可变剪切因子 motif 分析

最新推荐文章于 2025-02-17 12:11:09 发布

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可变剪切因子 motif 分析

可变剪切因子 motif 分析

可变剪切调控因子与转录因子类似，具有特定的 RNA 结合 motif，是一种 RNA-binding protein。

相同点：
- 都是蛋白质的序列结合区域
- 有特定的序列 motif
不同点：
- TF 的 motif 主要结合在 promoter 和 enhancer，负责基因转录
- ASF 的 motif 主要结合在 gene 的 intro 区域，负责可变剪切

（一）获取可变剪切因子 motif

直接从 MEME 数据库中获取 motif 文件

MEME 工具含有多个 motif 数据库，具体可用数据库可参看：https://meme-suite.org/meme/db/motifs

所有 motif 数据库可直接下载使用：https://meme-suite.org/meme/doc/download.html

在 motif 数据库详情页面可查看下载压缩包中具体文件所在路径：

此处使用的 PTBP1 示例文件可以直接在 MEME 下载 CISBP-RNA 数据库（http://cisbp-rna.ccbr.utoronto.ca/）信息，并从中提取对应剪切因子的 motif，其中 MEME 中提供了 CISBP-RNA 数据库的 RNA motif 和 DNA motif 。

MEME version 5.5.5 (Thu Sep 14 08:48:04 2023 +1000)

ALPHABET= ACGU

Background letter frequencies (from uniform background):
A 0.25000 C 0.25000 G 0.25000 U 0.25000

MOTIF M227_0.6 PTBP1

letter-probability