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RSS订阅原创 (22)基因功能注释和富集分析相关
基因结构预测 （拿到预测的蛋白序列、gff3文件那些）#基因功能注释##常用数据库：Nr：NCBI官方非冗余蛋白数据库，包括PDB, Swiss-Prot, PIR, PRF;
2024-01-04 10:46:31
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原创 （24）放射盘石耳基因与南极石耳基因相对【本地blast大法】
1.根据Orthogroups.tsv中查找同源基因，也可以去Orthogroups.Genecount中查一下每个物种中数量，看是否单拷贝）3.将gapfitered中找到的比对序列和查到的同源南极石耳序列放到一起，用MEGA比对一下，看序列是否一致。可以看到是24个物种的比对情况，其中就有比对的南极石耳的相关序列，但是可能会有空缺，不全等，不要紧。这个代码的意思是对文件夹下的每一个XX_modified文件中U.an序列挑出来形成一个新的文件。（5）本地blast，其实就俩步，一建库，二比对。
2023-12-14 22:25:15
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原创 （18）使用PAMLcodeml进行正选择分析
PAML网站: http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/paml.html。
2023-10-12 11:32:15
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原创 （13）共线性比对相关（感谢zyr师姐大大！！！）
输入文件：1）待比对的全基因组文件(屏蔽了重复序列的)2）参考物种的gff格式文件（gene transfer format）,用来对基因组进行注释#一定要注意！基因组文件里面的scaffold和gff3的命名要一致，这样才能切基因，做下游！！！####再次注意！！！做基因预测的时候字符不能大于16，所以还是拿scaffold_XX，去预测，然后注意基因组文件和gff3的对应！！！后期有空再出师姐的代码解读工作。
2023-09-08 11:24:08
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原创 （12）清除序列！！！
众所周知，地衣中主要成分是地衣型真菌和共生藻，但是也含有丰富的内生细菌和内生真菌。本课题对地衣标本进行二代测序，得到30G下机数据，需要一点点去除其中的非地衣成分，得到真正的属于地衣的测序数据，然后进行组装。以北极石耳U.arctica为例需要准备：测序数据BJ_1.fastq、BJ_2.fastq，以及用SPAdes组装好的scaffold.fasta，还有用EUKreq抽出的原核序列scaffolds.prokarya.fasta。
2023-06-29 22:17:31
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原创 （11）Orthofinder同源比对&建树
如 OrthoFinder 自带案例（ExampleData）中总共包含 2733 个基因，MCL 将 2202 个基因划分为 604 个 orthogroups（gene_num > 2），剩余 531 个基因为离散点（每个基因独立成组）。SpeciesTree_Gene_Duplications_0.5_Support.txt：记录了物种树每个节点、分枝上包含的基因复制事件的总和，格式为节点或物种名 + 数字（基因复制事件数量）。输出文件 N0.tsv，N1.txt，N2.tsv，…
2023-06-19 17:40:14
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原创 （5）基因组基本特征分析
第三行代码使用硬遮蔽N（hardmaskN）类型，将Umbilicaria_deusta.fasta文件根据repeat注释的genome.repeat.gff3文件进行遮蔽，并生成一个名为 genome.hardmaskN.fasta 的遮蔽后的基因组Fasta文件。然后打开该网址，输入邮箱，选择Upload选项，然后提交该XX.gbf文件，然后默认选项，点击submit提交，等待结果。#根据重复注释的GFF3文件对基因组Fasta文件进行遮蔽，生成三个遮蔽后的基因组Fasta文件。
2023-06-05 18:14:26
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原创 (9)Augustus模型训练
每进行一个参数的优化时： 将 training.gb.train.test 文件中 800 个基因随机分成 16 等份，取其中 15 等份和 training.gb.onlytrain 中的基因模型一起进行 training，剩下的 1 等份用于精确行评估 要对每个等份都进行一次精确性评估；优化的每个参数会分别 3~4 个值，每个值得到一个 training 的精确值，对参数的多个设定值进行比较，找到最佳的值。#利用本地notepad++，保存要去除蛋白的名称，就像上面的那个lst一样，然后上传服务器。
2023-05-26 11:32:15
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原创 （10）使用Mash估计遗传距离
老师说需要用单拷贝基因构建系统发育树，那样才是体现系统发育关系，更准确鉴定物种。#然后手动将所有的.mash文件放到同一目录下。#这是根据遗传距离建的树，体现遗传距离上的远近。
2023-05-26 11:01:52
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原创 （8）抽取真核序列并注释
结果文件会生成一个.csv和.log文件，从表格文件中查看评估的完整度和污染度，从日志文件中查看评估出的物种的ID号，然后去NCBI数据库中去查找。# 本次比对到多为716546，视为地衣型真菌，13786为Treboxia属，视为共生藻。# 比对结束后保留分箱得到的.fasta文件，其他的皆可删掉~#使用EukRep抽取真核基因，然后再metawrap分箱。
2023-05-25 17:56:03
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空空如也
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