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GROMACS是一个用于分子动力学模拟和能量最小化的计算引擎. 分子动力学模拟和能量最小化是计算化学和分子建模领域众多技术中的两种. 计算化学 是计算技术在化学中应用, 涉及范围从分子的量子力学到复杂大分子聚集体的动力学. 分子建模 是用实际的原子模型描述复杂化学体系的一般方法, 其目的是以原子尺度的详细知识为基础, 理解和预测物质的宏观性质. 通常, 分子建模被用于设计新的材料, 因为在这过程中...

ACPYPE，基于Python的工具，使用Antechamber生成化学化合物的拓扑，并提供python与其他应用程序的接口。将AMBER力场文件转换为GROMACS的拓扑文件。acpype安装包下载svn checkout http://ccpn.svn.sourceforge.net/svnroot/ccpn/branches/stable/ccpn/python/acpy...

GROMACS(5.1.4)教程：蛋白质配体复合物官网：点击打开链接李老师博客：点击打开链接蛋白质配体复合物模拟md运行过程中需要用到输入文件md.mdp，现对里面的各种编辑项目做简单注释。###md.mdp###title = Protein-ligand complex MD simulation ; Run parameter...

GROMACS(5.1.4)教程：蛋白质配体复合物官网：点击打开链接李老师博客：点击打开链接蛋白质配体复合物模拟能量最小化过程中需要用到输入文件em_real.mdp，现对里面的各种编辑项目做简单注释。###em_real.mdp###; LINES STARTING WITH ';' ARE COMMENTStitle =...

GROMACS(5.1.4)教程：蛋白质配体复合物官网：点击打开链接李老师博客：点击打开链接蛋白质配体复合物模拟添加离子过程中需要用到输入文件em.mdp，现对里面的各种编辑项目做简单注释。###em.mdp###; LINES STARTING WITH ';' ARE COMMENTStitle = Minimization ; Titl...

GROMACS(5.1.4)教程：蛋白质配体复合物官网：点击打开链接李老师博客：点击打开链接蛋白质配体复合物模拟nvt平衡过程中需要用到输入文件nvt.mdp，现对里面的各种编辑项目做简单注释。###nvt.mdp###title = Protein-ligand complex NVT equilibration defin...

GROMACS(5.1.4)教程：蛋白质配体复合物官网：点击打开链接李老师博客：点击打开链接蛋白质配体复合物模拟npt平衡过程中需要用到输入文件npt.mdp，现对里面的各种编辑项目做简单注释。###npt.mdp###title = Protein-ligand complex NPT equilibration ...

Gromacs运行参数中文注释中文注释仅供参考！！！GROMACS运行参数整理（一）点击打开链接9.Temperature couplingtcoupl = ; 指定耦合方法 no ;不使用 berendsen nose-hoover v-rescalensttcouple = ; 热耦合频率，默认1，表示与nstlist一致...

Gromacs运行参数中文注释中文注释仅供参考！！！1.Preprocessinginclude = ... ; 指定拓扑结构目录define = ... ; 预处理控制拓扑文件 -DPOSRES ; 位置限制 -DFLEXIBLE ; 柔性水代替刚性水 2.Run controlintegrator = ; ...