small RNA seq筛选reads长度

最新推荐文章于 2025-01-24 17:01:58 发布

little^raccoon

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分类专栏：生物信息文章标签：测序 reads处理

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本文介绍了一种使用Python进行smallRNAseq数据处理的方法，通过筛选特定长度范围(18~25nt)的reads来优化数据分析流程。该方法适用于生物信息学研究，特别是对于smallRNA的高通量测序数据的预处理。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

small RNA seq筛选reads长度，以筛选18~25 nt为例

python

fw = open('out', 'w')
with open('inp', 'r') as fr:
    content = fr.readlines()
    for i in range((len(content) + 1)/4):
        site = 4 * i
        if 16 < len(content[1 + site]) < 25:   #保留长度大于17，小于26的reads
            fw.write(content[0 + site] + content[1 + site] + content[2 + site] + content[3 + site].strip() + '\n')