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原创 Alphafold3一些置信指标的再解读

2个问题

2025-11-24 11:41:56 586 1

原创 Alphafold实用指南—官网教程3

EBI alphafold培训最后内容

2025-11-22 21:45:36 664 1

原创 Alphafold实用指南—官网教程2

EBI alphafold培训系列2

2025-11-22 16:11:47 901

原创 AlphaFold实用指南—官网教程1

EBI关于alphafold的官网教程指南

2025-11-20 18:14:42 805

原创 使用Json文件批量执行Alphafold3 web server预测

alphafold3预测结构网页服务器的批量处理

2025-11-17 18:30:10 1055

原创 蛋白质内在无序区域(IDR)预测benchmark

蛋白质内在无序区域IDR预测工具

2025-11-09 23:29:00 333

原创 如何批量获取蛋白质序列的所有结构域(domain)数据-2

蛋白质结构域脚本获取,上一篇博客的下半部分,其实就是同一篇博客分开成两篇,不然图片就失效了

2025-10-25 22:40:59 935

原创 如何批量获取蛋白质序列的所有结构域(domain)数据-1

结构域数据脚本挖掘的系列文章,本来早就打算发出来了,但是图片老师不能够显示,起码囤了半个月之久

2025-10-25 22:01:33 1113

原创 小众python库的方法与文档接口查看

小众python库的文档注释自动提取

2025-10-13 11:38:36 702

原创 python5.1 数据类dataclass

OOP再补充

2025-10-10 20:25:15 967

原创 python5:面向对象编程OOP

python系列填坑

2025-10-09 16:31:45 342

原创 为什么序列比对本质上就是一个机器学习任务?

一些涉及到序列比对小问题的草稿

2025-09-09 21:53:37 390 1

原创 如何在序列水平上简单分析一个新蛋白质序列(novel protein sequence)

新蛋白质序列分析的一些想法

2025-09-05 20:48:05 995 1

原创 参数检验vs非参数检验

原稿丢了点,latex渲染图片部分用截图补上,累死了

2025-09-01 19:38:39 1178 1

原创 PROSITE数据库pattern再探

PROSITE数据库草稿系列,最近有很多压箱底的草稿都存不下来,姑且作为个人记录

2025-08-27 11:37:30 856

原创 服务器配置-从0到分析5:一些常用设置

古早系列的草稿,装机时无聊写的一点东西,只留下了这么点草稿

2025-08-27 11:31:32 282

原创 Genome browser:UCSC基因组浏览器-ENCODE数据整合

Browser系列的草稿,本来打算出一系列的,实在没时间整理了,这个草稿,包括UCSC、WashU还有很多的组学可视化track工具

2025-08-27 11:21:53 1263

原创 HMM简单拓展-HSMM与高阶HMM

HMM的简单拓展,现在还是用深度学习模型好

2025-08-26 22:03:43 637

原创 解析蛋白质三维结构-Bio3D R包

目测还是下游分析软件,上游还是得使用其他语言的分子动力学软件主力

2025-08-26 10:48:34 558

原创 蛋白质结构信息学大纲

主要参考两本授课教材,其余作为大纲,会有后续系列补充上来

2025-08-25 22:30:03 879

原创 结构生物信息学工具

一些结构信息学工具集锦

2025-08-25 22:21:50 181

原创 Metrics1:Intersection over union交并比

各种metric也要开始规范化收集

2025-08-21 22:52:18 824

原创 什么是测度?

纯扫盲用

2025-08-21 22:50:32 695 1

原创 蛋白质分析常用数据库2

数据库收集这一个专栏,得重新再整理一下,规范好命名

2025-08-21 20:25:19 712

原创 生物信息学深度学习模型比较与学习框架

阅读模型文献时,可以参考的一个系统比较流程的逻辑线

2025-08-20 16:23:46 877 1

原创 AI蛋白质设计学习主线

现在蛋白质设计+DL是越来越火了,偶然看到个大纲,觉得作为有能力人的自学路线挺不错的

2025-08-11 21:53:57 1173

原创 结构化组织我们的python工程项目

层级化组织我们的每一个项目结构,使其更加规范

2025-08-08 17:59:27 1268 1

原创 主成分分析加强版:MP-PCA

加了点东西的PCA轮子

2025-08-08 15:43:04 1037 2

原创 安装开源版pymol

安装开源pymol

2025-07-31 09:05:38 2003 1

原创 模块module复用与导入

python项目组织中常见的模块复用

2025-07-29 16:14:32 1133 2

原创 interproscan

EMBOSS,interpro,以及uniprot中都有很多类似的REST API工具

2025-07-15 15:39:00 459 2

原创 Stickers-and-Spacers模型

研究相分离的经典Flory-Huggins理论,可以类比到其他DNA-RNA-蛋白质互作现象以及机制中

2025-07-15 15:34:28 820

原创 (鱼书)深度学习入门3:手搓神经网络

手搓神经网络,mnist

2025-07-15 00:12:27 427

原创 (鱼书)深度学习入门2:手搓感知机

鱼书chap2

2025-07-10 22:41:07 268

原创 (鱼书)深度学习入门1:python入门

鱼书chap1

2025-07-10 22:40:36 542

原创 蛋白质序列-omega参数计算算法解读

另外一个参数,需要结合我的上一篇博客类比,参数概念以及算法部分有很大的相似性

2025-07-10 16:56:57 418

原创 蛋白质序列-kappa参数计算算法解读

计算蛋白质序列带电性质-kappa参数

2025-07-09 22:23:09 861

原创 linux中比较2个排序文件的差异

comm在linux中进行名单集合运算(交集补集差集等)

2025-07-07 16:24:54 172

原创 Insulation score算法解读

TAD识别算法之一——绝缘评分

2025-07-03 23:42:30 931

原创 使用Dirichlet分布进行随机初始化

狄利克雷分布

2025-06-30 22:20:14 403

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