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RSS订阅原创 Omphalos Lifesciences 相关L++示例
Omphalos Lifesciences 是一家专注于生命科学技术的公司，自2021年以来一直在开拓生命设计和创造技术。他们提供的产品和技术主要围绕以下几个方面：1. 产品设计：他们设计并创建生命技术产品，例如“Life Designer”，这是一个集成的生物系统设计软件平台。这个数字生物操作系统使生物学家能够快速模拟、模拟和可视化复杂的生物系统。2. 应用领域：- 加速智能药物发现：通过先进的模拟系统，使用虚拟人类模型进行快速、可定制的测试，以加速药物发现，与传统方法相比，大幅减少时间和成本。
2024-10-21 16:18:34
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原创 virtual cells 相关模型整理
可以让容器在关闭后保留，但容器内的数据在容器被删除后依然会丢失。标记通常用于在容器退出时自动清理容器文件系统，这意味着当容器停止时，所有的更改和数据都会丢失。通过这些步骤和设置，您可以确保 Docker 容器在运行后不会删除内部文件，并且可以重新进入和访问这些文件。如果容器已经停止运行，您需要先启动容器，然后才能进入。这将列出所有 Docker 容器，包括正在运行的和已停止的。标记启动的，并且您希望保留容器的数据，您可以考虑在启动时不使用。如果容器已经停止，这个命令也可以用来检查容器的日志文件。
2024-10-09 14:28:22
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原创 virtual cells 相关软件整理
这个模型由来自麻省理工学院和哈佛大学博德研究所的研究人员及其合作者开发，它使用单细胞RNA表达数据中表达最高的基因来生成每个细胞的密集表示，这些表示可以用作各种下游预测任务的特征。在文章中提到的研究中，研究者可能使用 Escher 来可视化 JCVI-syn3A 的代谢网络，并分析其在不同条件下的行为，如在模拟最小细胞模型的代谢活动时。它由康涅狄格大学健康中心的细胞分析与建模国家资源开发，提供了自动化工具，用于在空间和时间上模拟各种细胞现象，既可以是确定性的也可以是随机性的。
2024-09-10 12:39:46
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原创 子实体形态相关基因鉴定
进行糖类活性酶的注释，在这一过程中，序列特征谱作为搜索的目标，而包含各真菌蛋白质组序列的文件作为搜索对象。软件进行序列的鉴定。初步得到的微管蛋白序列通过系统发育分析方法进行家族分类。将包含各糖类活性酶家族的隐马尔科夫序列特征谱下载自。软件包对蛋白家族的基因数量进行分类统计，得到。）数据库鉴定同源域转录因子基因（的XP_003038723.1。的XP_006454075.1。的XP_001829147.2。用于鉴定线粒体中间肽酶基因（CAT数据库的数量矩阵。则用于鉴定β侧翼基因（数据库进行比对，选用。
2023-07-21 11:05:19
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原创 mysql: [Warning] World-writable config file ‘/etc/mysql/conf.d/mysql.cnf‘ is ignored.报错及解决
【代码】mysql: [Warning] World-writable config file ‘/etc/mysql/conf.d/mysql.cnf‘ is ignored.报错及解决。
2023-06-20 20:29:54
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原创 TCDB membrane transporters 数据整理
整理成下图由 transporter id 对应的z-score标准化后的数据。整理 transporter id 对应的蛋白编码基因拷贝数。
2023-06-16 19:11:08
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原创 真菌转录组组装方法（有参）与Gene Prediction Commend 01略有不同
4）index得到:MS2_hisat2re.sam MS2_hisat2re.summaryview得到:MS2_hisat2re.bamsortindexfalgstate对回帖bam质量评估只分析已知转录本组装和定量得到:ballgown_out_dir cov_refs.gtf gene_abund.tab本质上，stringTie只提供了转录本水平的表达量，定量方式包括TPM和FPKM值两种。prepDE.py 需要一个 sample_list，第一列为样本名，第二列为。
2023-04-19 10:43:27
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原创 分泌蛋白(SP)注释为CAZymes，蛋白酶MEROPS，脂肪酶Lipase
由于分泌的CAZymes在木材降解过程中起着关键作用，因此我们研究了它们在该科的含量变化，不同进化枝具有独特的CAZyme含量。分泌蛋白(SP)被注释为 CAZymes，脂肪酶或蛋白酶。对于每个基因组，我们对于这些我们指定的活性在普通植物细胞壁基质。从真菌世界( Mycocosm.JGI.doe.gov )获得 JGI 基因组组装的统计数据(即 N50、基因和支架的数量以及基因组大小)。
2023-04-18 11:08:17
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原创 蛋白酶MEROPS，脂肪酶Lipase注释步骤（含批量）
againstMEROPS).).下载界面具体内容如下下载数据，使用ctrl+A（全选）和 ctrl+D（保存）选用pepunit.lib.fasta在进行序列比对前，首先需要。报错内容：解决措施：删除氨基酸序列中的点或把点替换为X（未知氨基酸），sed -i '/^>/!
2023-04-18 11:06:14
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原创 gene prediction commend 3
用于后续并行. 为了降低内存消耗，–segmentsSize设置的大小需要少于1Mb(这里是100k)， --overlapSize的不能太小，如果数学好，可用设置成基因平均长度加上2个标准差，数学不好，就设置成10K吧。
2023-04-14 12:23:25
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原创 gene prediction commend 2
获得一个不包含基因组序列的gff3 文件：rnd5.all.gff，以及一系列蛋白质和转录组fasta 文件。cd ..
2023-04-13 17:46:46
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原创 MobaXterm出现X11-forwarding : ✘ (disabled or not supported by server)及conda: command not found等问题
之前报错的command not found现在都可以用了！安装xorg-x11-xauth。上述问题可能不是重点~~
2023-04-07 17:21:43
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原创 antiSMASH在线及本地运行（含批量）
对于完整的基因组，运行ClusterBlast、 KnownClusterBlast、SubClusterBlast、ActiveSiteFinder, TTA codon detection 、自动模式下的TTA密码子检测、次级代谢物簇同源组预测和特定簇的详细注释采用如下参数（参数，antiSMASH 使用 blastp 来将氨基酸序列比对到已知的次级代谢 clusters 或 subclusters 上，来寻找 query 序列中的基因簇。可以同时上传*.genome.fasta和*.genome.
2023-04-07 17:01:37
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原创 KEGG注释步骤（含KAAS网页运行，KofamKOALA本地安装及批量）
再者，如果使用的是ensembl ID，则需要注意统一使用Transcript ID或Gene ID）。保留所有信息，包括Gene ID对应上的每一个KO Number，比对分数，E-value以及KO Number的详细信息等。：需要保持ID的一致性，否则注释不出结果（例如拿来做注释的往往是蛋白序列，一般会包括可变性剪切的标识符AT4G36920.1。需要填写邮箱信息，在网页中提交后需要再进入邮箱，点击邮件中的提交链接，才能开始计算。注释完毕后，从填写的邮箱中进入注释完毕后的网页，下载注释结果。
2023-04-01 18:53:56
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原创 orthovenn2
OrthoVenn2基于OrthoMCL启发式匹配算法，用DIAMOND进行比对，比传统的BLAST算法速度提高了1万倍，OrthoVenn2基因组蛋白序列来源于Ensembl数据库，通用性更强，单次在线分析的上限物种数量提高了1倍达12个。全基因组直系同源基因簇（Orthologousclusters）的分析是比较基因组学研究中的一项重要内容，直系同源基因簇之间的聚类及网络构建有助于解释跨多物种的蛋白质的功能和进化关系。
2023-04-01 15:44:48
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原创 GO注释步骤（含批量）
注意：这些文件是制表符分隔的文本文件，千万不要保存为 Excel 格式，以免有后续问题！直接整理 eggNOG-mapper 的结果，输出几个文件，分别满足不同下游分析需要。但是使用EBI的工具时是有的（存在报错）2.Gene Onotoloy注释信息。四个文件的具体信息，截图可看。下面2种方法选一种使用即可。的注释结果中没有GO注释。接下来进行数据整理与画图。3.KEGG 注释信息。4.PFAM 注释信息。1.具体功能描述信息。
2023-03-31 14:29:37
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原创 InterProScan本地化安装、配置、使用（含批量操作）
interproscan 是个基因注释工具，可以一次运行实现多个数据库的注释。用户既可以提交蛋白序列也可以提交核酸序列，还可以对输出格式进行设置。优点：使用本地化的数据库，在断网和计算机资源充足的情况下，能加快注释速度；本地化网页版能同时比对多条序列；本地化能对DNA序列进行interpro注释。缺点：本地化安装InterProScan比较复杂耗时；需要不时更新本地数据库；本地化运行耗费计算资源大。
2023-03-30 14:41:58
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原创 基因组组装hifiasm（三代 PacBio Hifi）-step2
根据K-mer分析杂合率＜0.6%，不需要分型杂合率＞或=0.6%，需要分型。
2023-03-29 17:21:02
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原创 Gene Prediction Commend 01
输出：out.filter1.gff3去冗余后的基因模型，out.filter2.gff3完整的基因模型，可用于ab initio基因预测软件的HMM training。结果：5_1210_db.assemblies.fasta.transdecoder.genome.gff3。统计结果在seqcl_transcripts.fasta.log。得到yc.transcripts.fasta。最终得到Trinity-GG.fasta文件。最终得到Trinity.fasta文件。得到merged.gtf。
2023-03-29 17:06:11
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空空如也
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