little^raccoon

Phytozome数据处理下载gene.gff3和transcript_primaryTranscriptOnly.fa两个文件，接下来数据整理需要保证gff文件中的基因名与fasta文件中的基因名相同。代码对于拟南芥试用，其它植物因为序列命名问题，稍有差异。GFF数据Phytozome下载的gene.gff3文件中，mRNA的会注释出多个转录本，gene注释是唯一的，所以我们取出ge...

想下载拟南芥一些特定组织的RNAseq数据，通过entrez把各个库的info下载，然后筛选后进行下载Entrez Direct: E-utilities on the UNIX Command LineInstallation cd ~ /bin/bash perl -MNet::FTP -e \ '$ftp = new Net::FTP("ftp.ncbi.nlm....

下午用到计算序列长度，忘记对输入序列去除换行符，导致计算的所有长度均+1chomp;

SoybeanResequencing 302 wild and cultivated accessions identifies genes related to domestication and improvement in soybean. Nature Biotechnologyhttps://figshare.com/articles/Soybean_resequencing_pr...