用python编写统计fasta格式的序列的长度脚本

如果用perl来编写统计fasta序列的长度脚本，很简单的几行代码就可以搞定，但是想了想，觉得用python写更时候处理大的文件，尤其是想用python实现多线程处理。因此，就有了用python来编写最初版的统计fasta序列长度的脚本的想法。 

运行方法：nohup python stat_length.py input.fasta > input.len &

运行结果：

>Aquca_005_00607.1_Acoerulea    429
>Aquca_1939_00001.1_Acoerulea   534
>Aquca_005_00568.1_Acoerulea    369
>Aquca_033_00023.1_Acoerulea    447
>Aquca_005_00384.1_Acoerulea    1461

源代码如下：

#!/usr/bin/python
import sys,os,re


def process_file(reader):
    '''Open, read,and print a file'''
    names=[]
    index=0
    dict={}


    for line in reader:
        if line.startswith('>'):
           if index >=1:
               names.append(line)
  &nbs