2021.05.22丨snakemake报错positional argument follows keyword argument解决办法

最新推荐文章于 2024-07-02 20:31:44 发布
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分类专栏： RNA-seq 读书笔记 生物信息
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本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/yangl7/article/details/117152118
版权
  • 摘要
    • 从3月学习snakemake，到目前为止已经基本掌握了框架的思路，并且用snakemake将之前的RNA-seq流程重新串了起来。今天在处理项目的时候打算将里面的差异分析和注释分析串起来。遇到了报错，这里进行一个简单记录。
    • 报错问题：positional argument follows keyword argument
    • 翻译：位置参数跟在关键字参数之后
  • 错误示范： 
    • rule anno:
input:
genome = config["reference"],
gff = config["refer_gff"],
dir = "03.DEG/deseq/{group}", #这里是位置参数
DE_gene = "03.DEG/deseq/{group}/geneDEsign_results.csv", #指定文件名为关键字参数，并且要放置在位置参数之前
output:
"03.DEG/deseq/{group}/anno/diff.fa"
shell:
"cd {input.dir};cd anno/;pwd;sh ../../../../scripts/new_work.sh {input.gff} {input.genome}"

       

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Python——报错解决：SyntaxError: positional argument follows keyword argument
Williamcsj的博客
03-15 8352
python——报错解决：SyntaxError: positional argument follows keyword argument一、报错内容二、原因分析三、解决办法 一、报错内容 SyntaxError: positional argument follows keyword argument 二、原因分析 违反了 没带参数的放在前面，带了参数的放在后面 的原则 三、解决办法 修改成： tracker.track(VIDEO_PATH, anno, f, visualize=True)
Python报错集合篇9-SyntaxError: positional argument follows keyword argument
sonnyuu的博客
08-28 2万+
本文介绍如何处理报错–SyntaxError: positional argument follows keyword argument 源代码： def fun(x, y): print(x, y) fun(x=1, 2) 运行报错如下： C:\Python37\python.exe "D:/Program Files/PycharmProjects/pycharmPrj/zzz/...
已解决SyntaxError: positional argument follows keyword argument
努力让自己发光，对的人才能迎着光而来
09-24 8979
已解决SyntaxError: positional argument follows keyword argument
Python 报错 positional argument follows keyword argument
qq_24077201的博客
03-31 1万+
报错：读取文件的时候报错positional argument follows keyword argument 错误原因是因为参数位置不正确 python中的函数在读取参数的时候是按照位置参数再到可变参数来读取，位置参数有更高的优先级。 ...
【Python】已解决：SyntaxError: positional argument follows keyword argument
最新发布
屿小夏.的知识博客
07-02 4560
在Python编程中，当我们在调用函数时混合使用位置参数（positional argument）和关键字参数（keyword argument），并且位置参数出现在了关键字参数之后，就会触发“SyntaxError: positional argument follows keyword argument”这个错误。这个错误的主要原因是在函数调用中，参数的传递顺序不正确。在这个修正后的例子中，我们先传递了两个位置参数 “Alice” 和 30，然后再传递关键字参数 greeting=“Hi”。
SyntaxError:positional argument follows keyword argument
旅途
08-10 4474
执行下面的代码时，总是提醒“positional argument follows keyword argument”。 谷歌翻译是：位置参数跟在关键字参数之后。 错误标注在图中所示位置，找了好久才知道原来是打开方式和编码方式前后位置不对。 # 正确写法如下 p = open("1.txt","r",encoding = 'utf-8') txt = p.read() print(txt) p.close() ...
Python输入 ax.add_feature(cfeature.LAND,facecolor='grey',zorder=1)为什么报错positional argument follows keyword argument
04-22
这个报错的原因是你在使用函数时，将带有默认参数的参数放在了不带默认参数的参数之前。在这个例子中，`facecolor` 是一个默认参数并且已经指定了值，但是在它的后面却出现了一个不带默认参数的参数 `cfeature.LAND`...
报错positional argument follows ke
05-18
这个错误通常是因为在函数调用时，位置参数（positional argument）放在了关键字参数（keyword argument）之后。可以尝试将所有位置参数放在关键字参数之前，或者将位置参数转换成关键字参数。例如： ```python # ...
python positional argument follows keyword argument
热门推荐
weixin_37725502的博客
03-14 7万+
python positional argument follows keyword argument当参数的位置不正确时，就会报上面的错误；关键字参数必须跟随在位置参数后面! 因为python函数在解析参数时, 是按照顺序来的, 位置参数是必须先满足, 才能考虑其他可变参数.谨记！！！！...
【Python】小问题：positional argument follows keyword argument
东小记的博客
11-02 6241
问题重现 # 定义函数 def personInfo(name, age='18', gender='女', weight='76'): print('名字：' + name) print('年龄：' + age) print('性别：' + gender) print('体重：' + weight) # 调用 personInfo('东小记', age='20', '男', weight='80') 原因 函数定义的参数列表中必须参数与默认参数不可以混合.
SyntaxError: positional argument follows keyword argument
qq_41685253的博客
01-28 1913
问题原因 出现这个问题，是因为在传参的过程中将位置参数放到了不合适的问题。具体为什么是这个原因，可能与Python读取参数的顺序有关 具体在运行改写deep-image-prior网络时的代码 。 刚开始调用时采用下面的代码出现这个错误 // A code block #调用 self.plot_image_save([outputs], factor=5,fake_image_path) 接着更改为下面的调用方式不再进行报错 // A code block #调用 self.plot_image_sav
函数位置参数关键字参数
weixin_30699831的博客
06-12 2787
参数： 两大类： 形参 和 实参 1、形参：在函数定义阶段括号内定义的参数，称为形式参数 本质就是变量的名 def foo (x,y): print(x) print(y) 2、实参：在函数调用阶段括号内定义的参数，称为实际参数 本质就是变量的值 foo(1,2) print(x) # 这是函数体以外的内容 程序不会执行没有定义 x ...
翻译SyntaxError: positional argument follows keyword argument
weixin_42588672的博客
02-16 640
这个错误是Python的一个语法错误，意思是位置参数跟在关键字参数后面，导致解释器无法正确解析函数调用的参数。 例如，下面这个函数调用会出现这个错误： function_name(keyword_arg=value, "positional_arg") ...
SyntaxError: positional argument follows keyword argument、invalid character in identifier
Triumph19的博客
06-02 1453
# write 案例 # 1.向文件追加一句诗 # a代表追加方式打开 with open(r'test01.txt', 'r',encoding='UTF-8','a') as f: # 注意字符串内含有换行符 f.write("生活不止眼前的苟且，\n还是有诗和远方") 结果报错 SyntaxError: positional argument follows keyword argument 翻译过来就是：位置参数跟在关键字参数后面 修改后的代码 # write 案例 # 1.向文
python_SyntaxError: positional argument follows keyword argument
sqm472527736的博客
02-12 1332
g.multchoicebox(msg = "小宋奇妙之旅",titile = '搜索结果',("波多老师","苍老师","加藤老师")) g.multchoicebox(msg = "小宋奇妙之旅",title = "搜索结果",choices=("波多老师","苍老师","加藤老师")) ...
【python】positional argument follows keyword argument
wmm_hhh的博客
12-14 247
【python】positional argument follows keyword argument
Python的positional argument follows keyword argument错误
dw将限制条件全部检测通过后才能提交表单
11-14 4065
Python的positional argument follows keyword argument错误 原因是参数位置错误：关键字位置参数需要在位置参数后面。将后面两个参数的位置换一下就好了
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