颠倒的海德格尔-优快云博客

原创如何为我们的GPU设备选择合适的CUDA版本和Torch版本？

炼丹环境配置前

2026-01-08 11:24:22 872 1

原创 Chap1-1 Numpy手搓神经网络—入门PyTorch

本篇正式跨越numpy到pytorch，从理论到工程化组织，神经网络在我们眼里应该不那么神秘了，

2026-01-07 15:13:22 246

原创深度学习model权重文件

model权重文件

2026-01-06 10:40:40 843

原创 Chap1：Neural Networks with NumPy（手搓神经网络理解原理）

新开一个专栏，也是深度学习的，但是我会focus在蛋白质模型里，从alphafold一路讲到IDPfold之类

2026-01-05 22:43:25 1000

原创矩阵微积分速通

机器学习中涉及到矩阵的微积分运算，所有会用到的一些基础的求导知识

2026-01-02 22:50:43 688

原创临时图表快速生成

背景icon生成

2025-12-25 21:24:50 165

原创 nvidia-smi输出界面

nvidia显卡查看信息基本命令

2025-12-24 15:12:02 515

原创 vscode的colab扩展目前的一些问题

colab扩展的一些问题

2025-12-23 16:33:38 910

原创什么是 API（应用程序编程接口）？

纯扫盲贴

2025-12-23 14:59:50 850

原创在vscode中使用colab的GPU算力

之前一直都是民间大神的野路子，现在官方也下场了

2025-12-23 09:04:14 353

原创 GitHub代码搜索——工具&技巧

github搜索

2025-12-21 22:31:37 702

原创记1次BioPython Entrez模块Elink的debug

debug还是学到了不少

2025-12-19 23:20:26 568

原创文献阅读自动化1-批量检索、更新文献

pubmed自动化第1篇

2025-12-13 16:59:42 1003

原创计算解析并可视化Alphafold3结构预测结果

我开发的一个af3以及更一般的mmcif结构文件可视化小工具

2025-12-11 18:43:54 1155

原创如何为你的Python项目构建pyproject.toml文件

基本上现在大部分github的python开发项目，都有pyproject.toml配置

2025-12-11 16:38:27 324

原创代码知识库平台的构建：如何解构可视化代码并快速上手？

一些小总结，关于如何找代码+如何读懂代码，在AI时代基本都有了一些自动化的解决方案，对于cs+x的AI4S科研人员来说，是真正赶上了一个好时代

2025-12-05 22:30:18 918

原创 LibInspector—为小白智能解析、阅读（几乎所有）Python工具库

一个智能解析Python工具库的工具，生成新手友好的阅读文档

2025-12-02 22:25:53 697

原创 Yazi —— 推荐一款终端文件管理器

一个linux终端TUI文件管理工具

2025-12-02 15:30:45 431

原创设置Zsh为默认Shell

默认zsh

2025-12-02 14:51:23 223

原创 Alphafold3一些置信指标的再解读

2个问题

2025-11-24 11:41:56 945 1

原创 Alphafold实用指南—官网教程3

EBI alphafold培训最后内容

2025-11-22 21:45:36 1024 1

原创 Alphafold实用指南—官网教程2

EBI alphafold培训系列2

2025-11-22 16:11:47 1207

原创 AlphaFold实用指南—官网教程1

EBI关于alphafold的官网教程指南

2025-11-20 18:14:42 926

原创使用Json文件批量执行Alphafold3 web server预测

alphafold3预测结构网页服务器的批量处理

2025-11-17 18:30:10 1223

原创蛋白质内在无序区域（IDR）预测benchmark

蛋白质内在无序区域IDR预测工具

2025-11-09 23:29:00 406

原创如何批量获取蛋白质序列的所有结构域（domain）数据-2

蛋白质结构域脚本获取，上一篇博客的下半部分，其实就是同一篇博客分开成两篇，不然图片就失效了

2025-10-25 22:40:59 1085

原创如何批量获取蛋白质序列的所有结构域（domain）数据-1

结构域数据脚本挖掘的系列文章，本来早就打算发出来了，但是图片老师不能够显示，起码囤了半个月之久

2025-10-25 22:01:33 1327

原创小众python库的方法与文档接口查看

小众python库的文档注释自动提取

2025-10-13 11:38:36 745

原创 python5.1 数据类dataclass

OOP再补充

2025-10-10 20:25:15 1171

原创 python5：面向对象编程OOP

python系列填坑

2025-10-09 16:31:45 364

原创为什么序列比对本质上就是一个机器学习任务？

一些涉及到序列比对小问题的草稿

2025-09-09 21:53:37 410 1

原创如何在序列水平上简单分析一个新蛋白质序列（novel protein sequence）

新蛋白质序列分析的一些想法

2025-09-05 20:48:05 1176 1

原创参数检验vs非参数检验

原稿丢了点，latex渲染图片部分用截图补上，累死了

2025-09-01 19:38:39 1329 1

原创 PROSITE数据库pattern再探

PROSITE数据库草稿系列，最近有很多压箱底的草稿都存不下来，姑且作为个人记录

2025-08-27 11:37:30 938

原创服务器配置-从0到分析5：一些常用设置

古早系列的草稿，装机时无聊写的一点东西，只留下了这么点草稿

2025-08-27 11:31:32 299

原创 Genome browser：UCSC基因组浏览器-ENCODE数据整合

Browser系列的草稿，本来打算出一系列的，实在没时间整理了，这个草稿，包括UCSC、WashU还有很多的组学可视化track工具

2025-08-27 11:21:53 1502

原创 HMM简单拓展-HSMM与高阶HMM

HMM的简单拓展，现在还是用深度学习模型好

2025-08-26 22:03:43 725

原创解析蛋白质三维结构-Bio3D R包

目测还是下游分析软件，上游还是得使用其他语言的分子动力学软件主力

2025-08-26 10:48:34 642

原创蛋白质结构信息学大纲

主要参考两本授课教材，其余作为大纲，会有后续系列补充上来

2025-08-25 22:30:03 996

原创结构生物信息学工具

一些结构信息学工具集锦

2025-08-25 22:21:50 200

空空如也

空空如也