UCSC参考基因组下载----> bwa 建立index

该文详细介绍了如何从UCSC官网下载最新版的hg38参考基因组文件,并使用bwa工具建立基因组索引。首先,访问UCSC网站下载hg38.fa.gz和md5sum.txt,接着使用md5sum检查文件完整性,最后通过bwa的bwaindex命令创建索引。

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UCSC参考基因组下载(最新版hg38)----> bwa 建立参考基因组index
详见:https://zhuanlan.zhihu.com/p/383252096

UCSC主页:https://genome.ucsc.edu/
点击Downloads中的Genome Data
UCSC主页

根据自己的需要选择物种,这里以Human为例,下载hg38
点击第三个红色框框,跳转到新的网页
在这里插入图片描述

下拉到底部,点击latest下载最新的文件
在这里插入图片描述

分别复制hg38.fa.gz和md5sum.txt这两个文件链接,进行后续下载
在这里插入图片描述

# hg38 reference文件
wget https://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38/bigZips/latest/hg38.fa.gz
# hg38 md5sum文件,用于检查hg38 reference文件是否完整
wget https://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38/bigZips/latest/md5sum.txt
md5sum hg38.fa.gz

bwa 建立参考基因组index

nohup bwa index hg38.fa -p /xxx/hg38.fa 2>>hg38.fa_index.log &
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