生信数据分析高效Python代码

1. Pandas + glob获取指定目录下的文件列表

import pandas as pd
import glob

data_dir = "/public/data/"
# 获取文件后缀为.txt的文件列表
df_all = pd.concat([pd.read_csv(f, sep='\t') for f in glob.glob(data_dir + '*.txt')])
print(df_all)

2. 使用 enumerate 函数获取索引和值

# A-K 字母列表
letter = [chr(ord('A') + i) for i in range(0, 11)]

# 输出索引和值
for idx, value in enumerate(letter):
    print(f"{
     
     idx}\t{
     
     value}")

3. 使用 zip 函数同时遍历多个列表

# 0-10 数字列表
number = [n for n in range(0, 11)]
# A-K 字母列表
letter = [chr(ord('A') + i) for i in range(0, 11)]

for number, letter in zip(letter, number):
    print(f"{
     
     letter}: {
     
     number}")
    
# 0: A
# 1: B
# 2: C
# 3: D
# 4: E
# 5: F
# 6: G
# 7: H
# 8: I
# 9: J
# 10: K

5. 使用uuid生成唯一编号

import time
import uuid

run_id = (time.strftime("%Y%m%d%H", time.localtime()) + str(uuid.uuid1())[:4])[2:]
print(run_id)
# 24052909e1f9

6. 快速生成24条染色体名称列表

list_chrom = ['chr' + str(i) for i in range(1, 23)] +