生信技能26 - BWA比对、去除PCR重复和统计最佳实践

生信与基因组学

已于 2023-08-14 21:30:52 修改

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分类专栏：生信分析项目实战技能合集文章标签： python 人工智能开发语言

于 2023-08-14 20:07:44 首次发布

本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/LittleComputerRobot/article/details/132280718

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本文详细介绍了使用BWA进行比对，去除PCR重复，并进行统计的最佳实践。通过配置文件、主程序代码及运行指令，生成了.bam、.rmdup.bam、.coverage和.log文件。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

bwa mem比对、去除PCR重复和统计最佳实践

获取软件的安装位置可以通过which bwa / which samtools 查看软件所在路径。

一、编写配置文件

config.ini 配置文件与程序位于同一目录，内容如下：

[Reference]
hg19 = /public/analysis/pipeline/reference/hg19/ucsc.hg19.fa

[Bin]
chrome_length = /public/analysis/pipeline/input/bin/chr_length

[Software]
bwa = ~/anaconda3/envs/bin/bwa
samtools = ~/anaconda3/envs/bin/samtools

chr_length文件内容如下：

chr1 249250

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