CentOS
关注
分享
扫一扫
CentOS（Community Enterprise Operating System，中文意思是社区企业操作系统）是Linux发行版之一，它是来自于Red Hat Enterprise Linux依照开放源代码规定释出的源代码所编译而成。
DrugAI
Fight Disease With Code ! Fight Disease With Data Technology !
药学、医学、化学和生物与计算机和AI交叉的爱好者从业者。
展开
-
CentOS 7.8升级gcc-8.2
检查环境：安装gcc、g++安装命令：yum install gccyum install gcc-c++安装依赖原创 2020-06-16 16:31:40 · 3248 阅读 · 0 评论 -
CentOS 7.6安装OpenMPI3.1.0
Table of Contents一、下载OpenMPI源码二、解压缩OpenMPI源码三、安装OpenMPI四、配置环境变量五、验证安装参考资料一、下载OpenMPI源码wget https://download.open-mpi.org/release/open-mpi/v3.1/openmpi-3.1.0.tar.gz二、解压缩OpenMPI源码 tar -zxvf openmpi-3.1.0.tar.gz三、安装OpenMPI进入源码根目录，.原创 2020-06-16 15:12:25 · 3011 阅读 · 1 评论 -
Git命令配置学习笔记
Git 笔记Git是分布式版本控制系统 集中式VS分布式： 集中式版本控制系统，版本库集中存放在中央服务器，必须要联网才能工作,没有历史版本库。 分布式版本控制系统，版本控制系统没有“中央服务器”，每个人电脑上都是一个完整的版本库。 分布式系统优势：安全性更高，不需要联网，如果中央服务器故障，任何其他一个开发人员的本地都有最新的带有历史记录的版本库。 主要区别在于历史版本库的...原创 2020-02-21 21:47:28 · 1078 阅读 · 0 评论 -
Anaconda | CentOS7 -解决 Python2和Python3共存
设置Python3软连接ln -s /usr/anaconda3/bin/python3 /usr/bin/python3设置Python3的ipython 使用软链接ln -s /usr/anaconda3/bin/ipython /usr/bin/ipython设置Python3的conda使用软链接ln -s /usr/anaconda3/bin/con...原创 2020-02-19 20:14:55 · 1315 阅读 · 0 评论 -
supervisor简介、安装与入门使用
supervisor简介Supervisor是用Python开发的一套通用的进程client/server管理程序，是UNIX-like系统下的一个进程管理工具，能将一个普通的命令行进程变为后台daemon，并监控进程状态，异常退出时能自动重启。它是通过fork/exec的方式把这些被管理的进程当作supervisor的子进程来启动，这样只要在supervisor的配置文件中，把要管理的进程的...原创 2019-12-29 12:54:50 · 1678 阅读 · 0 评论 -
CentOS 7.7 安装cmake3
安装gcc的软件依赖yum install -y gcc gcc-c++ make automake安装wgetyum install -y wget下载cmake源代码包wget https://cmake.org/files/v3.10/cmake-3.10.0-rc3.tar.gz解压、编译、安装tar -zxvf cmake-3.10.0-rc3....原创 2020-02-19 19:45:17 · 2766 阅读 · 0 评论 -
CentOS 7 安装Boost 1.67及boost_python
获取boostboost官网：https://www.boost.org/wget https://dl.bintray.com/boostorg/release/1.67.0/source/boost_1_67_0.tar.gz安装依赖yum -y install gcc-c++ python-devel bzip2-devel zlib-devel解压tar ...原创 2019-12-26 09:21:17 · 3719 阅读 · 0 评论 -
CentOS 7下源码编译安装新版本内核
在工作中，很多时候由于需要使用新的技术方案，需要较新版本的内核来支持新的功能，而CentOS系统自带的内核版本普遍都比较旧，因此我们需要对系统的内核进行升级，安装新版的内核。在此，以CentOS 7系统为例，对编译安装最新版内核的过程做如下总结：Linux 最新版本的内核可以通过https://www.kernel.org/网站获取1、下载最新稳定版本的内核源码包到 /usr/loca...原创 2019-11-04 20:42:33 · 3442 阅读 · 1 评论 -
CentOS 7 下安装 Docker 及操作命令
Docker 安装官方网站上有各种环境下的安装指南，比如：CentOS、Ubuntu和 Debian 系列的安装。而我们现在主要介绍的是基于 CentOS 7.x 上面的安装。1、查看是否已经安装过docker[root@localhost ~]#yum list installed | grep dockerdocker.x86_64 ...原创 2019-10-15 15:56:27 · 1080 阅读 · 0 评论 -
CentOS7 关闭防火墙
每次远程连接Jupyter Notebook，都被禁止访问需要临时关闭防火墙。CentOS7版本防火墙默认使用firewalld#临时关闭systemctl stop firewalld#禁止开机启动systemctl disable firewalldRemoved symlink /etc/systemd/system/multi-user.target.wants/firewalld...原创 2018-05-31 17:44:14 · 1747 阅读 · 0 评论 -
停止NVIDIA的GPU进程
停止GPU进程：kill -9 PID某个GPU进程：停止进程：kill -9 5694DrugAI原创 2018-06-05 17:54:55 · 9568 阅读 · 0 评论 -
Linux（CentOS 7_x64位）系统下安装DOCK6.8
DOCK6 是UCSF(加利福尼亚大学洛杉矶分校)开发出的一套用于模拟分子对接的软件。用于学术研究目的DOCK6 官网申请，申请时需要填写真实详细的信息(学校名称、网站地址、导师名称等等)。官网点击打开链接分子对接软件DOCK6.8的安装安装依赖yum install gcc yum install gcc-c++ yum install ...原创 2017-09-10 18:16:56 · 4468 阅读 · 6 评论 -
UCSF DOCK6.8对接教程之准备受体和配体文件
UCSF DOCK6.8对接教程 DOCK6是UCSF(加利福尼亚大学洛杉矶分校)开发出的一套用于模拟分子对接的软件。用于学术研究目的DOCK6 官网申请，申请时需要填写真实详细的信息(学校名称、网站地址、导师名称等等)。 目前DOCK6最新的释放版本为DOCK6.8,其安装参考博文：Linux（CentOS 7_x64位）系统下安装DOCK6...原创 2017-12-28 18:26:08 · 8070 阅读 · 3 评论 -
设置Win可远程访问服务器jupyter notebook
首先是要 安装 Anaconda 。默认情况下，安装好 Anaconda 后打开 jupyter notebook, 访问本地 localhost:8888 即可。但是如果要访问另一台机器，比如远端服务器上的 notebook, 即默认是不支持 172.104.105.119:8888 这样的访问，需要额外配置。设置 jupyter notebook 可远程访问的官方指南在这里，在远端服务器上执行...转载 2018-05-22 20:06:15 · 2501 阅读 · 0 评论 -
Error: /usr/lib64/libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.8‘ not found (required by /usr/anaconda3/bin/）
###Error: /usr/lib64/libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.8' not found (required by /usr/anaconda3/bin/../lib/./libicui18n.so.58)###strings /usr/lib64/libstdc++.so.6|grep CXXABIstrings /usr/anaconda3/l...原创 2018-05-22 19:51:53 · 5331 阅读 · 2 评论 -
centos7 选定默认启动内核，及删除无用内核
#使用cat /boot/grub2/grub.cfg |grep menuentry 查看系统可用内核[root@bigapp-slave27 ~]# cat /boot/grub2/grub.cfg |grep menuentryif [ x"${feature_menuentry_id}" = xy ]; then menuentry_id_option="--id" menu...转载 2018-05-18 16:14:24 · 1037 阅读 · 0 评论 -
RDKit：计算不同小分子构象之间的RMSD
计算两个小分子之间的RMSD，可以用来判断两个构象的接近程度。第一步：安装AnacondaWin或者Linux系统下Anaconda安装，不赘述，网上很多教程。第二步：安装RDKit通过conda安装RDKitconda install -c rdkit rdkit第三步：使用方法python isoRMSD.py mol1.pdb mol2.pdb rmsd.txt***************...原创 2018-05-17 11:48:52 · 5164 阅读 · 4 评论 -
UCSF DOCK6.8对接教程之蛋白分子表面和受体空间准备
准备蛋白质分子的表面文件（Chimera）打开rec_noH.pdb，Action>Surface>showTools>Structure Editing>Write DMS ，保存为rec.dms生成受体空间（DOCK6.8)将INSPH文件放入对接文件夹；INSPHrec.dmsRX0.04.01.4rec.sph原创 2018-05-17 11:27:33 · 3615 阅读 · 7 评论 -
Linux（CentOS 7）（64位）系统下安装Pymol（1.8.6）
PyMOL简介PyMOL是一款生物大分子三维结构显示软件，其中“Py”是指此软件使用Python语言编写，“MOL”是指Molecule。PyMOL官网是http://www.PyMOL.org/，发展历史和软件更新动态可在此查询。PyMOL的学习网站是http://www.PyMOLwiki.org/index.php/Main_Page，若想用好PyMOL，此网站是必上...原创 2017-06-17 18:18:25 · 7357 阅读 · 3 评论 -
CentOS 7（64位）系统中安装AutoDockTools（MGLTools）
硬件环境：获取安装包：官网：http://mgltools.scripps.edu/downloads点击打开链接CentOS 7（64位）系统中安装MGLTools获取root权限； 进入安装包所在文件夹； 赋予权限； 运行安装。su root #获取root权限chmod 755 mgltools_Linux-x86...原创 2017-06-11 18:35:04 · 8092 阅读 · 1 评论 -
CentOS 7系统中安装AutoDock Vina
AutoDock Vina官网：http://vina.scripps.edu/index.html点击打开链接AutoDock Vina安装包下载点击打开链接CentOS 7（64位）下安装AutoDock Vinacd autodockvinatar xzvf autodock_vina_1_1_2_linux_x86.tgz./autodock_...原创 2017-06-10 20:52:05 · 4384 阅读 · 3 评论 -
CentOS7（64位）安装NVIDIA显卡驱动和CUDA8.0
硬件环境：显卡驱动下载；http://www.geforce.cn/drivers点击打开链接CUDA下载：https://developer.nvidia.com/cuda-downloads点击打开链接CentOS7（64位）安装NVIDIA显卡驱动和CUDA-8.0检查是否安装了GPU：lspci | grep -i nvidia...原创 2017-06-11 15:37:12 · 31056 阅读 · 2 评论 -
CentOS 7下安装UCSF Chimera
UCSF Chimera是一个可高度延伸的程序，用于分子结构和相关数据的交互式可视化和 分析。主要包括：密度图，超分子组合，顺序排列，对接结果，轨迹和构象ensemble。也可以生成高质量图像和动画。Chimera包括完整的程序说明书和几个教程。UCSF Chimera官网：http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/点击打开链接Chimera安...原创 2017-06-10 22:11:21 · 6345 阅读 · 1 评论 -
CentOS7（64位）查看CPU和NVIDIA显卡温度
系 统：CentOS 7（64位）硬件环境：查看NVIDIA显卡温度;nvidia-smi查看CPU温度su root #获取root权限yum install -y lm_sensors #安装sensorssensors #检测温度DrugAI...原创 2017-07-25 20:51:57 · 10982 阅读 · 0 评论 -
CentOS 7-(64位)系统下安装Anaconda（Python3.x）及pip使用
ipython2、ipython3，以及安装不同版本python程序包！原创 2017-07-12 22:47:44 · 4258 阅读 · 0 评论 -
PubChem分子库
PubChemPubChem，即有机小分子生物活性数据，是一种化学模组的数据库，由美国国家健康研究院（ US National Institutes of Health，NIH）支持，美国国家生物技术信息中心负责维护。PubChem数据库包括 3个子数据库： PubChem BioAssay 库用于存储生化实验数据，实验数据主要来自高通量筛选实验和科技文献； PubChem Compoun...原创 2017-08-13 17:27:34 · 34710 阅读 · 2 评论 -
Gromacs 5.1.4 在CentOS7下GPU加速版的安装
GROMACS是一个用于分子动力学模拟和能量最小化的计算引擎. 分子动力学模拟和能量最小化是计算化学和分子建模领域众多技术中的两种. 计算化学 是计算技术在化学中应用, 涉及范围从分子的量子力学到复杂大分子聚集体的动力学. 分子建模 是用实际的原子模型描述复杂化学体系的一般方法, 其目的是以原子尺度的详细知识为基础, 理解和预测物质的宏观性质. 通常, 分子建模被用于设计新的材料, 因为在这过程中...原创 2017-06-11 13:49:50 · 6163 阅读 · 0 评论 -
Amber16和AmberTools16在CentOS 7下GPU加速版的安装
AMBER分子动力学程序包是由加州圣弗兰西斯科大学(University of California San Francisco,UCSF)的Peter A Kollman和其同事编写的，程序很全，大约包含60多个程序，相互协调工作。现在已经发展到版本17。AMBER功能涵盖种类非常多的生物分子，包括蛋白、核算以及药物小分子。硬件环境：硬件环境：编译依赖yum ins...原创 2017-06-11 14:07:07 · 4996 阅读 · 1 评论 -
Linux（CentOS 7_x64位）系统下安装GaussView5
GaussView的介绍和Linux系统下安装GaussView5原创 2017-08-22 20:17:52 · 9956 阅读 · 12 评论 -
Linux（64位）下OpenBabel 2.4.1、python2.7和Ipython实战（三）
Python调用openbabel的API输出sdf格式分子文件中的分子的分子量。原创 2017-08-26 23:49:36 · 2633 阅读 · 0 评论 -
Linux（64位）下OpenBabel 2.4.1、python2.7和Ipython实战（二）
多分子SDF格式分子文件分割为单个分子的sdf文件。openbabel2.4、IPython、Python2.7原创 2017-08-26 23:26:51 · 2353 阅读 · 3 评论 -
Linux 删除和替换文件中某些行的方法
删除mol2格式文件中的title原创 2018-05-17 11:08:29 · 1513 阅读 · 0 评论 -
ldconfig提示is not a symbolic link警告的去除方法
ldconfig提示is not a symbolic link警告的去除方法原创 2017-11-25 21:22:46 · 7511 阅读 · 0 评论 -
CentOS 7下编译安装Open Babel2.4.1和python绑定
一、Open Babel简介Open Babel是一款开源自由软件，使用Open Babel可以将一种化学结构类型的文件格式转换成另一种文件格式，非常方便的进行各种类型的化学结构文件进行相互转换。Open Babel由CC++编写，并提供C ++， Perl， Python等的API接口方便开发。二、Open Babel 2.4.1的编译安装并绑定Python第一步：下载op...原创 2017-05-15 21:25:27 · 3851 阅读 · 2 评论