16、测序数据处理全流程指南

测序数据处理全流程指南

一、数据预处理：左对齐归一化

在处理测序数据时，左对齐归一化是重要的预处理步骤。以下是实现左对齐归一化的代码：

infile=my_vcf_vqsr_dcmps.vcf.gz
outfile=my_vcf_vqsr_dcmps_nrml.vcf.gz
vt normalize -o $outfile -s $infile
tabix -p vcf "$decompose_vcf"

上述代码中， vt normalize 命令用于对输入的 VCF 文件进行左对齐归一化处理，处理后的结果存储在 outfile 中。 tabix -p vcf 命令用于为归一化后的 VCF 文件建立索引，方便后续的快速访问。

二、SNV 和 Indel 注释

2.1 注释的必要性

每个人与参考基因组相比，大约有六百万个单核苷酸变异（SNVs）和插入缺失（indels），但大多数变异并无问题。为了识别哪些变异发生在基因附近或内部，或者在重要的调控区域，我们需要对这些变异进行注释。注释还能记录这些变异的后果，例如氨基酸的改变（错义变异）、蛋白质的截断（终止获得变异）或蛋白质序列的完全改变（移码变异）等。此外，还包括变异在一般人群中的频率、致病性得分以及临床数据库中的信息。

2.2 VEP 软件安装与使用

VEP 是一款文档完善且经常更新的软件，用于注释 VCF 文件中的人类变异。以下是安装和使用 VEP 的详细