UCSC参考基因组下载(最新版hg38)----> bwa 建立参考基因组index
详见:https://zhuanlan.zhihu.com/p/383252096
UCSC主页:https://genome.ucsc.edu/
点击Downloads中的Genome Data
根据自己的需要选择物种,这里以Human为例,下载hg38
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分别复制hg38.fa.gz和md5sum.txt这两个文件链接,进行后续下载
# hg38 reference文件
wget https://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38/bigZips/latest/hg38.fa.gz
# hg38 md5sum文件,用于检查hg38 reference文件是否完整
wget https://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38/bigZips/latest/md5sum.txt
md5sum hg38.fa.gz
bwa 建立参考基因组index
nohup bwa index hg38.fa -p /xxx/hg38.fa 2>>hg38.fa_index.log &