Barcode拆分获取样本Fastq数据最佳实践

生信与基因组学

已于 2023-12-09 14:34:52 修改

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分类专栏：生信分析项目实战技能合集文章标签： linux python

于 2023-12-09 13:56:21 首次发布

本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/LittleComputerRobot/article/details/134894311

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本文介绍了一种用于拆分双端和单端测序数据的 Barcode 方法，详细阐述了程序调用方式、示例以及结果分析。支持设置容错碱基个数、生成反向互补序列等选项，并提供了程序代码获取途径。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

最佳实践

关于《生信项目最佳实践》、《生信算法》和《基因组学》等内容本人将只发布于本人的微信公众号，《生信项目技能合集》《生信软件》《Python》《R语言》可在本人的优快云和知乎（生信与基因组学）一同发布，希望和大家一起进步，本人能力有限，如果错误请及时指正。

程序调用方法

支持双端测序下机数据和单端测序下机数据按barcode list拆分

其中 -r1 为read1.fq.gz文件；

-r2为read2.fq.gz文件

-e 为容错碱基个数（默认单端1个碱基，双端2个碱基）

-rc 是否生成barcode反向互补序列，默认Y

-c 是否压缩，默认Y

-o 输出结果目录

-h 帮助

-s 样本表文件

程序调用示例

Example:

# 双端测序数据拆分
perl splitBarcode.pl -r1 read1.fq.gz -r2 read2.fq.gz -e 2 -f 101 -bl 10 
-b barcode.list -o /path/outdir -s S22051201_V350087067_HISEQ_samples.csvv


# 单端测序数据拆分
perl splitBarcode.pl -r1 read1.fq.gz -e 1 -f 52 -bl 10 -b barcode.list 
-o /path/outdir -s S22051201_V350087067_HISEQ_samples.csvv

拆分结果

在这里插入图片描述

程序代码

通过公众号获取源代码
https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg2NDkxNTEzNw==&mid=2247483686&idx=1&sn=11aaca6eafa26136ad1fc51d7a46645b&chksm=ce635a88f914d39e6bd555f94610f850cdc3225aa9d926fba634e6c192fb8e1afc4eb0107a9a#rd