2021.05.17【R语言】丨clusterProfiler注释表——KEGG/GO enrich富集图专用

最新推荐文章于 2025-06-24 11:39:03 发布
最新推荐文章于 2025-06-24 11:39:03 发布
阅读量2.2k 收藏 12
点赞数 4
CC 4.0 BY-SA版权
分类专栏： R语言 心得 RNA-seq
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/yangl7/article/details/116934168
本文介绍了一张常用的生物信息学注释包表格，涵盖了多种物种对应的R包，如人类、小鼠等，这对于进行KEGG和GO富集分析等生物信息学研究非常有用。

摘要

    刚开始接触项目的时候一直用公司搭建好的流程分析项目，慢慢学习后，发现有些地方的注释除了靠参考基因组相关的注释文档，还需要对应物种。在R中绘制KEGG.GO enrich富集图就需要根据物种来读取相应注释包，这里记录一份常用物种及对应注释包表，方便以后使用。

注释表

packages organism
org.Ag.eg.db Anopheles
org.At.tair.db Arabidopsis
org.Bt.eg.db Bovine
org.Ce.eg.db Worm
org.Cf.eg.db Canine
org.Dm.eg.db Fly
org.Dr.eg.db Zebrafish
org.EcK12.eg.db E coli strain K12
org.EcSakai.eg.db
了解本专栏 订阅专栏 解锁全文 超级会员免费看
2021.05.26【R语言】丨clusterProfiler注释大肠杆菌GO/KEGG富集图
05-26 3217
摘要 之前写过一篇文章，对clusterProfiler常用注释包进行简单的整理分类2021.05.17【R语言】丨clusterProfiler注释表——KEGG/GO enrich富集图专用_穆易青的博客-优快云博客。然而在遇到一个原核转录组项目想使用大肠杆菌注释包的时候却遇到了报错，经过一番查阅和测试。终于能够注释大肠杆菌，得到GO/KEGG富集图，在这里将整个过程做个梳理。 环境与方法 R version 3.6.1 Bioconductor version 3.10 packa
clusterProfiler功能富集分析和通路富集分析
Mrrunsen的博客
08-05 1474
它提供了一种方便的方式来对基因集（如差异表达基因、共表达模块等）进行功能和通路富集分析，从而帮助研究者更好地理解基因集在生物学过程中的功能和调控机制。例如，您可以尝试使用其他数据库进行富集分析，调整参数以获得更丰富的结果，并将结果进行更详细的可视化展示。如果您对特定分析或数据有进一步的问题，或者需要更详细的教程，请告诉我，我会尽力帮助您。：首先，导入您的基因集和相应的基因注释数据，通常是Ensembl或其他数据库的基因ID和注释信息。：最后，对富集分析的结果进行解释和可视化，以获得对生物学过程的理解。
KEGG-GO注释分析代码.R
05-10
转录组分析差异表达基因注释时，用R语言的biocondcouter分析,根据代码，搜索需要分析的物种，就可出来结果
2025.06.24【R语言】|clusterProfiler安装与常见报错FAQ全解
06-24 1309
本文介绍了clusterProfiler工具的安装方法及常见报错解决方案。安装可通过Bioconductor或Conda完成，需注意安装配套注释包。文中列举了10种常见报错，包括依赖包缺失、ID类型不匹配、物种不支持等问题，并给出具体解决方法。最后总结了GO/KEGG富集分析的标准流程，包括ID转换、富集分析和可视化步骤，为生物信息学分析提供实用参考。建议使用R≥4.2版本，并确保正确调用BiocManager进行安装。
go kegg_clusterProfiler 的 GO/KEGG 富集分析用法小结
weixin_30094815的博客
12-30 2073
以下文章来源于简书，作者 biobin，文章已获原作者授权。前言关于clusterProfiler这个 R 包就不介绍了，网红教授宣传得很成功，功能也比较强大，主要是做 GO 和 KEGG 的功能富集及其可视化。简单总结下用法，以后用时可直接找来用。首先考虑一个问题：clusterProfiler做 GO 和 KEGG 富集分析的注释信息来自哪里？GO 的注释信息来自 Bioconduc...
R语言（ggplot2）画KEGG信号通路气泡图
MurphyStar的博客
03-21 1万+
R语言ggplot2画KEGG信号通路气泡图
go kegg_R包对植物进行GO，KEGG注释
weixin_36341727的博客
12-28 1782
1、安装，加载所用到到R包用BiocManager安装，可同时加载依赖包source("https://bioconductor.org/biocLite.R")BiocManager::install("clusterProfiler")library(clusterProfiler) ##富集分析library(topGO) ###画GO图library(AnnotationHub)...
【数据分析】转录组基因表达的KEGG通路富集分析教程
专注生信领域
03-07 1350
KEGG富集分析，可以发现差异基因所涉及的生物学通路，从而深入了解在特定生物学过程中起关键作用的分子机制。例如，在疾病发生发展过程中，哪些代谢通路或信号通路发生了改变，有助于揭示疾病的发病机制。
生信分析代谢通路可视化分析R工具包ggkegg的使用案例_怎么用r包对多个代谢物进行kegg通路分析
m0_60388419的博客
04-29 1004
通过向此功能提供对象，如果结果中存在可视化的通路，则通路内的基因信息可以反映在图中。在这里，我们选择了 ，节点根据降维图中的颜色着色，两个聚类中的标记都按指定的颜色 （） 着色。下面的示例将类似的反射应用于原始 KEGG 图谱，并突出显示在两种条件下都显示出统计学显着变化的基因，使用黄色外光，由 clusterProfiler 生成的组成，富集结果为。在这里，我们还将基于图的聚类结果分配给图，并缩放节点的大小，以便节点可以通过散点图可视化。对于它们在多个聚类中丰富的节点，我们可以绘制数值的条形图。
用R做GO功能注释和KEGG通路富集分析
Cassiel60的博客
04-19 2万+
KEGG -GO主要是使用R 中clusterProfiler包进行富集分析 以及使用pathview 包进行代谢途径整合和可视化。 进行在线分析的：https://pathways.embl.de/ 1.代码：https://github.com/Cassiel60/R/blob/master/enrichment.r 2.安装包：使用代码中的方法要多尝试几次，反正我第一次安装时就是安装...
R包对植物进行GO，KEGG注释
weixin_30300225的博客
09-16 1135
1、安装，加载所用到到R包 用BiocManager安装，可同时加载依赖包 source("https://bioconductor.org/biocLite.R") BiocManager::install("clusterProfiler") library(clusterProfiler) ##富集分析library(topGO) ###画GO图librar...
用R语言对基因进行KEGG分析（附详细代码）
weixin_51192038的博客
06-25 1万+
kegg分析gene通路
R语言 GO|KEGG
JjinYyi的博客
03-22 822
GO分析，参数写得详细 clusterProfiler，含代码‘ clusterProfiler: 分析+可视化GO和KEGG富集
R语言零基础基因/数据差异分析-KEGG/MF/CC/BP分析（五）
Frms的博客
08-08 6239
这里写目录标题数据获取David数据获取David数据分析KEGG绘图GO绘图CC绘图BP绘图 数据获取 David数据获取 David数据分析 KEGG绘图 GO绘图 CC绘图 BP绘图
RNA 10. SCI 文章中基因表达富集之 KEGG 注释
weixin_41368414的博客
03-02 5587
全网最全 KEGG 注释结果绘图，直击 SCI 绘图标注，关注我，您最好的选择！前言1. KEGG 原理KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)数据库是系统地分析基因功能、链接基因组信息和功能信息的数据库，包括代谢通路（pathway）数据库、分层分类数据库、基因数据库、基因组数据库等。KEGG的pathway数据库是应用最广泛的代谢通路公共数据库。富集的含义：这里pathway富集的含义与GO富集的含义相同，也是表示差异基因中注释到某个代谢通路的基因数目在
R语言：GO富集分析，KEGG分析
热门推荐
九琼的博客
05-08 5万+
版本R3.6.0 参考：Gene_ID转换、GO+KEGG+Reactome | ClusterProfiler+ReactomePA 转录组学习（功能富集分析） BiocManager::install("AnnotationHub") #下载安装数据包，缺少的数据包都可以这样安装 library(AnnotationHub) #library导入需要使用的数据包 library(org.Hs...
R绘图-KEGG功能注释组间差异分面条形图
qq_39859424的博客
04-27 1376
一、 数据准备 KEGG功能注释的差异分析结果绘图。使用的是经过Pairwise Mann–Whitney U-tests检验的处理间class II功能丰度差异结果数据，包含class I作为分面信息进行条形图绘制。 library(ggplot2) library(ggsci) library(ggpubr) library(scales) # 1.1 读入数据 data = read.csv("KEGG.csv",header=TRUE,sep=",",stringsAsFactors = F
使用R语言解析kegg数据库get请求
Yue_kk的博客
05-26 2621
使用R语言解析kegg数据库get请求 1. kegg数据库get请求 虽然kegg数据库提供了相关的Restful API来请求数据，但使用get请求查询出的数据是没有格式的字符串，如下： 要得到具体的某个属性，如BRITE，是比较困难的，本文主要介绍如何使用R语言解析该数据，以及如何在Java程序中调用。 2. R语言解析 首先安装R环境和Rstudio，具体可参考该文：R和Rstudio安装 R解析kegg get需要用到KEGGREST，首先安装该包： > if (!require("Bioc
写一个KEGG富集分析的R语言代码
weixin_42607969的博客
02-07 1651
。 有很多方法可以在R语言中完成KEGG富集分析。这里是一个简单的代码示例： library(clusterProfiler) library(KEGG.db) # 读取基因列表 geneList <- c("gene1", "gene2", "gene3") # 进行KEGG富集分析 result <- enrichKEGG(geneList, organism = "hsa")...
R语言KEGG富集分析流程
最新发布
08-26
我们已知用户需要了解R语言进行KEGG富集分析的详细步骤。根据引用[2]和引用[3]的内容，结合生物信息学分析的标准流程，以下是详细步骤： ### R语言KEGG富集分析流程 #### 1. 准备基因列表 - 输入基因列表通常是...
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包

打赏作者

穆易青

你的鼓励将是我创作的最大动力

¥1 ¥2 ¥4 ¥6 ¥10 ¥20
扫码支付：¥1
获取中
扫码支付

您的余额不足，请更换扫码支付或充值

打赏作者

实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值