dir-name1/dir-name2 改变目录位置，至指定的绝对路径；cd ..返回上级目录改变目录位置，至上一级目录下的user目录2. 显示目录文件 ls（list）ls：显示当前目录下文件；ll：显示目录下所有文件的许可权、拥有者、文件大小、修改时间及名称；ll -h：显示文件大小。
2024-10-19 19:56:41
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原创 RNA-Seq上游分析（LINUX）（简洁版本）
查看左右以TR_R1.fastq.gz结尾的文件，使用cut命令，以“_”为分隔符（-d "_"），选择第一个字段（-f 1），进行排序和去重，写入sample_ids.txt文本文件中。##搜索当前目录，选择FastQC的输出文件，使用8个计算机内核，制作所有样本的汇总html报告。下载网页打开.html文件。2. Fastqc先看一下原始数据质量（Fastqc这步可做可不做，可直接做后边的Trimmomatic）6. 基因定量得到count文件。5. 与参看基因组比对。
2024-10-16 20:26:49
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原创 转录组质控及结果解读
如果'Per base sequence content'参数的结果中出现很大异常的话(比如碱基G的曲线出现明显的波动)，很可能提示原始下机数据中出现了很大比例的重复read，这些重复的reads虽然本身的测序质量可能没有问题，但是有可能导致最终可。该选项将使用 4 个碱基的窗口扫描读数，如果这些碱基的平均质量低于 15，则将其删除。如果'Per base sequence quality' 太差的话，说明数据的质量远没有达到符合要求的Q30或着Q20的比例，这样测到的reads很多。
2024-10-16 20:06:29
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原创 VCF文件
1. CHROMchromosome变异位点所在染色体位置；2. POS（position变异位点相对于参考基因组所在的位置，如果是indel，就是indel第一个碱基位置。3. ID（identifiervariant的 ID。如果 call 出来的 SNP 存在于 dbSNP 数据库是NCBI中专门用于存储物种SNP位点信息的数据库里，就会显示相应的 dbSNP 里的 rs 编号；若没有，则用 ’.’ 表示其为一个新变体。4. REF（）：在这个变异位点处，
2024-10-13 18:24:22
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原创 conda配置环境
conda env list #查看conda创建的所有环境。，创建环境：conda create -n [env_name]，激活环境：conda activate [env_name]开始一个新项目，只需要创建一次环境，但是。
2024-07-02 22:31:32
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原创 ELISA数据分析——EXCEL做标曲拟合
R平方值必须≥0.99，由于实验操作等原因导致。第四步，利用得到的y与x的公式进行计算浓度。第三步，添加趋势线，一般用线性拟合。该分析方法同样适用于。
2024-07-02 21:54:15
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空空如也
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