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RSS订阅原创 抑郁症和衰老谁先谁后？
重度抑郁症（MDD）与早发性衰老风险升高相关，但这种关联的潜在机制仍不明确。本研究利用２个人群队列（英国生物银行和芬兰双胞胎队列）的数据，评估全身及器官特异性蛋白质组和表观遗传衰老加速与 MDD 的关系。在２个队列中，终身 MDD 病史均与全身及器官特异性（包括大脑）蛋白质组衰老加速显著相关，且该关联强度高于全身表观遗传衰老的关联。英国生物银行的数据显示，全身及大脑特异性蛋白质组衰老加速与 MDD 发病风险升高相关，且 MDD 患者中阿尔茨海默病及相关痴呆（ADRD）和死亡风险也显著增加。
2025-12-23 00:00:00
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原创 人类肠道微生物群落代谢建模
MICOMWeb 是款用户友好型网站，专为人类肠道微生物群落代谢建模设计。该网站旨在解决基因组尺度代谢模型（in silico）构建过程中的３大限制：① 使用 MICOM Python 包进行通量平衡分析时对用户 Python 编程知识的要求；② 支持预定义和用户自定义饮食，以生成专属代谢模型；③ 处理宏基因组鸟枪法测序或 16S 扩增子测序获得的真实丰度数据时，所需的高通量计算基础设施。本文展示了 MICOMWeb 的核心功能，用户可轻松开展虚拟实验，为３个已发表数据集的实验验证生成功能性假设。
2025-12-23 00:00:00
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原创 院内/外包/混合，NGS遗传诊断怎么选
下一代测序（NGS）涵盖一系列自 2000 年代以来革新基因组研究的技术。与桑格测序相比，NGS 能以显著更低的成本对大片段 DNA 进行测序，已成为分子实验室不可或缺的工具，尤其在分子遗传学领域。其高效率和快速性使其成为遗传分析的１线技术。实现诊断的关键步骤是生物信息学分析。短读长测序技术会产生原始数据，这些数据必须经过处理才能提取出有意义且可解读的信息。该过程能够识别遗传发现与表型特征之间的因果关联。
2025-12-23 00:00:00
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原创 10⁸个5kb高分辨单细胞3D染色质结构
染色质的三维（3D）组织在调控基因表达及 DNA 复制、修复、基因组稳定性等基因组过程中发挥关键作用。尽管这些过程发生在单细胞水平，但大多数染色质结构数据来源于群体平均实验（如 Hi-C），掩盖了单细胞构象的异质性。为解决这一局限，开发了基于聚合物物理的建模框架——序列贝叶斯推断框架（sBIF），该框架可通过解卷积批量 Hi-C 数据重建单细胞 3D 染色质构象。为促进 sBIF 的广泛应用，构建了公开可访问的高分辨率单细胞染色质结构数据库ChromPolymerDB，所有结构均通过 sBIF 推断获得。
2025-12-22 00:30:00
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原创 蛋白质-代谢物互作难预测？３大方法+N种工具
表征支撑细胞代谢的蛋白质和分子是推进生物学过程理解的基础。然而，新发现的蛋白质和代谢物数量迅速增长，给实验表征和功能分析带来巨大挑战。计算方法可用于识别和阐明酶与其底物间的催化关系，为生物学研究、生物化工应用及药物发现提供强大工具。本综述阐述了利用结构、网络和高通量实验数据预测酶促反应的酶促反应分配问题，同时探讨了驱动计算方法设计的理论视角、可用资源及验证技术。随着代谢组学等代谢实验分析技术与通量相关方法的发展，当前及未来的酶促反应分配计算方法将同步进步，助力拓展对代谢过程的认知。思维导图。
2025-12-22 00:30:00
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原创 1杯酒+1味药！中药火上浇酒
酒炙法是中药炮制中一种独具特色的技术。经过数千年实践打磨，凝聚了古人调控药性的智慧。该方法利用酒与药材的相互作用，实现靶向递送、缓和寒凉 / 苦味药性、增强治疗效果及降低毒性的目的，临床意义重大。
2025-12-22 00:30:00
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原创 通路分析？Reactome 2026
Reactome 知识库（https://reactome.org）是款可免费访问、专家人工注释、开源开放的资源库，以分子层面的细节描述人类生物学特征。涵盖正常生理过程及疾病机制，包括遗传变异和药物作用的影响。Reactome 的内容持续扩充与修订，目前已通过自动化工作流监控撤回文献，以保障数据完整性。
2025-12-17 15:15:28
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原创 PNAS｜植物单细胞的“基因-代谢”同步解析
植物能产生具有广泛工业应用价值的天然产物，因此解析这些化合物的生物合成途径极具研究意义。转录组和代谢组数据集可用于构建基因 - 代谢物网络，进而助力生物合成基因的鉴定。单细胞 RNA 测序（scRNA-seq）和单细胞质谱代谢组学（scMS）的最新进展，已能实现对单个细胞中基因表达或代谢物水平的单独检测。然而，这些数据集仅能间接关联单细胞水平的基因表达与代谢物浓度。
2025-12-17 15:13:56
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原创 疯狂动物城2兔朱迪和狐尼克硬吞的虫子，你敢查吗
昆虫是地球上多样性最丰富的动物类群，在生态系统、农业和人类健康中发挥着关键作用。高质量基因组和各类多组学数据集的快速积累，为推进昆虫生物学与进化研究提供了前所未有的机遇，但也带来了数据整合、可及性和复用性等挑战。为满足这些需求，开发了升级版本 InsectBase 3.0（网址：www.insect-genome.com），该平台整合了海量昆虫多组学数据，并提供用户友好的分析工具。
2025-12-17 15:12:31
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原创 589万条注释+141万条互作！OmniPath的168个帮手
多组学数据的分析与解读在很大程度上得益于先验知识的运用。然而，这些知识分散于各类资源中，且往往无法直接用于分析方法。开发了 OmniPath（https://omnipathdb.org/），这一数据库整合了来自 168 个资源的多样化分子知识，涵盖因果蛋白质 - 蛋白质相互作用、基因调控、微小 RNA（microRNA）相互作用、酶 - 翻译后修饰（PTM）相互作用、细胞间通讯、蛋白质复合物，以及生物分子的功能、定位、结构等多方面信息。
2025-12-16 00:00:00
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原创 每天1杯咖啡，28天后身体发生了什么
咖啡作为广泛饮用的饮品，已被证实对人体健康有益，但目前缺乏足够的基础和临床证据来充分阐明其作用及机制。本研究开展了咖啡消费相关的横断面观察研究和为期 1 个月的人体临床干预试验。研究发现，咖啡消费显著重塑免疫系统与代谢过程，包括降低炎症因子水平和衰老 T 细胞频率。无论是长期咖啡饮用者还是新咖啡饮用者，其衰老 T 细胞频率和衰老相关分泌表型（SASP）水平均低于不饮用咖啡者，表明咖啡具有抗免疫衰老效应。
2025-12-16 00:00:00
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原创 2,310万通路+51万光谱，微生物代谢组数据库
微生物代谢组数据库（MiMeDB，网址：https://mimedb.org）是个全面、免费获取的资源库，关联人类相关微生物与其产生的代谢物，并整合这些微生物及代谢物与人类健康、疾病和饮食的关联。自 2023 年 MiMeDB 1.0 版本发布以来，该数据库已进行大规模扩容与重新设计。主要更新包括系统性新增数百万个新注释的基因和通路、数千种新代谢物，显著拓展通路与反应覆盖范围，同时扩大真核肠道微生物的收录比例。
2025-12-15 00:00:00
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原创 50万样本UK Biobank：3,000种蛋白+250种代谢物
英国生物样本库（UK Biobank）是项大规模前瞻性研究，包含 50 万参与者的丰富遗传数据与表型数据。2006 年至 2010 年期间，研究招募了年龄在 40-69 岁之间的英国普通人群志愿者。招募时，参与者完成了涵盖生活方式、病史等多个因素的问卷调研，接受了体格测量，并提供了用于长期储存的生物样本。目前已开展大规模检测（包括生化检测、基因分型、全外显子测序、全基因组测序以及蛋白质组学和代谢组学检测），未来还可能对储存样本进行更多检测。参与者同意将其健康相关记录关联起来，以追踪长期健康结局。
2025-12-15 00:00:00
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原创 癌症早诊+预后预测，生物标志物双突破
多组学策略通过整合基因组学、转录组学、蛋白质组学与代谢组学，彻底革新了生物标志物的发现方式，并为个性化肿瘤学开辟了新的应用方向。尽管技术发展迅速，但目前仍缺乏涵盖整合策略、分析流程及转化应用的系统性综述。本文提出了多组学整合的综合框架，包括水平整合与垂直整合策略的工作流程、分析技术及计算工具，尤其重点阐述了用于数据解读的机器学习与深度学习方法。近年来，多组学在单分子、多分子及跨组学层面均开发出具有潜力的生物标志物组合，为癌症诊断、预后评估及治疗决策提供支持。
2025-12-15 00:00:00
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原创 SIMPLIFY协议1种溶剂搞定4大组学
深入理解人类健康与疾病的关联，需要能捕捉内源性代谢与环境暴露间复杂相互作用的综合分析方法。临床研究中的一大挑战是，受生物资源、时间和预算限制，难以获取多维数据（尤其是广泛的生化图谱）。本研究介绍了SIMPLIFY协议，一种统一的单相提取方法，可同时提取外源性化学产物和内源性分子。将该方法与实验室内部提取技术（包括甲醇MeOH和乙腈ACN蛋白沉淀法、Folch法）在多种样本类型（尤其是有证参考物质）上进行了对比评估。
2025-12-09 11:11:30
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原创 乳腺癌焦虑研究40年：4,376篇文献计量分析
思维导图数据处理与分析工具国家 / 地区贡献与合作网络TOP10 机构（按文献数排序）核心作者（按影响力指标）TOP10 发文期刊TOP5 共被引期刊关键词频率（TOP5）主题演变3阶段。
2025-12-08 00:45:00
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原创 25年磨一剑！质谱高通量筛选
开发稳健的高通量筛选（HTS）方法以发现新化学实体，对于科研与转化应用具有重要意义。高通量（HT）方法的核心应用场景还包括：药物研发中的潜在治疗药物筛选、疾病生物标志物发现相关的生物流体谱分析，以及临床诊断。自动化、微流控和环境电离领域的重大技术进步，与特定应用场景对 HTS 的需求形成互补，助力实现高度自动化的复杂分析流程。
2025-12-02 11:14:19
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原创 脂质+代谢物+基因！多组学关系挖掘
多组学实验的一个目标是理解分子生物学机制在不同条件下（通常是对照组与实验组）的变化情况。这通常需要研究多种类型生物分子（如脂质、代谢物、蛋白质等基因产物）间关系的变化（例如相互作用和代谢关系）。尽管已有多个数据库包含生物分子间的关系，但研究欠深入的物种在数据库中可能几乎没有相关关系信息，因此必须从文献中挖掘。文献挖掘面临诸多挑战，包括自动化全文提取、生物分子术语同义词合并以及复杂机器学习工具的部署等。
2025-12-02 11:12:44
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原创 植物代谢组学新范式！颜值图谱+药物靶点
蜡菊属植物中 35% 原产于南非，以其多样的药用特性而闻名，但其化学成分在很大程度上仍未被探索。因此，需要持续开展研究以全面表征蜡菊属植物的植物化学特征，进而为发现和开发源于蜡菊属的天然产物用于药物研发提供支持。本研究报道了一项计算代谢组学工作，旨在全面表征3种研究较少的药用蜡菊（意大利蜡菊、叶柄蜡菊、华丽蜡菊）的代谢图谱。研究采用己烷、乙酸乙酯和甲醇３种溶剂提取代谢物，并通过液相色谱 - 串联质谱（LC-MS/MS）系统进行分析。
2025-12-02 11:11:13
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原创 柳叶刀定调：脓毒症已成全球第３大死因
思维导图数据来源全球脓毒症发病率与死亡率趋势（1990-2021）年龄分层的脓毒症负担（2021 年）地区分层的脓毒症负担（2021 年）感染性基础病因（1990-2021）非感染性基础病因（1990-2021）合并脓毒症死亡的主要感染综合征（2021 年）研究优势与局限。
2025-12-01 15:16:20
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原创 Smmit聚焦多样本单细胞多组学
多样本单细胞多组学数据集可在多个样本的同一细胞中同时测量多种数据模态，助力于在群体层面研究基因表达、基因调控活性与蛋白质丰度。开发了用于跨样本和跨模态整合数据的计算流程Smmit。与现有方法相比，Smmit能更高效地去除批次效应，同时保留相关生物学信息，进而得到更优的整合结果。此外，Smmit计算效率更高，且基于现有计算方法构建，实施所需的工作量极小。尽管Smmit的重点并非算法创新，但为分析多样本单细胞多组学数据提供了一个经实践验证的实用解决方案。
2025-11-27 11:39:21
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原创 一站式搞定代谢组学预处理→统计→后分析
得益于技术的进步，代谢组学已取得显著发展并日益普及。此前推出了用于非靶向代谢组学分析的整合工具SMART 1.0，该工具简化了从初始数据预处理到后续关联分析的整个流程。在SMART 2.0中，对SMART 1.0进行了增强，新增了靶向代谢组学分析、数据标准化、质量控制评估以及先进的降维与分类方法等分析模块。此外，SMART 2.0还支持整合多组学通路分析以及峰识别、浓度校准等后分析任务。还探索了使用大语言模型进行峰注释的潜力，结果令人满意。本研究以麻醉品数据和乳腺癌数据为示例，阐明了这些新功能。
2025-11-27 11:37:48
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原创 456→266例样本说话，脂质-糖组互作新机制
多组学整合面临诸多挑战，包括不同平台数据的异质性、高维度特性，以及当并非所有参与者都具备完整组学数据时有效样本量减少的问题。为此，提出一种基于人工智能（AI）的网络整合方法，将各组学层内部的关联性建模为受更广泛生物系统（包括来自其他组学层的结构化影响）塑造的结果。开展了一项针对免疫和炎症通路相关的遗传学、糖组学与脂质组学特征的横断面多组学研究。
2025-11-27 11:36:13
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原创 表型药物发现迎来破壁者！PhenoModel多模态发力
表型药物发现（PDD）侧重于细胞或有机体对药物处理产生的可观察特征或表型，而非主要依赖特定分子靶点。通过这种方法发现的药物可能具有更好的治疗相关性，因为它们是在高度模拟人类疾病的条件下进行测试的。本研究中，提出了基于独特的双空间对比学习框架开发的多模态分子基础模型PhenoModel。该模型有效连接了分子结构与表型信息，适用于一系列下游药物发现任务，包括分子性质预测以及基于靶点、表型和配体的活性分子筛选。结果表明，PhenoModel在这些领域的性能优于基线方法。
2025-11-26 15:45:51
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原创 衰老=神经退行性疾病加速器？2025顶刊综述
衰老是阿尔茨海默病（AD）、肌萎缩侧索硬化症（ALS）、帕金森病（PD）、额颞叶痴呆（FTD）和亨廷顿病（HD）的首要风险因素。随着年龄增长，大脑神经元会发生多种变化，对其结构和功能产生不利影响。本文探讨了脑衰老背后的关键过程 —— 如年龄相关的细胞死亡、细胞 “能量工厂”（线粒体）功能异常、氧化应激、蛋白质错误折叠、脑部炎症、脑内清除功能障碍及血管退化，并阐述了这些过程对神经退行性疾病的影响。随着年龄增长，脑血液循环受阻、突触可塑性降低、新生神经元数量减少，这些因素会进一步加重疾病。
2025-11-19 11:57:51
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原创 微生物群落研究新利器GCompip
宏基因组数据中的基因丰度通常以计数（Counts）或每百万拷贝（Copies Per Million）表示。然而，上述指标均未考虑微生物群落的规模。为准确反映微生物群落内的基因丰度（GAM），研究团队开发了一套全面的 GAM 估算流程 ——GCompip。该流程基于专用的通用单拷贝基因（USCG）数据库、严格的比对参数及严谨的过滤标准构建而成。
2025-11-19 11:55:24
631
原创 跨物种/组学难整合？scBCN消批次、保信号
随着单细胞数据的不断应用，有效校正批次效应并准确识别细胞类型已成为生物医学研究中的关键挑战。然而，现有方法往往难以将技术效应与真实生物变异区分开，这限制了它们在异质数据集上的性能。本文提出了一种整合框架单细胞批次校正网络（single-cell Batch Correction Network, scBCN），该框架将稳健的跨批次相似簇识别与深度残差神经网络相结合，在校正批次效应的同时保留生物变异。
2025-11-12 17:35:16
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原创 从9味中药到精准机制！Herb-CMap
草药（尤其是中药）是天然产物的丰富来源，具有显著治疗潜力。然而，由于其多成分组成的复杂性，解析其作用机制面临挑战。本研究提出多模态融合框架 Herb-CMap，该框架整合蛋白质 - 蛋白质相互作用（PPI）与草药扰动基因表达特征。借助基于网络的热扩散算法，Herb-CMap 构建了草药扰动与治疗靶标间的关联图谱，进而助力活性成分的优先级排序。本研究以用于治疗咳嗽变异性哮喘（CVA）的中药方剂苏黄止咳胶囊（简称 “苏黄”）为案例，应用 Herb-CMap 展开分析。
2025-11-12 17:33:22
929
原创 多模态数据+跨器官模型，下一代ADMET预测来了
ADMET评估是决定药物候选化合物临床成功的基础。传统实验方法虽可靠，但资源消耗大；而传统计算模型则缺乏稳健性与泛化性。近年来，ML通过解析复杂的结构 - 性质关系，为 ADMET 预测带来变革，提供了可扩展、高效的替代方案。本文系统探讨了当前最先进的方法（包括图神经网络、集成学习和多任务框架），以及新兴的多模态数据整合策略与算法优化方法，旨在提升预测准确性与临床转化关联性。
2025-11-12 17:31:22
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原创 95%小分子身份成谜？机器学习直接画质谱图
串联质谱（MS/MS）在小分子分析中至关重要，但传统计算方法受限于参考谱库不完整与数据处理复杂等问题。机器学习（ML）正从③个关键方向变革小分子质谱技术：（a）预测MS/MS谱图及相关理化性质以扩展参考谱库；（b）通过自动提取谱图模式改进谱图匹配；（c）直接从MS/MS谱图预测化合物的分子结构。本文综述了分子表示（描述符、简化分子输入线输入系统SMILE字符串、分子图）与MS/MS谱图表示（分箱向量、峰列表）的机器学习方法，以及谱图预测、保留时间、碰撞截面、谱图匹配领域的最新进展。
2025-11-03 09:52:05
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原创 中国台湾精准医疗计划TPMI
汉族人群约占全球人口的 20%，但在遗传研究中的代表性仍不足，因此迫切需要大规模队列为精准医疗的发展提供支持。本文介绍由中国台湾中研院发起、联合台湾地区 16 家主要医疗中心开展的 “中国台湾精准医疗计划（TPMI）”。该计划已招募 565,390 名参与者，参与者均同意提供 DNA 样本用于基因分型，并授权研究人员访问其电子病历（EMR）。电子病历的访问权限涵盖回顾性与前瞻性数据，可支持纵向研究。
2025-11-03 09:50:02
830
原创 孟德尔随机化终于“双杀”多效性！RMR-ICP
思维导图核心框架：同时校正 CHP 与 IHP模拟设置I 类错误控制（β₁=0，1000 次重复）血浆蛋白与中风的因果发现传统中风风险因素的因果发现KEGG富集分析。
2025-11-03 09:47:51
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原创 单细胞多组学CellPhenoX可解释AI转临床
单细胞技术彻底改变了人们对疾病异质性的认知，但随着单细胞数据集规模不断扩大，将细胞水平的表型改变与临床结局关联起来的难度也日益增加。现有方法缺乏可解释性，且难以检测交互效应（即性别、年龄与疾病等因素间的非线性关联），这进一步加剧了该挑战。为解决这一问题，研究人员开发了一种新型可解释机器学习方法 CellPhenoX，用于识别与临床结局相关的细胞特异性表型及交互效应。CellPhenoX 整合了分类模型、可解释人工智能（AI）技术与统计框架，生成具有可解释性的细胞特异性分数，从而挖掘与疾病状态相关的细胞群体。
2025-10-31 16:39:51
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环境科学基于时间序列的水质与沉积物样本分类：月度监测数据整理与分析系统设计
2025-08-21
【生物信息学】基于KEGG数据库的细胞通路与代谢过程数据分析：多类别生物过程的月度变化趋势研究
2025-08-21
【生物信息学】基于KEGG数据库的基因功能富集分析：细胞过程与人类疾病关联研究
2025-08-21
数据分析基于代谢物浓度的双组分系统研究：多种化合物在不同条件下的定量分析数据表
2025-08-21
【生物信息学】双通道RNA测序数据处理：基因表达量统计与分析方法探讨
2025-08-21
数据分析基于基因表达数据的多基因特征分析：fireworks-data.txt中基因表达水平统计与研究用途
2025-08-20
数据分析基于分组样本的数据整理与分类：fireworks-group样本数据结构展示与分析
2025-08-20
【生物信息学】基因与蛋白质关联分析：代谢通路及信号传导途径的P值和计数统计
2025-08-05
有对多组学，质谱，生信感兴趣的吗？
2025-07-29
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