开源化学信息学工具包(Open Access Cheminformatics Toolkits)

本文介绍了多个开源化学信息学工具包,如CDK、RDKit、Open Babel,它们提供化学结构I/O、分子转换、子结构搜索等功能。Cinfony提供这些工具包间的互操作性,而Indigo、ChemoPy、ChemmineR、Chemkit和DeepChem则专注于特定领域的化学计算和分析。这些工具广泛支持多种文件格式和化学操作,对于化学和药物研发领域至关重要。

摘要生成于 C知道 ,由 DeepSeek-R1 满血版支持, 前往体验 >

 

1. CDK (Chemistry Development Kit) 

官网:https://cdk.github.io/点击打开链接

        CDK是结构化学信息学和生物信息学的开源Java库。 该项目由Christoph Steinbeck,Egon Willighagen与Jmol和JChemPaint的开发人员Dan Gezelter于2000年发起。迄今为止,它是在科学界广泛支持下开展的最活跃的开源化学信息学项目之一。 

        CDK工具包为开发化学信息领域的新软件提供了许多功能,例如各种化学输入/输出(I/O)文件格式,包括简化的分子输入行输入系统(SMILES),化学标记语言(CML)和麻省理工学院设计语言(MDL); 结构发生器;;2D图表编辑和生成;3D几何图形生成;使用精确结构和SMARTS类查询进行子结构搜索;定量构效关系分子描述子计算(QSAR)研究;指纹计算;国际化学标识符(InChI)支持;在生物信息学领域,功能包括同源配体检测,代谢物鉴定等。

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