fengleqi的博客

原创 最近用到的R

1，去掉背景+theme(panel.grid.major =element_blank(),panel.grid.minor = element_blank(),panel.background = element_blank(),axis.line = element_line(colour = "black"))2，改变X轴标签scale_x_discrete( bre...

原创 参考的资料

Steel.Dwass test in R: Kruskal-Wallis post hoc testhttp://blog.sciencenet.cn/blog-651374-975780.htmlhttp://blog.sciencenet.cn/blog-651374-985834.htmlhttp://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/R/Steel-Dwass.h...

原创 Rstudio print中文乱码

Sys.setlocale("LC_ALL","Chinese")

原创 继续ggplot

#http://www.cookbook-r.com/Graphs/Bar_and_line_graphs_(ggplot2)/#总结#第一篇ggplot(data = dat,aes(x=time,y=total_bill,fill=time))+geom_bar(fill="#DD8888",color='black',stat = 'identity',width = 0.5)+gu...

原创 关于ggplot的使用，之后注释

#总结if(FALSE){ 标度scale scale_color_manual(vavalues = c()) scale_size_continuous(range = c()) scale_fill_continuous(high='red2',low='blue4') scale_fill_manual() 几何对象Geom geom_point() g...

原创 安装指定版本的R包

require(devtools)install_version("car", version = "2.1-6",repos = "http://cran.us.r-project.org")

原创 window10下面更改主机用户名

刚买电脑的时候还是个小白，将管理名设置了中文，从此导致种种软件使用过程中的识别障碍，想更换的时候发现window10竟然没有“用户组”选项，无奈只好升级系统，这里记录一下，一下内容为转载，侵删首先，如果是正常情况：1，右击我的电脑，点击用户组和用户，进行修改如果没有这一选项：一般来说：http://www.winwin7.com/JC/10927.htmlwin+R，文件，...

原创 R in action 笔记

##1savehistory('delete')loadhistory('myfile')save.image('myfile')save(objectlist,file = 'myfile')load('myfile')dir.create()##2cells <- c(1,26,24,68)rnames <- c("R1", "R2")cnames...

转载 wmc()

# Nonparametric pairwise multiple comparisons using the Wilcoxon Signed Rank Test# Probability values are adjusted using the p.adjust functionwmc <- function(formula, data, exact=FALSE, sort=TRU...

原创 excel统一去掉n个字符

原创 R语言写循环

hsc<-read.table('HSC-result.txt',header = T,row.names = 1)cmp<-read.table('CMP-result.txt',header = T,row.names = 1)gmp<-read.table('GMP-result.txt',header = T,row.names = 1)mep<-read.t...

转载 用conda构建Python的虚拟环境

https://www.cnblogs.com/swje/p/7642929.html

转载 Ubuntu 安装Jupyter Notebook

参考：https://www.jb51.net/article/126089.htm原作者写的真的很详细，这里搬过来只是为了自己之后方便查找二.安装步骤环境：Docker(17.04.0-ce)、镜像Ubuntu(16.04.3)1. 更新软件列表? 1 root@787c084a44e4:~# apt-get update 2. 安...

原创 怎样查看linux文件某一具体行

sed -n '1003,1p' tophatsed -n 'n,np' | awk '{print$X}'第2个与第3个n表示你要打印第几行，比如要打印5-8行就是sed -n '5,8p' filename

原创 安装pysam的时候遇到：Cannot uninstall 'pysam'. It is a distutils installed project and thus we cannot accura

强制升级：sudo pip install --ignore-installed pysam

原创 Rstudio里面遇到install.package()不好用：

在Rstudio-tools--global options--packages--更改cran源，之后再install.package()或许会有不同的结果

原创 常用的Python技巧(持续更新)

#Python 根据文件名删除文件：我有一个包含文件名的name-file.txt文件，想要删除某路径下，与其对应的文件：name-file.txt：HSC115-SRX2040092-I1_plate11_D_9HSC118-SRX2040096-I1_plate11_E_1HSC121-SRX2040099-I1_plate11_E_4HSC122-SRX2040102-I1_p...

原创 常用的R语言技巧(持续更新)：

a1<-apply(mlp, 2, sum)>150000#mlp按列，sum大于150000的元素a1<-a1[a1==FALSE]a1<-data.frame(a1)cc0<-row.names(a1)#提出来小于150000的列名val1<-as.factor(cc1)c1<-subset(mlp,select = -c(val1))...

转载 R安装Cairo

参考：https://www.cnblogs.com/payton/p/5391680.html系统环境Linux: Ubuntu 12.04.2 LTS 64bit R: 3.0.1 x86_64-pc-linux-gnuCairo基本库安装~ sudo apt-get install libcairo2-dev~ sudo apt-get install libxt-de...

原创 sudo-server打不开rstudio：

sudo rstudio-server start之前有一次在浏览器运行的时候文件太大卡住了，后来直接关掉，之后再使用rstudio都特别卡，无法打开，解决：将临时文件删掉：rm -rf ~/.rstudio/sessions/active/session-*...

转载 用conda安装软件，如果出现PackageNotFoundError：

参考：https://blog.youkuaiyun.com/yaochen2507/article/details/79540195anaconda search -t conda 要找的包安装：conda install -c https://conda.anaconda.org/列表中对应的Name 要找的包...

转载 macs2的输出文件解读

转载自：https://www.jianshu.com/p/21e8c51fca23NAME_peaks.xls包含peak信息的tab分割的文件，前几行会显示callpeak时的命令。输出信息包含：染色体号 peak起始位点 peak结束位点 peak区域长度 peak的峰值位点（summit position） peak 峰值的高度（pileup height at pea...

翻译 metdiff

在本文中，我们报道了MeTDiff，一种用于MeRIP-Seq数据集中差异甲基化分析的新计算工具。MeTDiff允许生物学家在两种病例对照条件（例如，正常与癌症）中进行甲基化差异的转录组范围的定量比较。在不同的模拟MeRIP-Seq数据集上评估MeTDiff以研究具有不同重复的生物学差异的影响以及偏向读数和不同程度的差异甲基化的影响。结果显示，在所有这些模拟条件下，MeTDiff可以比exom...

转载 比对结果解读

https://www.cnblogs.com/leezx/p/8540862.html

转载 关于samtools

http://www.chenlianfu.com/?p=1399q30.bam 文件是为了对质量进行控制而过滤是为了去除PCR等重复，既可以使用samtools也可以使用picardOptions: -b output BAM 默认下输出是 SAM 格式文件，该参数设置输出 BAM 格式 -h print...

原创 ？

Tophat –&gt; Cufflink –&gt; Cuffdiffcufflinks 是做什么分析的对每个样本进行转录组装将所有样本进行转录组装获得基因表达文件cufflinks还有cuffdiff根据文章设立的阈值，挑选出差异基因   featureCounts 进行定量采用DESeq2进行差异分析 应该是还有一个进行整合的文件脚本，以方便计...

转载 R版本不适用问题

解决方法：source("http://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite("***")      #包的名称

转载 ensemble和ucsc的一些区别

原文来源：x2yline在生信进化树上的评论，http://www.biotrainee.com/thread-626-1-1.htmlEnsemble（ ensembl.org网站是常用真核生物参考基因组来源之一 ）能够对人类基因自动进行注释，包括人类，小鼠，斑马鱼，猪和大鼠等，也包括来自HAVANA的人工注释信息。Ensembl是一项生物信息学研究计划，旨在开发种能够对真核生物基因组进行自动注...

转载 htseq-count的使用

转：https://blog.youkuaiyun.com/herokoking/article/details/78257714没找到原文地址，上面的博主也是转的别人的，但是没有标出原文出处htseq-count 是一款用于reads计数的软件，他能对位于基因组上的一些单位的reads数进行统计，这里所说的单位主要是指染色体上的一组位置区间（我们常见的就是gene exon）。＊教程基于0.6.1p2版本基...

原创 安装RSeQC

需要用pip,我就先安装了一下pipsudo su切换到root用户su - 用户名# apt-get install python-pip python-dev build-essential# pip install --upgrade pip12如果使用easy_install的话可以使用如下命令：# apt-get install python-setuptools python-de...

转载 Ubuntu安装conda

https://blog.youkuaiyun.com/menghuanbeike/article/details/79138651你需要前往Anaconda的官网看下目前的下载地址： https://www.continuum.io/downloads#linux下载python2版本或者python3版本，32位或者64位也根据自己计算机配置选择mkdir /Anaconda;cd /Anaconda;w...

转载 wig、bigWig和bedgraph文件详解

http://www.bio-info-trainee.com/1815.html

转载 clusterprofiler

http://www.biotrainee.com/thread-632-1-1.html 1.做GO和KEGG：接下来就是clusterprofiler的函数：library(clusterProfiler)ego=enrichGO(OrgDb="org.Hs.eg.db", gene = gene1,pvalueCutoff = 0.01,readable=TRUE)#一行代码完成GO富集，g...

转载 基因的entrez ID 跟symbol等其它ID的转换程序

http://www.biotrainee.com/thread-404-1-1.htmlftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/

转载 BioConductor分析芯片数据

http://agetouch.blog.163.com/blog/static/228535090201691875035963/

转载 了解测序与生物信息

bcbiohttp://www.360doc.com/content/18/0311/20/52043738_736186698.shtmlhttps://blog.youkuaiyun.com/soyabean555999/article/details/62216328

转载 bedtools的使用

http://blog.sina.com.cn/s/blog_182e021ed0102xa72.html区域注释，如peak注释，peak分布分析，peak与调控元件交集等。区域合并，如求算多样品peak合集，或合并重叠区域区域互补，如得到非基因区利用比对结果对测序广度和深度评估多样品peak相似性计算，评估ChIP类区域结果的样品相似性。...

转载 基因富集分析

https://www.jianshu.com/p/a1f312b60569http://www.360doc.com/content/16/0711/10/26456292_574656968.shtmldiff_gene.entrez文件，是通过各种差异基因软件找出来的差异基因的entrez ID号列表，每一个ID号一行，几百个差异基因就几百行http://blog.sciencenet.cn...

转载 如何利用bioconductor分析基因芯片数据

http://agetouch.blog.163.com/blog/static/228535090201691875035963/

转载 matlab中文乱码问题

https://blog.youkuaiyun.com/He_MM/article/details/51943526新安装的Matlab由于默认设置可能会导致显示中文乱码的问题，这是由于Matlab 文档编辑器(editor) 的编码导致的，一般默认编码方式为ANSI，为了显示中文，应改为UTF-8方式或其他支持中文的编码方式，这在Matlab中的操作为：slCharacterEncoding('UTF-8'...