little^raccoon

通过python的ftplib批量下载ensembl中指定类型的文件，并且同一个物种的文件保存在一个文件夹中#/usr/bin/pythonimport ftplibimport osimport time###设置下载路径，下载文件类型HOST='ftp.ensemblgenomes.org'DIRN='/pub/release-50/plants/fasta/'feature_lst=['cdna','cds','pep'] #如下载基因组文件，则加上‘dna’。后面if 'fa..

有些东西不常用，所以要多做记录#导入模块from Bio import Entrez, Medlineimport re#邮箱不是强制性，但NCBI要求出现问题时可以联系到用户。也可以在Entrez.esearch()的参数列表里设置email="aaa@163.com"Entrez.email = "aaa@163.com"#搜索关键词，就像在线搜索一样，可以用“AND”和“OR”。以及关键词类别，如[Year], [Organism], [Gene]等。keyword = 'miR15.

#!/usr/bin/python# -*- coding: utf-8 -*-import argparse # 导入模块parser = argparse.ArgumentParser() # 创建解析解释器对象ArgumentParserparser.discription='This script is writen by python3.6'parser.add_argum...

lst1 = [[1,2,3,4], [5,6,7,8], [9,10,11,12]][[row[i] for row in lst1] for i in range(len(lst1[0]))]

def toONElineFASTA(file): 'Convert multi-line fasta to one-line fasta' db = {} for line in file.readlines(): if line.startswith('>'): keys = line.strip() ...