interproscan

https://github.com/ebi-jdispatcher/webservice-clients/blob/master/python/iprscan5.py

一个客户端工具，用于与EMBL-EBI的InterProScan 5 REST Web服务进行交互。

InterProScan是一个功能强大的蛋白质序列分析工具，它可以执行以下类型的分析：

核心分析功能

1. 蛋白质结构域识别
   • 通过扫描多个蛋白质数据库（Pfam, PROSITE, PRINTS等）识别保守结构域
   • 使用--appl参数指定要使用的数据库（默认为所有可用数据库）
2. 基因本体(GO)注释
   • 使用--goterms参数启用
   • 将识别的结构域映射到基因本体术语
   • 提供分子功能、生物过程和细胞组分的分类信息
3. 代谢通路注释
   • 使用--pathways参数启用
   • 将识别结果映射到代谢通路数据库（如KEGG, Reactome）
   • 揭示蛋白质参与的生物通路

序列处理能力

1. 输入格式支持
   • 直接输入蛋白质序列（GCG, FASTA, EMBL, PIR等格式）
   • 支持多序列FASTA格式（--multifasta参数）
   • 自动处理部分格式化的序列
2. 序列类型识别
   • 使用--stype参数指定序列类型：
   • protein：蛋白质序列（默认）
   • nucleotide：DNA/RNA序列（会自动翻译）

高级分析特性

1. 多数据库整合
   • 整合超过15个蛋白质数据库的签名
   • 通过层次结构减少冗余结果
   • 提供一致性跨数据库注释
2. 功能预测
   • 基于结构域组合预测蛋白质功能
   • 识别功能位点（活性位点、结合位点等）
   • 检测跨膜区域和信号肽

结果输出选项

脚本支持多种输出格式：

1. 文本格式：人类可读的摘要
2. XML格式：机器可处理的详细结果
3. GFF3格式：基因组注释标准格式
4. JSON格式：Web应用友好格式
5. HTML格式：可视化报告

特殊功能模式

1. 批量处理
   • 使用--multifasta处理多个序列
   • 结合--useSeqId使用序列ID作为输出文件名
   • --maxJobs控制最大并行任务数
2. 异步处理
   • 大型任务使用--asyncjob提交后台作业
   • 通过--polljob和--jobid获取结果
   • 结果保留24小时

技术特点

1. 参数定制化
   • --params查看可用参数
   • --paramDetail获取参数详细信息
   • 灵活控制分析深度和范围
2. 错误处理
   • 自动重试机制
   • HTTP状态码检查
   • 详细的错误日志
3. 用户支持
   • 邮件通知系统（--email必需）
   • 任务标题命名（--title）
   • 多级详细输出控制（--verbose/--quiet）

典型分析流程

1. 用户提交蛋白质序列
2. 序列被分割为可检测的特征片段
3. 并行扫描多个特征数据库
4. 结果整合并消除冗余
5. 添加功能注释（GO术语、通路信息）
6. 生成结构化报告

这个工具特别适用于：

• 新测序蛋白质的功能注释
• 比较蛋白质组学研究
• 进化关系分析
• 功能位点预测
• 大规模蛋白质组分析流水线整合

通过组合不同的参数，研究人员可以定制从快速扫描到深度分析的各种分析策略，满足不同研究需求。