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分子动力学
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GROMACS运行参数整理（一）
Gromacs运行参数中文注释中文注释仅供参考！！！1.Preprocessinginclude = ... ; 指定拓扑结构目录define = ... ; 预处理控制拓扑文件 -DPOSRES ; 位置限制 -DFLEXIBLE ; 柔性水代替刚性水 2.Run controlintegrator = ; ...原创 2017-10-23 23:57:05 · 5675 阅读 · 0 评论 -
GROMACS运行参数整理（二）
Gromacs运行参数中文注释中文注释仅供参考！！！GROMACS运行参数整理（一）点击打开链接9.Temperature couplingtcoupl = ; 指定耦合方法 no ;不使用 berendsen nose-hoover v-rescalensttcouple = ; 热耦合频率，默认1，表示与nstlist一致...原创 2017-10-29 14:21:51 · 4675 阅读 · 0 评论 -
Linux（CentOS 7_x64位）系统下安装Xmgrace
一、Xmgrace简介Xmgrace是Linux下类似origin的免费开源画图软件。Xmgrace官网：点击打开链接Xmgrace安装包下载：点击打开链接二、Xmgrace安装安装依赖yum install openmotifyum install openmotif-develyum install libXpm-develyum install li...原创 2017-10-21 16:46:38 · 11612 阅读 · 5 评论 -
GROMACS运行参数之em_real.mdp文件详解
GROMACS(5.1.4)教程：蛋白质配体复合物官网：点击打开链接李老师博客：点击打开链接蛋白质配体复合物模拟能量最小化过程中需要用到输入文件em_real.mdp，现对里面的各种编辑项目做简单注释。###em_real.mdp###; LINES STARTING WITH ';' ARE COMMENTStitle =...原创 2017-10-01 18:38:52 · 2512 阅读 · 0 评论 -
GROMACS运行参数之md.mdp文件详解
GROMACS(5.1.4)教程：蛋白质配体复合物官网：点击打开链接李老师博客：点击打开链接蛋白质配体复合物模拟md运行过程中需要用到输入文件md.mdp，现对里面的各种编辑项目做简单注释。###md.mdp###title = Protein-ligand complex MD simulation ; Run parameter...原创 2017-10-01 18:33:07 · 18878 阅读 · 0 评论 -
GROMACS运行参数之npt.mdp文件详解
GROMACS(5.1.4)教程：蛋白质配体复合物官网：点击打开链接李老师博客：点击打开链接蛋白质配体复合物模拟npt平衡过程中需要用到输入文件npt.mdp，现对里面的各种编辑项目做简单注释。###npt.mdp###title = Protein-ligand complex NPT equilibration ...原创 2017-10-01 18:28:16 · 7004 阅读 · 0 评论 -
GROMACS运行参数之nvt.mdp文件详解
GROMACS(5.1.4)教程：蛋白质配体复合物官网：点击打开链接李老师博客：点击打开链接蛋白质配体复合物模拟nvt平衡过程中需要用到输入文件nvt.mdp，现对里面的各种编辑项目做简单注释。###nvt.mdp###title = Protein-ligand complex NVT equilibration defin...原创 2017-10-01 18:18:39 · 9108 阅读 · 0 评论 -
GROMACS运行参数之em.mdp文件详解
GROMACS(5.1.4)教程：蛋白质配体复合物官网：点击打开链接李老师博客：点击打开链接蛋白质配体复合物模拟添加离子过程中需要用到输入文件em.mdp，现对里面的各种编辑项目做简单注释。###em.mdp###; LINES STARTING WITH ';' ARE COMMENTStitle = Minimization ; Titl...原创 2017-09-27 20:03:15 · 6713 阅读 · 0 评论 -
Amber16和AmberTools16在CentOS 7下GPU加速版的安装
AMBER分子动力学程序包是由加州圣弗兰西斯科大学(University of California San Francisco,UCSF)的Peter A Kollman和其同事编写的，程序很全，大约包含60多个程序，相互协调工作。现在已经发展到版本17。AMBER功能涵盖种类非常多的生物分子，包括蛋白、核算以及药物小分子。硬件环境：硬件环境：编译依赖yum ins...原创 2017-06-11 14:07:07 · 4996 阅读 · 1 评论 -
Ubuntu 18.04 LTS安装配置驱动、CUDA9.1和Amber18 & AmberTools18
目录1. 环境2. 驱动安装2.1 驱动下载：https://www.nvidia.com/download/driverResults.aspx/132541/2.2.删除原有NVIDIA驱动2.3禁用nouveau2.4.查询自己的显卡型号2.5.安装2.6.检验是否安装成功，命令3. CUDA9.1安装3.1 CUDA9.1下载：3.2 在cuda...原创 2019-12-10 11:25:34 · 4431 阅读 · 0 评论 -
CentOS7.6 安装配置Amber18/AmberTools18（GPU加速版）
硬件环境：1. 解压安装包tar jxvf AmberTools18.tar.bz2tar jxvf Amber18.tar.bz22. 安装环境依赖需要使用默认的CentOS7编译器，以及gcc4.8.5编译的CUDA组件。su rootyum install gcc gcc-gfortran gcc-c++ flex tcsh zlib-devel \...原创 2019-10-15 10:24:05 · 5746 阅读 · 0 评论