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一、Open Babel简介Open Babel是一款开源自由软件，使用Open Babel可以将一种化学结构类型的文件格式转换成另一种文件格式，非常方便的进行各种类型的化学结构文件进行相互转换。Open Babel由CC++编写，并提供C ++， Perl， Python等的API接口方便开发。二、Open Babel 2.4.1的编译安装并绑定Python第一步：下载op...

上一篇介绍的是CentOS 7下编译安装Open Babel2.4.1和python绑定点击打开链接一、Open Babel简介Open Babel是一款开源自由软件，使用Open Babel可以将一种化学结构类型的文件格式转换成另一种文件格式，非常方便的进行各种类型的化学结构文件进行相互转换。Open Babel由CC++编写，并提供C ++， Perl，Python等...

OpenBabel2.4，Python2.7的API调用实例。创建分子sdf文件。

多分子SDF格式分子文件分割为单个分子的sdf文件。openbabel2.4、IPython、Python2.7

Python调用openbabel的API输出sdf格式分子文件中的分子的分子量。

OpenBabel2.4.1转换mol2格式到pdbqt格式实例：obabel -imol2 FragmentLibrary.mol2 -opdbqt -O FragmentLibrary.pdbqtDrugAI

一、安装Anaconda或Miniconda二、利用conda安装openbabelconda install -c openbabel openbabel

一、安装AnacondaWin或者Linux系统下Anaconda或Miniconda安装，不赘述，网上很多教程。二、创建Python3.x虚拟环境conda create -n pydd36 python=3.6 conda三、测试环境#激活虚拟环境source activate pydd36#使用openbabel和RDKitimport openbabel, pybelfrom rdkit...

利用open babel产生小分子多重构象的方法有两种：一，使用遗传算法（遗传算法）进行构象搜索，属于系统式搜索最低能量构象的方法obabel -L conformer命令可以详细查看conformer插件的使用方法以下命令可以为小分子生成20个小分子构象，然后使用-writeconformers参数将所有的构象写成输出结构文件：obabel ligand.mol2 -O l...