2021.07.05【R语言】丨预测lncRNA并绘制venn图

摘要

接到一个单样品测lncRNA数据的项目，正好拿来练练手，梳理一下lncRNA流程。这里记录预测lncRNA并生成venn图的过程

环境与方法

R version 3.6.3 (2020-02-29)

依赖工具

预测工具

CPC2
CNCI
Pfam
CPAT

绘制工具

R:VennDiagram

使用命令

预测lncRNA

CPC2
#更换env
conda activate py27
python ~/soft/CPC2-beta/bin/CPC2.py -i lncRNA_candidate.fasta -o cpc2_result.txt &
CNCI
python2 ~/soft/CNCI-master/CNCI.py -f lncRNA_candidate.fasta -o CNCI_result.txt -m ve -p 16
Pfam
conda