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RSS订阅原创 rnaseq_将lncRNA和mRNA进行相关性分析
将lncRNA和mRNA进行相关性分析，并把r值和p值写入文件中做出来的r值和p值长这样接下来将其转换成长矩阵并合并成一个csv文件，以便于下一步Cytoscape绘制相关性网络图导出的csv文件就可以直接使用Cytoscape软件进行后续分析新建一列flag，将大于0的为正号，r小于0为负号。
2024-04-03 16:06:45
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原创 rnaseq_基因表达的时间序列分析（mfuzz）
是用来进行不同时间点转录组数据表达模式聚类分析的R包。它能够识别表达谱的潜在时间序列模式，并将相似模式的基因聚类，以帮助我们了解基因的动态模式和它们功能的联系。可以看出，cluster7和cluster8的变化较为显著，于是提取cluster7和cluster8中的基因进行后续分析。得到时序分析图，分为八个cluster。读取count矩阵并对其进行标准化。设置工作路径以及加载包。
2024-04-03 15:39:44
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原创 rnaseq_筛选表达矩阵中的lncRNA
通过上述步骤就可以把lncRNA从原始的表达矩阵中筛选出来，以便于后续lncRNA的研究。这是一步很简单的步骤，但是我每次遇到这个问题都得去网上搜教程，所以我把他单独列出一章。把原始的txt文件转换成更方便的csv格式文件。将处理出来的noncoding取交集。提取表达矩阵中的lncRNA。
2024-04-03 15:19:44
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原创 rnaseq_对表达矩阵进行标准化
从2023年十月份到现在，做了那么久的转录组分析，从来没有记录一点东西，导致脑子里面的东西越来越乱，所以我把我所做的工作记录一下，供自己以及同行参考。今天我把从表达矩阵到相关性的分析给总结一下，肯定有很多不足的地方，边记录边做，也算是一种学习的过程。
2024-04-02 21:34:25
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空空如也
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