21、利用短程相互作用和模拟遗传策略改进蛋白质接触图预测

利用短程相互作用和模拟遗传策略改进蛋白质接触图预测

1. 不同预测方法性能对比

在蛋白质接触图预测领域，有多种方法可供选择。为了评估这些方法的性能，研究人员采用了敏感性（S）和相对于随机预测器的改进（R）这两个指标。将蛋白质按照序列长度（Ls）分为以下几类：Ls < 100、100 ≤ Ls < 170、170 ≤ Ls < 300、Ls ≥ 300。具体的对比结果如下表所示：
| 方法 | Ls < 100(65) | | 100 ≤ Ls < 170(57) | | 170 ≤ Ls < 300(30) | | Ls ≥ 300(21) | |
| — | — | — | — | — | — | — | — | — |
| | S | R | S | R | S | R | S | R |
| DTP | 0.12 | 2.33 | 0.05 | 2.75 | 0.03 | 4.26 | 0.03 | 7.52 |
| DTPsi | 0.13 | 2.10 | 0.07 | 2.14 | 0.06 | 1.18 | 0.04 | 3.47 |
| DTPsi ed | 0.18 | 1.71 | 0.14 | 1.61 | 0.13 | 1.38 | 0.12 | 1.49 |

1.1 DTP、DTPsi 和 DTPsi ed 方法介绍

• DTP ：是一种基于决策树的蛋白质接触图预测方法。
• DTPsi ：该方法以短程相互作用为基础训练预测器。考虑到寡肽是由几个氨基酸