5、聚类分析：从基因到数学测试的应用

聚类分析：从基因到数学测试的应用

1. 引言

聚类分析是一种强大的数据挖掘技术，可将相似的数据点归为一类，在基因研究和教育测试等领域有着广泛应用。本文将详细介绍如何使用R语言进行层次聚类和二元聚类分析，包括基因聚类和数学测试数据的聚类。

2. 层次聚类 - 基因聚类

2.1 准备工作

为了进行层次聚类，我们将使用小鼠的数据集，包括 GSE4051_data 和 GSE4051_design ，它们分别以 GSE4051_data.csv 和 GSE4051_design.csv 的CSV格式提供。

• GSE4051_data 数据集有29,949行和39个变量，部分数值变量如下：
• Sample_21
• Sample_22
• Sample_23
• …
• GSE4051_design 数据集有39行和4个变量，其中数值变量为 sidNum ，非数值变量为 sidChar 、 devStage 和 gType 。

2.2 数据探索

首先，我们需要加载一些必要的R包：