CentOS7.9 无root安装 bedtools

最新安装步骤 (202305)
https://github.com/arq5x/bedtools2/releases

gcc 12:

$ gcc --version
gcc (GCC) 12.1.0
Copyright (C) 2022 Free Software Foundation, Inc.

下载和解压

$ /home/wangjl2/data/Downloads
$ wget https://github.com/arq5x/bedtools2/releases/download/v2.31.0/bedtools-2.31.0.tar.gz
$ tar -zxvf bedtools-2.31.0.tar.gz
有报错: tar: Ignoring unknown extended header keyword `LIBARCHIVE.xattr.com.apple.quarantine' 
这个报错可以不用管，主要原因是压缩包是在mac系统上压缩的，
在linux系统解压会生成一些无法识别的信息，问题不大

编译

$ cd bedtools2
$ make -j20 #gcc (GCC) 12.1.0
$ make prefix=~/soft/bedtools2 install  # 如果设置 ~/ 则安装到家目录下的bin/bedtools/中

添加到工作目录
$ vim ~/.bashrc #添加一行
export PATH=/home/$USER/soft/bedtools2/bin:$PATH
载入配置
$ source ~/.bashrc

查看版本号

$ which bedtools
~/soft/bedtools2/bin/bedtools

$ bedtools --version
bedtools v2.31.0