学会富集分析，必须掌握的clusterProfiler生态！

最新推荐文章于 2024-04-11 09:32:15 发布

生信修炼手册

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文章标签：可视化 python 数据可视化 java android

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clusterProfiler是富集分析最强大的R包，内置支持多种物种，并且支持自定义数据库来进行富集。为了进一步强化clusterProfiler的功能，其开发者开发了一系列富集分析的R包，可谓是富集分析的生态圈，掌握这些包的用法，拿下富集分析不在话下。

本文重点介绍如何使用这个包来完成富集分析并进行可视化，我们的目标图像展示如下

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R语言中的clusterProfiler功能：富集分析和通路富集分析

TechCraze的博客

08-28

1549

clusterProfiler包提供了一系列函数和工具，用于从高通量实验数据中鉴定基因集合的富集情况，并提供了可视化工具帮助解释和展示结果。通过使用clusterProfiler包，我们可以方便地进行基因集合的富集分析和通路富集分析，并得到直观的结果展示。在R语言中，clusterProfiler是一个强大的包，提供了丰富的功能用于进行富集分析和通路富集分析。函数进行基因的富集分析，并指定了使用的数据库、基因ID类型、富集分析的本体以及统计显著性的调整方法和阈值。函数对富集分析结果进行可视化展示。

GO富集分析设置数据库

最新发布

**My Coding Family**

01-16

925

🏆本文收录于专栏，主要记录项目实战过程中所遇到的Bug或因后果及提供真实有效的解决方案，希望能够助你一臂之力，帮你早日登顶实现财富自由🚀；同时，欢迎大家！持续更新中，up！up！up！！

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Clusterprofiler-多分组富集分析及可视化

qq_42090739的博客

10-13

6299

clusterprofile中自带可视化函数---dotplot，这里我们选择可视化5个term，当然了，默认的图可能不太好修改，我们可以导出数据，在ggplot2中可视化！一般富集分析都是单个组基因集，但是当有多个数据集的时候，一个一个分析比较麻烦，clusterprofile包可以实现多组分析，这里演示一下。更多精彩内容请至我的公众号---KS科研分享与服务。这里利用单细胞构建了一个数据，其他数据构建成如此即可！构建分组，转化genesymbol-gene ID。富集分析，去除冗杂terms！

clusterprofiler进行富集分析

Frankooool的博客

07-19

943

library(readr) library(topGO) library(KEGGREST) library(clusterProfiler) library(org.Hs.eg.db) library(tidyverse) test1 = bitr(gene, fromType="SYMBOL", toType=c("ENSEMBL", "ENTREZID"), OrgDb="org.Hs.eg.db") ego_ALL <- enrichGO(gene = test1$ENTREZID,

R 实战 | 使用clusterProfiler进行多组基因富集分析

weixin_45822007的博客

11-08

1万+

R 实战 | 使用clusterProfiler进行多组基因富集分析clusterProfiler这个包我就不再介绍了，网上关于用这个包做的基础的富集分析的教程已经非常多了，今天主要介绍一...

ClusterProfiler在线基因集富集分析，支持自定义基因集、任意物种

微生信

09-05

1673

为什么pathway富集分析结果没有我感兴趣的通路？GO和KEGG富集分析使用差异基因（上调基因，下调基因，或者上下调合起来的基因）作为输入，使用超几何分布等算法计算显著富集的GO term或者通路，然而，在实际数据处理中，这种使用p值和fold change进行一刀切获得差异基因，然后进行富集分析的分析方法，往往富集不到我们感兴趣的结果。这时，可以试试基因集富集分析（Gene set enrichment analysis，GSEA），它使用全部基因作为输入，找出具有协同差异 (concordant di

使用clusterProfiler进行GO富集分析

庐州月光的博客

11-05

6万+

欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》! clusterProfiler是一个功能强大的R包，同时支持GO和KEGG的富集分析，而且可视化功能非常的优秀，本章主要介绍利用这个R包来进行Gene Ontology的富集分析。进行GO分析时，需要考虑的一个基础因素就是基因的GO注释信息从何处获取。Bioconductor上提供了以下19个物种的Org类型的包，包含了这些物种的GO注释信息 pac...

使用clusterProfiler进行KEGG富集分析

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庐州月光的博客

11-05

6万+

欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》! KEGG pathway是最常用的功能注释数据库之一，可以利用KEGG 的API获取一个物种所有基因对应的pathway注释，human对应的API 链接如下 http://rest.kegg.jp/link/hsa/pathway 通过该链接可以获得以下内容 path:hsa00010 hsa:10327 path:hsa00010 hsa:124 pa...

生信知识点-串讲-富集分析_R生信_生物信息_富集分析_R富集分析_生信分析_

10-02

使用`clusterProfiler`，我们首先需要获取差异表达基因列表，然后执行富集分析，最后绘制富集图和条形图以可视化结果。以下是一般步骤： 1. **数据准备**：导入基因表达数据和相应的差异表达基因列表。这可能来自...

从eggNOG进行GO注释到使用clusterProfiler富集分析

liuninghua521的博客

12-11

1万+

从GO注释到数据处理再到富集分析可视化，最详细最简单~~~

clusterProfiler:基因和基因簇的功能谱的统计分析和可视化

04-28

clusterProfiler 该软件包实现了分析和可视化基因组坐标（由支持），基因和基因簇的功能概况的方法。有关详细信息，请访问。 :writing_hand: 作者余光创南方医科大学基础医学院使用clusterProfiler时，请引用以下文章：于庚，王L，韩Y和何Q * 。 clusterProfiler：一个R包，用于比较基因簇之间的生物学主题。 OMICS：综合生物学杂志。 2012，16（5）：284-287。

使用`clusterProfiler`：生物信息学中的高效集群分析工具

gitblog_00027的博客

04-11

875

使用clusterProfiler：生物信息学中的高效集群分析工具去发现同类优质开源项目:https://gitcode.com/ 项目简介是一个开源R包，主要用于高通量数据集（如基因表达数据）的生物通路和功能富集分析。项目由南京大学的Yu Lab团队开发并维护，旨在简化和标准化复杂的生物信息学工作流程，使研究人员能够更方便地理解和解释大规模实验数据。技术分析 clusterProfiler...

clusterProfiler功能富集分析和通路富集分析

Mrrunsen的博客

08-05

1377

它提供了一种方便的方式来对基因集（如差异表达基因、共表达模块等）进行功能和通路富集分析，从而帮助研究者更好地理解基因集在生物学过程中的功能和调控机制。例如，您可以尝试使用其他数据库进行富集分析，调整参数以获得更丰富的结果，并将结果进行更详细的可视化展示。如果您对特定分析或数据有进一步的问题，或者需要更详细的教程，请告诉我，我会尽力帮助您。：首先，导入您的基因集和相应的基因注释数据，通常是Ensembl或其他数据库的基因ID和注释信息。：最后，对富集分析的结果进行解释和可视化，以获得对生物学过程的理解。

clusterprolifer富集分析从loupe得到的11个亚群进行富集分析clusterprolifer 选择基因的条件为log2FC＞1&PValue＜0.01

生信小博士的博客

08-19

647

【代码】clusterprolifer富集分析从loupe得到的11个亚群进行富集分析clusterprolifer 选择基因的条件为log2FC>1&PValue

clusterprofiler

fengleqi的博客

06-15

7033

http://www.biotrainee.com/thread-632-1-1.html 1.做GO和KEGG：接下来就是clusterprofiler的函数：library(clusterProfiler)ego=enrichGO(OrgDb="org.Hs.eg.db", gene = gene1,pvalueCutoff = 0.01,readable=TRUE)#一行代码完成GO富集，g...

【生信分析】clusterProfiler: universal enrichment tool for functional and comparative study（1）

小哲的博客

08-12

1015

clusterProfiler: universal enrichment tool for functional and comparative studyClusterProfiler: 用于功能和比较研究的通用富集工具总览1. 引言1.1 术语1.1.1 基因集和通路1.1.2 基因同源（GO）1.1.3 京都基因与基因组百科全书（KEGG）1.1.4 其他基因集2. 功能富集分析方法2.1 过度表征分析（Over Representation Analysis）2.2 基因集富集分析（Gene Se

富集分析原理和clusterProfiler包进行GO、KEGG富集分析详细说明

Tian問的博客

10-03

3万+

概念：基因富集分析是指对于给定一组基因根据基因组注释信息（GO、KEGG）对基因进行聚类分析，即给定的基因是不是GO中的一个功能（或KEGG中的一个通路）。基因的功能富集的目的说明给定的基因集对哪些功能的影响有针对性的，不是随机影响的。原理：基因富集分析是通过研究给定的基因集在功能节点上是否过出现来得到关注的基因集显著注释的功能节点。通常利用超几何分布等方法计算给定基因集在某个功能（或通路）上的P值，判断给定的基因集在功能（或通路）的基因数目超过了随机的期望，是一个小概率事件。变

如何利用clusterProfiler进行基因集的KEGG富集分析？

公众号/简说基因，知乎/简宝玉

07-22

3004

NGS 测序项目，不管是基因组测序，还是转录组测序，通常会得到一个基因列表，记录了基因突变，或者高/低表达量。对成百上千甚至上万个基因进行解读，往往是困难的，对基因进行分组以帮助对数据的理解就非常有必要。KEGG 富集分析就是一种非常流行的对基因集进行分组的方法。安装BiocManager::install("clusterProfiler") BiocManager::...

clusterProfiler R package

ZHIDIHUAYUAN的博客

06-06

2445

clusterProfiler : universal enrichment tool for functional and comparative study 介绍对于clusterProfiler包中文件的学习。 Gene Ontology (GO) 从下面三个方面来介绍基因功能。 MF: Molecular Function ，基因产物的分子活性； CC: Cellular Component，基因产物活跃的地方； BP: Biological Process，由基因产物组成的pathways a

clusterprofiler富集分析

06-06

clusterProfiler是一个用于生物信息学富集分析的R包。它可以对基因集进行富集分析，包括基因本体论、通路分析、转录因子靶基因预测等。该包提供了丰富的可视化工具，可以帮助用户更好地理解富集分析结果。此外，clusterProfiler还支持多种物种和基因ID类型，可以方便地适应不同的研究需求。