21、生物医学语义注释与远程医疗组织实践

生物医学语义注释与远程医疗组织实践

生物医学语义注释服务

在生物医学数据处理领域，语义注释起着至关重要的作用。不同的工具在概念识别和注释扩展方面有着不同的表现。

Mgrep 能够识别大量的概念，从而生成尽可能多的注释。然而，像 CONNAN 这样的工具存在一定局限性，它仅局限于 UMLS，并且没有进行关键的语义扩展步骤。在大多数情况下，本体中所代表的知识很少用于注释扩展，这使得我们的服务具有显著优势。

在信息检索领域，语义扩展的应用更为频繁。许多项目利用语义注释来提高搜索引擎的性能：
- MedicoPort 使用 UMLS 的语义进行查询扩展。
- Moskovitch 等人利用语义注释（基于概念的搜索），并在注释结构化文档时展示了上下文（上下文敏感搜索）的重要性，他们在语义扩展步骤中使用了 is_a 关系。
- Essie 表明，合理结合文档结构和概念的语义扩展是一种有效的信息检索方法。
- HealthCyberMap 利用本体和语义距离来可视化生物医学资源的内容。

但这些工具大多局限于 UMLS 或少数其他本体，而我们的服务不仅使用 UMLS，还使用 NCBO BioPortal 中所有可用的本体，这是我们的一大优势。

此外，还有一些相关的工作。Khelif 等人的工作与资源索引 OBR 类似，他们使用 GATE 平台对 GeneRIF 进行注释，不仅提取概念，还提取关系，并使用基于概念图的 Corese 应用进行语义扩展。Neveol 等人则致力于使用 MeSH 术语对生物医学资源进行索引。

我们提供的生物医学语义注释服务具有以下特点：
- 是一个 Web 服务