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RSS订阅转载 Shell 的Dict
#!/bin/bashecho "shell定义字典"#必须先声明declare -A dicdic=([key1]="value1" [key2]="value2" [key3]="value3")#打印指定key的valueecho ${dic["key1"]}#打印所有key值echo ${!dic[*]}#打印所有valueecho...
2016-01-04 19:49:00
971
转载 MAC 远程连不上windows
使用Mac系统连接远程桌面时提示：远程桌面无法验证您希望连接的计算机的身份在使用windows系统连接远程桌面时，经常会看到类似于以下图片的警告。在选择”是“之后，即可建立链接。但是貌似在使用mac系统进行连接时，没有给我们选择的机会。于是直接提示：远程桌面无法验证您希望连接的计算机的身份。关于这个验证，可以通过以下方式来改变验证方式解决。...
2015-12-01 09:28:00
1134
转载 Nginx负载均衡
负载均衡先来简单了解一下什么是负载均衡，单从字面上的意思来理解就可以解释N台服务器平均分担负载，不会因为某台服务器负载高宕机而某台服务器闲置的情况。那么负载均衡的前提就是要有多台服务器才能实现，也就是两台以上即可。测试环境由于没有服务器，所以本次测试直接host指定域名，然后在VMware里安装了三台CentOS。测试域名 ：a.comA服务器IP ：192.16...
2015-09-17 14:30:00
225
转载 linux shell 获取路径中指定信息
file=/home/data/hunan/hn.2015-9-11.log.bbkfile_log_name=`basename $file` ## file_log_name 就等于 hn.2015-9-11.log.bbkfile_test=`basename $file .bbk` ## file_test 就等于hn.2015-9-11.logno_fil...
2015-09-11 14:45:00
174
转载 压缩文件
压缩保留源文件：gzip –c filename > filename.gz打包压缩不带路径： tar -zcfP filename.tar.gz filename（解压也要带-P）shell命令file=/home/test/class/1.logno_file_path=${file%/*} ###no_file_path=/home/t...
2015-09-10 12:57:00
82
转载 SendEmail 发邮件
安装# wget http://caspian.dotconf.net/menu/Software/SendEmail/sendEmail-v1.56.tar.gz //下载1.56版本# tar -xzvf sendEmail-v1.56.tar.gz //解压后就可以使用了# mv sendEmail /usr/local/bin/参数-f 发件人邮箱-...
2015-09-10 12:53:00
91
转载 阿里云服务器 添加新硬盘
今天在阿里云申请了一个最基本的Ubuntu14的云服务器，想试一下新加磁盘这里是原始的时候磁盘情况：这张是新建之后的：步骤：1. 创建云盘&挂载服务器：先在阿里云的管理控制台，选择阿里云的ESC服务器，在选择‘硬盘’，‘创建云盘’，1-5分钟创建成功后，选择新创建的云盘进行挂载服务器；2. 云服务器磁盘格式化：执行'fdisk -l'...
2015-08-31 16:35:00
969
转载 Zabbix 查询资料网址
zabbix专题 http://blog.51cto.com/zt/45 zabbix技术群 http://g.51cto.com/zabbix2012 zabbix官网文档 http://www.zabbix.com/documentation.php zabbix中文文档 http://www.linuxmr.com/zabbix2/index....
2015-08-31 12:09:00
95
转载 Nginx 反向代理-负载均衡-URL重写
查看http://wjw7702.blog.51cto.com/5210820/1095989 写的很详细！转载于:https://www.cnblogs.com/ZHshuang463508120/p/4772751.html
2015-08-31 12:05:00
113
转载 Nginx rewrite 的 last 以及 break 的区别
last：rewrite匹配后，会再次发起一个请求，只会对location里的规则再次匹配。break：rewrite匹配后，不会发起请求，也不会匹配后面的规则。举例：location / {root html;index index.php index.html index.htm;}if ($request_uri ~* /cms/) {r...
2015-08-31 11:00:00
140
转载 rm 误删恢复方法
1. 下载ext2fswget http://prdownloads.sourceforge.net/e2fsprogs/e2fsprogs-1.42.9.tar.gz2. 下载ext3grepwgethttp://ext3grep.googlecode.com/files/ext3grep-0.10.2.tar.gz转载于:https://www.cnbl...
2015-08-04 13:09:00
205
转载 python 查询一段字符中所有字母出现的次数，并倒序列出
1 # coding:utf-8 2 3 s = """ 4 Have you thought about what you want people to say about you after you’re gone? Can you hear the voice saying, “He was a great man.” Or “She really wil...
2015-08-04 12:06:00
409
转载 denovo组装后功能的注释，其中一个方法-----Sma3s
I have got ourde novoassembled transcriptome annotated usingSma3s(Sequence Massive Annotation With 3 modules) againstUniProt plant taxonomic division(i.e.uniprot_sprot_plants.dat.gzanduni...
2014-09-12 16:03:00
383
转载 gcc安装
主要是运行trinity的时候报错，提示gcc版本太低，又没有root权限，所以就查找了下没有root权限安装gcc，以及依赖的软件从svn checkout svn://gcc.gnu.org/svn/gcc/trunk拿了GCC的最新代码，打算编译了学东西习学习C++ 11的东西，结果在configure的时候出现如下问题：Building GCC requires GM...
2014-09-05 20:10:00
181
转载 mysql配置文件详解
http://www.cnblogs.com/captain_jack/archive/2010/10/12/1848496.html转载于:https://www.cnblogs.com/ZHshuang463508120/p/3842109.html
2014-07-14 09:48:00
130
转载 blastall
转载的一篇关于blastall的文章，在使用的时候，还是要对应的看每个参数的意思，切记blast的运行分为两个步骤：第一，建立目标序列的数据库；第二，做blast比对。1、运行建库程序formatdb:建库的工程是建立目标序列的索引文件，所以程序是formatdb。程序允许的输入格式是FASTA或者ASN.1格式，通常我们使用的FASTA格式的序列作为输入。用于建库的F...
2014-07-03 14:52:00
1081
转载 预测tRNA的软件tRNAscan-SE的 安装
This page was last updated on Wednesday, 22-Jan-2014 16:11:26 CSTInstallation notes for tRNAscan-SE version 1.3.1 (January 2012)Home PagePrerequisitesPerl5In...
2014-06-17 08:56:00
830
转载 从NCBI上下载数据库，脚本的使用
update_blastdb.pl --showall 即可显示从NCBI上可下载的数据库名称获取方式：ncbi-blast-2.2.29+/bin目录下ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/2.2.29/转载于:https://www.cnblogs.com/ZHshuang46350812...
2014-05-08 11:27:00
371
转载 Trinity 调用BLAT 进行比对
课题组经常需要验证某个（或某些）注释的内含子是否存在，于是就需要使用转录数据去 map 基因组。转录数据目前常用的有两类，一类是高通量测序的 RNA-seq，这种 Map 比较简单，使用 tophat 处理即可得到比对结果，然后用 IGV 就可以实现可视化。输入数据是参考基因组和比对结果（tophat 输出的是 bam 文件，在导入 IGV 之前记得把两个数据都用 samtools 做一...
2014-03-27 10:23:00
477
转载 基因注释 InterProScan的三种使用方法
InterProScan的三种使用方法Interproscan,通过蛋白质结构域和功能位点数据库预测蛋白质功能。是EBI开发的一个集成了蛋白质家族、结构域和功能位点的非冗余数据库。Interproscan整合了一些使用最普及的一些数据库，并应用于功能未知的蛋白进行Interpro注释和GO注释。以下介绍3中interpro注释的方法：一、网页版的Interpro注释打开I...
2014-03-26 16:06:00
3770
转载 Trinity 一条龙策略
1. Trinity进行转录组组装Trinity进行转录组组装的典型命令如下:$ /opt/biosoft/trinityrnaseq_r20131110/Trinity.pl --seqType fq --JM 50G\ --left sample1_1.clean.fastq sample2_1.clean.fastq\ --right sample1_2.cle...
2014-03-18 15:52:00
2215
转载 二代测序---质量控制篇
原文：http://www.biostars.org/p/53528/This tutorial also serves as the supporting information for Lecture 9 of the course titledAnalyzing High Througput Sequencing Dataoffered at Penn State.Wi...
2014-03-18 08:50:00
1264
转载 miRDeep2 学习及安装篇
一、mirDeep2安装下载和解压wget http://mdc.helmholtz.de/38350089/en/research/research_teams/systems_biology_of_gene_regulatory_elements/projects/miRDeep/mirdeep2_0_0_5.zipunzip mirdeep2_0_0_5.zip...
2014-03-11 13:03:00
1713
转载 PASA安装
PASA的安装，配置与主程序使用参数1. PASA简介PASA, acronym forProgram toAssembleSplicedAlignments, is a eukaryotic genome annotation tool that exploits spliced alignments of expressed transcript sequences t...
2014-01-07 13:31:00
924
转载 AUGUSTUS安装 基因训练、预测软件
Augustus的安装和使用参数AUGUSTUSis a program that predicts genes in eukaryotic genomic sequences.1. Augustus的安装Augustus下载：http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/binaries/$ wget http://bio...
2014-01-07 09:57:00
2842
转载 linux 下安装blat软件
blat是一款很经典的比对工具，与blast相比，具有速度快、共线性输出比对结果等优点。但是，blat源码包里面的README文件写得很不清楚，这里，我来提供一份详细的安装文档。0、下载地址：http://users.soe.ucsc.edu/~kent/src/1、解压 blastSrc.zip文件夹，并进入blastSrc；2、在bash下输入"uname -a"(不要加...
2014-01-06 20:21:00
544
转载 基因组测序从头组装
冒然在这里做个文献总结，对于初入此道的朋友可能会有些帮助。以动物为例先推荐几本书，作为参考：1.Genome Sequencing Technology and Algorithms2.The handbook of plant genome mapping: genetic and physical mapping3.Bioinformatics for High Through...
2013-12-19 21:37:00
1723
转载 SNP 相关
暂时参考这篇博客：http://sunseq.com/如何寻找snp/SNP 后续主成分分析：http://www.plob.org/2013/01/05/5245.html转载于:https://www.cnblogs.com/ZHshuang463508120/p/3474787.html...
2013-12-14 22:32:00
159
转载 CPAN 在win7上的安装
1.有的CPAN模块可以直接用Perl Package Manager这个来进行安装，这个的安装在前面的日志里写道了，这里就不再多说了。2.有的模块不能用PPM这个来进行安装，这需要到CPAN网站上下载所需要的模块，比如Config::Std这个模块，下载下来的是tar.gz的格式，解压。然后打开cmd，进入解压目录，参照README，进行安装。ps：在cmd安装的过程中会...
2013-11-28 10:03:00
246
转载 BLAST
一、 准备工作：1.1 系统平台：这里使用的是Ubuntu Linux 12.04 LTS 64bit 版本；1.2 Windows版本： 如果你说只有Windows，安装个虚拟机嘛推荐VirtualBox https://www.virtualbox.org/网上有相当多的图文教程比如：http://blog.youkuaiyun.com/tangyajun_168/art...
2013-11-15 09:48:00
305
转载 GATK
GATK使用简介 Part1/2GATK(全称The Genome Analysis Toolkit)是Broad Institute开发的用于二代重测序数据分析的一款软件，里面包含了很多有用的工具。网址：http://www.broadinstitute.org/gsa/wiki/index.php/Home_Page前段时间刚发布了2.x版本的，最近几天都在不...
2013-11-09 17:18:00
667
转载 生物软件大全
1.三维分子类RASMOL：观看生物分子3D微观立体结构RasTop：为RasMol 2.7.1的图形用户界面软件CHIME：直接在浏览器中观看3D分子MolMol：将pdb等格式的蛋白文件通过微调，存成普通的图形文件raswin.exe.gz：rasmol(win)2.7.0.1 rasmol新版本及汉化版本CrystInfo：用来快速、容易地构建、观察与检查晶...
2013-10-18 22:41:00
994
转载 多重序列比对 CLUSTALX
【实验目的】1、熟悉构建分子系统发生树的基本过程，获得使用不同建树方法、建树材料和建树参数对建树结果影响的正确认识；2、掌握使用Clustalx进行序列多重比对的操作方法；3、掌握使用Phylip软件构建系统发生树的操作方法。【实验原理】在现代分子进化研究中，根据现有生物基因或物种多样性来重建生物的进化史是一个非常重要的问题。一个可靠的系统发生的推断，将揭示出有关生物...
2013-10-18 21:15:00
3606
转载 win7 安装bioperl
接上文，虽然在win7上安装了eclipse，可以进行perl脚本的编写，但是对于生物信息学来说，用的更多的是bioperl模板，所以要在win7上安装bioperl模板。1.打开ppm，安装bioperl。不用从网站上下载bioperl软件。转载于:https://www.cnblogs.com/ZHshuang463508120/p/3364747.html...
2013-10-12 10:04:00
249
转载 统计碱基长度
转载：http://blog.sina.com.cn/s/blog_6d4689260100x1mm.html http://blog.sina.com.cn/s/blog_587cc04e0100v8mr.html01#!/usr/bin/perl02#该脚本是统计一个文件内有多条所占行数不等的染色体序列的长度和ATCGN的数目。03while(<>...
2013-10-06 21:43:00
829
转载 win7 安装eclips 并添加perl脚本
1.先安装JAVA jdk版，http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/jdk7-downloads-1880260.html2.下载eclipsehttp://www.eclipse.org/3.下载Activeperl http://www.perlchina.org/get.html#win324.检...
2013-10-01 11:13:00
120
转载 xshell 配色
[SolarizedDark]text(bold)=839496magenta(bold)=6c71c4text=839496white(bold)=fdf6e3green=859900red(bold)=cb4b16green(bold)=586e75black(bold)=073642red=dc322fblue=26...
2013-09-30 16:12:00
127
转载 xshell登陆服务器乱码显示
xshell 4 在登陆服务器的时候对于中文的字会显示乱码，主要原因在于xshell没有设置好，并不是版本的问题。[文件]–>[打开]–>在打开的session中选择连接的那个 ,点击properties -> [Terminal ] ,在右边的translation先选择utf8，然后重新连接服务器即可。或者也可以在xshell的工具栏里面点击”Enco...
2013-09-30 15:39:00
282
转载 sed与awk去除重复行
1 如果仅仅是删除内容完全一样重复行则可以使用sort先进行排序然后使用 uniq进行删除重复数据即可例如 CUST.TXTTxt代码130000006800,17,151,01,250100130000006800,17,151,01,2501011300001077,17,151,01,256600...
2013-08-29 08:48:00
1282
转载 awk
1. awk的命令格式：awk命令是由模式和操作组成的（两者是可选的）：pattern {action} 如awk$1~/(\.jpg|\.gif)$/' access.log，或awk 'length($1) < 10' click.log。 如果没有模式，则action应用到全部记录，如果没有action，则输出匹配模式的全部记录。默认情况下，每一个输入行...
2013-08-29 08:47:00
78
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