生信技能26 - BWA比对、去除PCR重复和统计最佳实践

bwa mem比对、去除PCR重复和统计最佳实践

获取软件的安装位置可以通过which bwa / which samtools 查看软件所在路径。

一、编写配置文件

config.ini 配置文件与程序位于同一目录，内容如下：

[Reference]
hg19 = /public/analysis/pipeline/reference/hg19/ucsc.hg19.fa

[Bin]
chrome_length = /public/analysis/pipeline/input/bin/chr_length

[Software]
bwa = ~/anaconda3/envs/bin/bwa
samtools = ~/anaconda3/envs/bin/samtools

chr_length文件内容如下：

chr1 249250621
chr2 243199373
chr3 19802