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 R语言 概述R语言是用于统计分析，图形表示和报告的编程语言和软件环境。 R语言由Ross Ihaka和Robert Gentleman在新西兰奥克兰大学创建，目前由R语言开发核心团队开发。R语言的核心是解释计算机语言，其允许分支和循环以及使用函数的模块化编程。 R语言允许与以C，C ++，.Net，Python或FORTRAN语言编写的过程集成以提高效率。R语言在GNU通用公共许...

火山图可以方便直观地展示两个样本间基因差异表达的分布情况。通常横坐标用log2（fold change）表示，差异越大的基因分布在两端，纵坐标用-log10（pvalue）表示，T检验显著性P值的负对数。通常差异倍数越大的基因T检验越显著，所以往往关注左上角和右上角的值。我们根据计算结果在图上按照FDR和我们自定义的logFC值来将这部分显著变化的基因用不同颜色标示出来以区分，这类图像往往呈现类似...

 练习: 熟练使用R软件实践1:最初几步x=1:100#把1,2,...,100个整数向量赋值到x(x=1:100) #同上, 只不过显示出来sample(x,20) #从1,...,100中随机不放回地抽取20个值作为样本set.seed(0);sample(1:10,3)#先设随机种子再抽样.#从1,...,200000中随机不放回地抽取10000个值作为样本:z=sa...

GEO:Gene Expression OmnibusGEOquery包安装if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager")BiocManager::install("GEOquery", version = "3.8")...

学习了python，已经能够满足大部分需求了。但是最近学习生息和组学数据分析，以后的论文是必须要用R语言来写的。那就学吧。因为之前一直在用jupyter notebook来写分析报告，所以我就想也用jupyter写R，这样子就很方便了。高兴的是确实可以在jupyter中使用R，安装基础包repr, IRdisplay, evaluate, crayon, pbdZMQ, devtool...

#读取CSV文件data <- read.csv("drugbank.csv", header = FALSE)   

R语言中的路径设置软件的路径设置对于电脑的内存管理、工作数据的保存和自己的寻根究底十分重要。所以，合理的设置R中相关路径，能更加方便快捷的管理自己的相关文件，提高学习R语言的效率，建立自己的习惯体系。R中的路径设置主要有以下几个方面：工作目录的路径 安装包的路径工作目录1.使用getwd()函数来显示当前工作目录；getwd()2.使用setwd()函数更改当前目录；...

一、原理简述包是R函数、数据、预编译代码以一种定义完善的格式组成的集合。计算机上存储包的目录称为库（library）。函数.libPaths()能够显示库所在的位置，函数library()则可以显示库中有哪些包。R自带了一系列默认包（包括base、datasets、utils、grDevices、graphics、stats以及methods），它们提供了种类繁多的默认函数和数据集。其...

R语言版本是R-3.6.1RStudio自身默认的背景界面高亮，长期编程累眼，一般会自己设置暗色界面。具体步骤如下：Tool->Global Options->Appearance->1. Font size: 122. Editor theme: Idle Fingers/Cobalt/Monokai->Apply------------------...