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使用miRDeep-P2从sRNA-seq数据中de novo预测miRNA

miRNA的起源动物和植物中都存在miRNA，但动植物中的miRNA从形成到作用方式都有着明显的区别。比如在小RNA基因转录出mRNA后，第一次的剪切在动物中使用Drosha酶，而在植物中则是Dicer-Like；动物成熟小RNA凭借其第2-8个nt与靶基因的精密匹配在转录后对平对靶基因进行调控，这段区域称为seed region，而在植物中整段成熟小RNA区域与靶基因进行的匹配。但是有研究表...

NCBI下载的测序数据有很多是去接头后的unique序列，第一列表示reads序列，第二列表示reads数，中间用\t分隔。我们需要对这种格式整理成miRDP软件输入的fasta格式zcat GSM932400_GEK51_unique.txt.gz | head -n 5TGAAGCTGCCAGCATGATCTA 240181GACCGCATAGCGCAGTGGA 45144...

去接头后的fastq格式需要转为unique的fasta格式，用于miRDP的下一步分析。用python的.count()感觉速度太慢，用awk速度很快。head -n 12 SRR7406454_trimmed.fq@SRR7406454.1 HISEQ:279:HVMFNBCXX:1:1101:1442:2039 length=50NTTGGATTGAAGGGAGCTCTA+SR...