m0_46336667的博客

原创 2024.6.17文献分享【Chromatin architecture reorganization in murine somatic cell nuclear transfer embryos】

【Abstract】Kdm4d体细胞核转移（SCNT）是将体细胞重新编程为全能胚胎并产生有活力的动物的唯一途径。染色质3D结构具有高度动态性，与许多生物过程有关。相间染色质3D结构的分层原则包括染色体区域、染色质隔间（A/B）、TAD和环。A和B室是两种多兆碱基结构域，其特征是活性和非活性染色质的空间分离我们检查了SCNT胚胎发育连续阶段的三维染色质结构，发现在SCNT胚胎发生过程中，包括隔间和TAD在内的高阶染色质结构以特定阶段和协调的方式溶解和重新建立。

原创 2024.5.15文献分享【ChIP-R: Assembling reproducible sets of ChIP-seq and ATAC-seq peaks from multiple...】

可重复性实验是指在多个独立的重复实验中进行的、结果一致的实验，测量整个实验的可重复性表明了所得数据集的整体质量，因此对科学过程至关重要。IDR 的标准实施仅限于一次评估两个重复样本，要求峰值在两个重复样本中都出现，并将重现性指标分配给峰值调用者偏爱的（单一、未调整的）峰值所代表的区间。如果目标是合并两个以上的重复样本，最简单的方法是取各重复样本的峰值之和。我们证明，对秩积检验的改良提高了从 ChIP-seq 数据中提取的生物信息的质量，同时通常（但不限于）优于其他将多个重复数据进行统计组合的方法。

原创 2024.5.13文献分享【Cell fate roadmap of human primed-to-naive transition reveals preimplantation cell...】

图 5g，补图 6c），而在原始细胞向幼稚细胞过渡的过程中，由第 6 天的 SSEA4+ 和 SSEA4- 细胞、第 8 天的 RFP- 细胞以及 nESC 衍生的内胚层细胞系表现出强烈的 PrE 特征，富集表达 PrE 相关基因（图 5g，补图 6c）。天真多能性相关基因（如 DNMT3L 和 NANOG）的基因座不仅在向天真多能性转变的细胞中被打开，而且在 RFP 阴性的中间体中也被打开（图 3b-g），这表明这些 RFP 阴性的细胞可能仍然具有达到天真多能性状态的潜力。28（图1b，c）。

原创 MEME（预测motif）下载

nmotifs 想要生成的motif数量。meme --help#查看安装是否成功。#输入为test.fa。

原创 Error in Ops.data.frame(guide_loc, panel_loc) : ‘==‘ only defined for equally-sized data frames

找了好多资料，把patchwork更新到1.1.3版本即可。最近在跑seurat时，遇到了新bug，头大。

原创 pyscenic出现bug

在github找到解决方案。

原创 package ‘SparseArray’ not installed because it is not built for UCRT

BiocManager::install('SparseArray',type="source")，指定从源代码安装，强制UCRT系统构建相应的二进制文件。安装程序包‘C:/Users/win10/Downloads/SparseArray_1.2.4.tar.gz’时退出狀態的值不是0。在Bioconductor下载了源码包也没法安装成功，出现。今天下载SparseArray一直出现一个问题，如下。

原创 windows安装R4.3.3

把C:\Users\win10\AppData\Local\R\win-library\4.2全部 copy到C:\Users\win10\AppData\Local\R\win-library\4.3，再打开rstudio即可。然后重启rstudio，即切换到了4.3.3版本，用的时候，发现没有包，发现忘了copy，所以把4.2里的包copy到4.3文件夹。下载后得到exe安装，默认安装到了C:\Program Files\R，因为之前已经安装了4.2.3，所以新建了文件夹为4.3.3，两者互不干扰。

原创 linux上rstudio更换R版本无效（无root）

今天要下载一个包remotes::install_github("carmonalab/UCell")然后就成功了，但是在切换rstudio时，发现必须要root权限，没办法，只有直接启动4.3.1跑了。系统提示我服务器上的R语言版本为4.1.0，而UCell要4.3.0以上。输入代码即可，或者直接在新环境下使用脚本。拷贝R包，把原来4.1拷贝过来。所以首先下载了4.3.1。

原创 scFEA安装

并将scFEA.py文件第172行改为geneExprDf = pd.concat([geneExprDf, temp], ignore_index=True)5.尝试运行代码，一直出问题，append的问题。1.创建新环境python310。2.进入新环境python310。seurat对象使用scFEA。4.检查scFEA是否安装好。

原创 为jupyter安装和使用不同的python版本

安装好jupyter后，发现为默认的python3，想要切换到python3.10，4.安装ipykernel到你的conda环境。3.下载jupyter notebook。5.将环境添加到Jupyter的内核。6.选择python310，就可以啦。1.创建新环境python310。2.进入新环境python310。

原创 本地远程访问Linux服务器上的jupyter notebook

这将会保存在本地文件/home/zhangsan/.jupyter/jupyter_server_config.json里面把下面的复制粘贴到文件开头，并保存。

原创 【endnote】advanced science

然后，发现了一个问题，Nat Methods应该是Nat. Methods Genome Res应该是Genome Res.按理来说Nat Methods应该在word更新后是Nat. Methods，但是发现还是Nat Methods。首先，上网下载了advanced science的格式ens，然后导入到endnote。发现标准引用格式如下，显示所有作者，不显示titile等。选择对应的专业导入，导入之后，发现如下。发现不对，于是乎调整了格式。耗费了好久之后，找到原因，

原创 endote格式修改（Nature communcations）

投稿Nature communcations时，发现网上下载的ens格式跟2023年发表出来的存在很大不同，所以需要自己修改。现在是Author. Title. Journal. Year;Volume:Pages. `doi:` DOI.把原来的7改为6,即作者在6以下，全部显示，在6及6以上，只显示第一个，后面显示et al。`doi:`代表输入字符doi，比如你想输入good!解读一下原来是Author. Title. Journal。et al把原来Italic打钩取消。Journal是杂志。

原创 2024.3.10文献分享【VGLL1 cooperates with TEAD4 to control human trophectoderm lineage specification】

这三种因子在基因组中的分布表明，VGLL1 和 YAP 既有共同的功能，也有独特的功能。对这四种转录因子的结合模式进行的四向维恩图比较显示，VGLL1-TEAD4-GATA3-TFAP2C 和 VGLL1-TEAD4-GATA3 结合位点之间的重叠最大，而 VGLL1-TEAD4-TFAP2C 的重叠较小（图。接下来，我们根据已发现的 TEAD4 结合峰的类别，对 H3K27ac（幼稚 ESCs 和 TELC-D5 细胞）和 VGLL1（TELC-D5 细胞）的占据率进行了信号密度堆积分析（图。

原创 homer安装

1.下载configureHomer.pl。5.homer，即可。

原创 cuttag

1、官方流程，太空了，还是得结合文章分析。2、paper流程参考。

原创 投稿文件准备复盘

首先检查文中插入的figure，按照figure1a,1b,1c......1f,一直到supplementary figure7a,7b...........7g,这样检查， 检查是否有图片漏插入，是否有图片插入顺序有误，对应figure和supplementary figure检查。，检查横坐标，纵坐标，图例，数字，百分号，pvalue，小标题，对应。1、实验做完，数据产出后，开始分析数据，讨论，分析，讨论，补充实验。，再开始用endnote插入文献，再写上作者，单位，这样基本。

原创 endnote设置引用格式

3.引用的时候发现显示的插入是4-7，但是看了最近nature methods的是4,5,6,7。edit里的output styles，选择Edit Nature Methods。2.下载到的ens用endnote打开，可以导入nature methods格式。1在这上面找到合适的style，比如搜索nature methods。

原创 IGV图片如何保存为矢量图

1.选择save image保存。6.拖入AI中就可以编辑了。3.将svg用浏览器打开。

原创 R语言所有shape

原创 2024.1.8文献分享【Live birth of chimeric monkey with high contribution from embryonic stem cells】

【Title】Live birth of chimeric monkey with high contribution from embryonic stem cells【Publication Book】Cell【Publication Time】2023.NOV【Abstract】Here, we have systematically tested various culture conditions for establishing monkey naive embryonic stem

原创 GEO数据上传教程 SuperSeries

metadata spreadsheet模板可以在下方下载，一个组学数据填写一个，我有两个组学数据，所以要填写RNA-seq以及WGBS，对应两个xlsx。然后选择RNA-seq文件夹，提交了RNA-seq的metadata数据，提交的时候在comment要求定义为一个super系列，也提供了大标题名，首先选择WGBS文件夹，提交了WGBS的metadata数据，提交的时候在comment要求定义为一个super系列，并提供了大标题名。因为有两个组学数据，我分别建了两个文件夹，WGBS和RNA-seq，

原创 TEtranscripts文章引用参数

用star比对到hg38，参数为--outFilterMultimapNmax 100 -winAnchorMultimapNmax 200，然后再用TEcount的multi计数。官网里面的用法，推荐是STAR --outFilterMultimapNmax 100 -winAnchorMultimapNmax 100。比对到hg38，用TEcount得到count，然后count标准化为cpm，用全部蛋白编码基因+TE，进行cpm标化。同时用了TEtranscripts和TElocal。

原创 bedtools提取基因组Exon、Intron、Intergenetic、Promoter、Enhancer、CpG island、5’UTR、3’UTR、repeat基因坐标

这些基因中，那些编码蛋白质的序列被称为外显子，而那些没被表达的序列则被称为内含子。5'-UTR：5'-UTR是5'-非翻译区（5' Untranslated Region）的缩写，是成熟mRNA位于编码区上游不被翻译为蛋白质的区域。3'-UTR：3'-UTR是3'-非翻译区（3'-Untranslated Region）的缩写，是成熟mRNA位于编码区下游不被翻译为蛋白质的区域。1.4 起始密码子属于5’UTR+CDS中CDS区域，终止密码子不属于CDS+3’UTR中的CDS区域。3.按照染色体顺序排序。

原创 2023.12.11文献分享【Rolling back human pluripotent stem cells to an eight-cell embryo-like stage】

从人类 PSC 中生成 8CLC。

原创 2023.12.12文献分享【The DNA methylation landscape of human early embryos】

4.DNA 甲基化动态和转座元件表达模式。

原创 Slingshot：单细胞数据的轨迹推断

这里不介绍安装，直接介绍seurat如何结合Slingshot进行分析，想要看从头的，可以查看R包官网说明。做轨迹分析前已经有一个经过质控、降维、聚类并且完成注释的。对象，因此我们首先要构建一个。

原创 2023.12.6文献分享【Complex Analysis of Single-Cell RNA Sequencing Data】

4.Tools,etc., 移除前后 hierarchical clusteringBIRDscTE。

原创 linux安装mamba

方法一：Install mamba in the base environment。方法二：github下载安装。

原创 mRNA比对原理（举例简述）

3.上机从3端开始测序，也就是fastq序列为。4.bam结果比对到的基因序列应该是。2.那么反转录后的cDNA应该是。1.比如mRNA的序列为。

原创 2023.11.30文献分享

【Title】Single-Cell RNA Sequencing Analysis: A Step-by-Step Overview【Publication Book】RNA Bioinformatics【Publication Time】2021 April1. Introduction2.The Laboratory Workflow of scRNA-seq(I) Samples are dissociated into a single-cell suspension.(II) As lysed

原创 DNA测序（基因组测序）与RNA测序

首先基因组测序产生reads，然后对reads进行组装产生长片段Contigs，再确定Contig的方向和顺序，组装产生更长的片段Scaffolds，最后再组装连接Scaffold得到完整的染色体序列。2、RNA测序也就是所谓的RNA-seq,通常指的是转录组测序,只测细胞中的转录本.只有基因组中被转录出来的那部分能测到.通常用于寻找差异表达基因。1、DNA测序，基因组测序，即整个基因组都测,不管转录不转录,通常用于基因组组装,重测序进行。【基因组组装与转录本组装异同】

原创 2023.11.28文献分享

ACS NanoWorkflowp。

原创 重复序列定义以及分类

长散布元件1（Long Interspersed Elements-1，LINE-1）是目前发现的唯一一个能够发生自主性转座的逆转录转座子，它自身能够翻译产生反转录所需要的酶，超过30%的人类基因组是由LINE-1逆转录转座直接或间接得到的。人的全长LINE-1长约6.0 kb，含有位于5’非翻译区（UTR）的内部启动子和两个不重叠的开放阅读框，ORF1和ORF2，由一个短的内部ORF spacer间隔，这两个ORF都是LINE-1反转录转座所必需的。（Tandem Repeats，TRs）和。

原创 2023.11.27文献分享

100-1000nmExosomesoncosomes(1–10 μm)

原创 2023.11.26文献分享

ppvalue.

原创 RepeatMasker-4.1.5安装步骤

（2）将解压文件README.RMRBSeqs以及RMRBSeqs.embl移动到RepeatMasker的Libraries文件夹中。1.配置工具TRF（Tandem Repeats Finder）（3）按照提示输入TRF以及RMBlast位置。3.下载RepeatMasker。4.下载数据库文件Repbase。2.配置工具rmblast。

原创 Linux Windows相互下载 传输文件 scp命令

把服务器的/mnt/datadisk/username/project_n/00fastq_data/P_rep1_1.fastq.gz下载到本地E:/project_n。把E:/project_naivescreen_RNA_seq/test1111.txt上传到服务器/mnt/datadisk/username。2、window上传文件到window。1、linux下载文件到window。参数p不一定要加，port默认为22。window上操作 打开cmd。

原创 Boxplot+geom_signif

group_list1为小分组。group_list2为大分组。