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RSS订阅原创 linux远程服务器传输文件
定义：SCP（Secure Copy Protocol）是一种基于SSH协议的文件传输命令，用于在本地计算机和远程服务器之间，或者两个远程服务器之间安全地复制文件和目录。优势：它通过SSH协议进行数据传输，确保数据传输过程的安全性，同时支持文件和目录的复制操作。
2025-04-03 08:38:54
328
原创 【无标题】
https://academic.oup.com/genetics/article/221/4/iyac091/6603118?login=true#367435093生育酚和生育三烯酚（统称为维生素E）是脂溶性抗氧化剂，对植物适应性和人类健康都非常重要。种子油是维生素E的主要膳食来源，但这些油通常富含维生素E活性较低的生育酚异构体。生育酚和生育三烯酚的生物合成途径在植物物种中是保守的，但对于大多数谷物种子中生育酚和生育三烯酚水平自然变异的基因和机制的综合了解仍然有限。为了解决这一问题，我们利用了包含约15
2025-03-30 14:14:02
530
原创 U6 生物发生样 1 通过影响 U6 snRNA 的 3‘ 末端加工，在玉米籽粒和幼苗发育中发挥重要作用
随着对食品、饲料、能源以及其他工业应用需求的不断增加，玉米籽粒发育受到了广泛关注。据估计，大约有300个玉米基因决定了可见胚乳表型（Neuffer和Sheridan，1980）。由于突变体的构建和分析（Sheridan和Neuffer，1980；Clark和Sheridan，1991；May等，2003；McCarty等，2005），在过去几十年中，许多对玉米籽粒发育至关重要的基因已被鉴定，包括影响胚乳中淀粉和蛋白质积累的基因（Bhave等，1990；Preiss等，1990；James等，1995；
2025-03-26 13:19:28
848
原创 SSH 连接中主机密钥验证失败问题的解决方法
文件中仍然保存着旧的密钥记录，导致 SSH 客户端无法验证主机身份。文件中的密钥记录与远程主机的密钥不匹配。该问题通常是由于远程主机的 SSH 密钥发生了变化，而本地的。如果连接成功，SSH 隧道将建立。确保你的 SSH 客户端配置正确。然后重新运行 SSH 命令，SSH 客户端会自动重新生成。此时，SSH 客户端会提示你是否接受新的主机密钥。如果版本过低，建议更新 SSH 客户端。文件中移除与指定主机相关的密钥记录。在 CMD 中运行以下命令，删除。文件并添加新的主机密钥。并回车，即可继续连接。
2025-03-10 17:58:22
481
原创 PH|EH————meta
Mapping QTL for Several Drought Related Traits in Maize(Zea mays L.)under Field ConditionQTL Analysis of Plant Height and Yield of Maize under Drought and Irrigation ConditionAddressing drought tolerance in maize by transcriptional profiling and mapping
2025-03-09 23:54:25
619
翻译 Illumina MaizeSNP50 BeadChip
玉米SNP50芯片，实现对玉米遗传变异最全面的检测•平均呼叫率超过99%，重复性为99.99%。•利用超过55,000个均匀分布的标记，实现全基因组覆盖。•采用无需PCR的Infinium® HD检测技术，操作简便。•最多可并行检测24个样本。玉米（Zea mays L. ssp. mays）是由中美洲的草本植物——野生玉米（teosinte）驯化而来的，驯化过程大约持续了1万年。玉米是研究基因遗传和功能的基础研究中的重要模式生物，同时也是重要的农作物。
2025-03-09 11:14:57
53
原创 10 个玉米重组自交系种群植物结构的遗传基础
植物株型是影响玉米（Zea mays）种植密度和籽粒产量的关键因素。然而，不同遗传背景下植物株型的遗传机制尚未得到充分解析。在此，我们对10个与植物株型相关的性状进行了大规模表型分析，并在源自14种不同遗传背景的10个重组自交系群体中剖析了控制这些性状的遗传位点。我们鉴定出近800个具有主效和微效的数量性状位点（QTLs），它们对植物株型相关性状的表型变异有贡献。其中92%的QTLs仅在一个群体中被检测到，这证实了作图群体的遗传背景多样性以及玉米中稀有等位基因的普遍存在。
2025-03-07 23:10:06
945
原创 meta|BioMercator：整合遗传图谱和 QTL 以发现候选基因
总结：育种计划面临着将基因组学信息和数量性状位点（QTL）分析结果整合起来的挑战，以便识别控制重要性状变异的基因组序列。尽管已经开发了综合数据库，但从多个图谱中收集的基因、QTL和其他位点构建共识图谱仍然是一个手动且繁琐的任务。然而，这是揭示基因和QTL之间共定位的关键步骤。另一个重要问题是确定是否在独立实验中检测到的与相同性状或相关性状相关的QTL是否位于同一区域，并且是否代表一个单一的位点。统计工具（如元分析）可以用来回答这个问题。
2025-03-06 20:46:11
794
原创 玉米籽粒品质相关性状的GWAS和Meta-QTL分析
这个全面的数据集包括28个组织和发育阶段[40]，如胚胎（16、18、20、22、24 DAP）、胚乳（12、16、18、20、22、24 DAP）、全种子（2、4、6、8、10、12、14、18、20、22、24 DAP）、花药（R1）、玉米棒（R1、V18）、蚕丝（R1）和穗原基（2-4 mm和6-8 mm）。使用 NIRS DA 1650™ （Foss， Hilleroed， Denmark） 测量玉米粒的蛋白质含量 （PC）、油含量 （OC） 和淀粉含量 （SC）。
2025-03-06 20:29:46
570
原创 使用 `bcftools query` 和 `awk` 处理 VCF 文件
比较不同样本的基因型。这样可以有效地解决基因型合并输出的问题，确保数据处理的准确性和灵活性。是一个特殊字符，用于引用 VCF 文件中的字段。每个字段都有一个对应的占位符，这些占位符以。提取 SNP 变异信息时，发现多个样本的基因型被放在了同一列中，导致无法直接通过。的格式字符串，确保每个样本的基因型在单独的列中输出，然后使用。比较不同样本的基因型。开头，后跟字段名称或简写。希望这个解释能帮助你更好地理解。
2025-03-02 23:26:07
433
翻译 玉米中的 Meta 基因调控网络突出了功能相关的调控相互作用
周 et al.， 2019]， 11 人口研究 [Eichten et al.， 2013;周 et al.， 2019） 和 4 项 RIL 研究 [Li et al.， 2013;Wang et al.， 2018]）从国家生物技术信息中心序列读取档案下载，使用 fastp （Chen等人，2018 年）进行修剪，并使用 hisat2 （Kim et al.， 2015） 映射到玉米 B73 AGP_v4基因组（Jiao et al.， 2017）。
2025-02-25 22:34:05
17
翻译 通过多组学网络集成确定玉米代谢基因调节因子的优先级
阐明基因调控网络是植物系统生物学的一个主要研究领域。表型特征与特定的基因表达谱密切相关。这些表达模式主要源于转录因子（TFs）及其靶基因之间的调控连接。在此，我们整合了46个共表达网络、283个蛋白质-DNA相互作用（PDI）实验以及用于鉴定表达数量性状位点（eQTL）的1600万单核苷酸多态性（SNPs），以构建转录因子-靶基因网络。总体而言，我们分析了约460万种相互作用，生成了四种不同类型的转录因子-靶基因网络：共表达、PDI、转eQTL以及顺式eQTL与PDI的结合。
2025-02-25 22:12:07
30
翻译 eqtl|在玉米籽粒发育早期，通过整合 eQTL 分析揭示的籽粒大小相关基因
在玉米中，籽粒性状强烈影响整体谷物产量，众所周知，基因表达的复杂时空程序会协调籽粒发育，因此提高我们对籽粒发育的了解有助于提高籽粒产量。在这里，使用授粉后 5 天和 15 天 （DAP） 玉米粒的表型、基因型和转录组学数据进行大型关联绘图组，我们采用了多种定量遗传学方法——全基因组关联研究 （GWAS） 以及表达数量性状基因座 （eQTL） 和数量性状转录本 （QTT） 分析——以深入了解玉米籽粒发育的分子遗传基础。
2025-02-25 21:58:56
90
翻译 联合连锁和关联作图揭示了玉米植株和穗高的 QTL 和候选基因
株高 （PH） 和穗高 （EH） 是与玉米种群密度和倒伏相关的两个非常重要的农艺性状。为了更好地了解 PH 和 EH 自然变异的遗传基础，使用两个双亲群体和一个全基因组关联研究 （GWAS） 群体来绘制这两个性状的数量性状位点 （QTL）。表型数据分析显示 PH 和 EH 在 3 个居群中呈较宽的正态分布和高遗传力，这表明玉米高度是一种高度多基因性状。在多个环境下，通过QTL定位在两个双亲本群体中，在三个共同基因组区域（bin 1.05、5.04/05和6.04/05）中共鉴定出21个PH和EHQTL。
2025-02-22 21:39:58
43
翻译 使用玉米双亲永生化杂合群体对株高和穗高进行 QTL 定位
玉米 （Zea mays L.） 是世界上最重要的作物之一，因为它在确保粮食安全和促进经济发展方面发挥着关键作用。Hossain 等人，2022 年).“绿色革命”通过开发小麦和水稻等农作物中的矮小品种，解决了与广泛施肥引起的植物过度生长和倒伏相关的问题。库什，2001 年;Evenson 和 Gollin，2003 年;Hedden， 2003 年).我们对作物植物结构的理解取得了很大进展，并且已经确定了各种作物的理想植物结构特征 （Jafari 等人，2023 年).
2025-02-22 21:23:00
33
原创 R语言|误差棒、显著符号柱状图
看这个https://mp.weixin.qq.com/s/3O618tFVccxD2KJ9Es7EGQ。以及~/yiyaoran/jupyter/mean-p-R/PH_EH/表型数据分析.ipynb。
2025-02-20 16:44:14
123
翻译 eqtl、mr|绘制控制玉米干旱响应和耐受性中基因表达的调控变异
基因表达是细胞反应的关键决定因素。基因表达的自然变异将遗传变异与表型改变联系起来。鉴定控制基因表达以响应干旱的调节变异，干旱是全球作物生产的主要环境威胁，对于耐旱基因鉴定具有重要价值。
2025-02-20 09:50:23
35
翻译 基因组学深度学习入门
深度学习方法是一类机器学习技术，能够识别大型数据集中高度复杂的模式。在这里，我们提供了深度学习在基因组分析中的应用的观点和入门知识。我们讨论了调控基因组学、变异检出和致病性评分领域的成功应用。我们包括有关如何有效使用深度学习方法的一般指南以及工具和资源的实用指南。本入门指南附有交互式在线教程。
2025-02-20 09:39:20
34
翻译 全球转录组和加权基因共表达网络分析揭示了与玉米株高发育相关的杂交特异性模块和候选基因
株高是玉米育种的一个重要性状，因为它与抗倒伏性和产量密切相关，据报道由多个定性和定量基因决定。然而，在玉米中与株高相关的基因很少。本文选取了 3 个株高差异极为不同的玉米杂交种，将其进一步分为低 （L）、中 （M） 和高 （H） 组，在拔节期 （I）、大耀斑期 （II） 和抽穗期 （III） 三个关键发育阶段进行 RNA 测序。有趣的是，从低到高的杂交种的转录组谱在拔节期和大耀斑期都表现出显著的相似性。然而，在抽穗期，从低组到中组或高组的杂交种之间可以检测到显著较大的差异表达基因。
2025-02-19 19:42:36
48
翻译 meta|玉米植物形态、产量、保持绿色和抗病毒病性 QTL 的综合荟萃分析 （Zea mays L.）
玉米是三大谷类作物之一，不仅可以作为主食，还可以作为饲料和生物能源的原料。在不断变化的世界中，提高玉米的产量潜力、稳定性和性能有利于全球粮食安全。分子育种是提高玉米生产力的一种很有前途的方法。分子育种的先决条件之一是解剖农艺性状背后的遗传基础。玉米中大多数重要的农业性状是定量的，并且受许多基因控制，影响很小。连锁作图和关联分析已被用于确定玉米农业重要性状的遗传位点（Wallace 等人，2014 年）。株高与作物生产过程中的抗倒伏性和收获指数有关。
2025-02-19 19:39:14
35
翻译 玉米 ZmMADS42 基因的克隆及功能分析
玉米 （Zea mays L.） 是一种一年生草，属于禾本科玉米属。它是畜牧业和水产养殖业的重要饲料来源，是食品、医疗和保健行业以及化学工业的重要原材料。引文1开花是植物生长的关键阶段，标志着从生殖生长向营养生长的过渡。开花受多种因素的影响，包括内源性激素和环境因素，这些因素受一系列信号转导途径的调节。引文2通过对植物开花的研究，发现了多种途径，包括细胞分裂素、油菜素类固醇、温度敏感和糖代谢途径。引文3–6开花是植物生长的关键阶段，开花时间的变化会导致玉米发育过程的变化。
2025-02-19 19:34:47
20
翻译 基于玉米综合QTL图谱和株高QTL的元分析的比较研究
https://link.springer.com/article/10.1007/s11434-006-2119-8收集了1201个已发表的玉米数量性状位点（QTL），这些QTL涉及68个性状，并将其导入本地的CMap软件中，构建了一个综合的QTL图谱。该图谱可用于标记挖掘、QTL定位、基因克隆和标记辅助选择。玉米的综合QTL图谱显示，各种性状的QTL通常在所有染色体上呈聚集分布。玉米的22个株高QTL与水稻的64个株高QTL共线，玉米的43个产量QTL与水稻的7个产量QTL共线。通过“概览”分析，对玉米
2025-02-18 21:45:53
57
原创 控制玉米株高基因 PHR1 的基因克隆
https://zwxb.chinacrops.org/CN/10.3724/SP.J.1006.2024.33011
2025-02-13 21:24:17
211
翻译 玉米基因 ZmRPH1 编码一种微管结合蛋白，该蛋白控制植物株高和穗位高度。
在2日龄的幼苗中，我们观察到93%的B73-329根表皮细胞中的微管呈横向排列，而OE2或OE4细胞中横向微管的比例不到10%。经过高速离心后，生物素标记的赖氨酸标记的ZmRPH1蛋白与预先聚合的微管一同沉降于沉淀中，表明其在体外直接与微管结合（图1i）。在水稻（Oryza sativa）和小麦（Triticum aestivum）的育种中，矮秆和半矮秆突变体已被广泛使用，相关的“绿色革命”基因（如水稻中的sd1和小麦中的Rht）通常涉及赤霉素（GA）的生物合成或信号传导。
2025-02-13 21:01:40
60
翻译 株高|ZmTE1 通过调控玉米的节间分生组织形成和节间细胞伸长来促进株高
玉米的高度由节点数量和节间长度决定。节点数量受节间分生组织形成的驱动，而节间长度则由节间细胞的伸长决定。然而，调控节点建立和节间生长的机制尚不清楚。我们筛选了EMS诱导的玉米突变体，并鉴定出一个与**终端耳基因1（ZmTE1）**的单一碱基变异相关的矮化突变体zm66。详细的表型分析表明，zm66（zmte1-2）具有较短的节间和增加的节点数，这分别是由细胞伸长减少和节间分生组织形成紊乱引起的。转录组分析显示，zmte1-2中的生长素信号基因发生了失调，细胞伸长和细胞周期相关基因也受到影响。
2025-02-13 20:44:17
116
原创 基因长度的计算
计算基因长度是基因组分析的重要环节，需谨慎处理数据源、计算方法和基因模型定义。通过对具体案例的分析，可以更好地理解基因长度计算的复杂性和重要性。
2025-02-11 16:20:16
322
翻译 玉米网络分析揭示了参与发育、养分利用、代谢和胁迫反应的基因模块
这些模块为相关的生物过程提供了一般情况，并为未来的功能研究确定了已知基因以及潜在的、迄今为止尚未连接的候选基因。该网络包含 20,269 个基因，组装成 964 个基因模块，这些模块在各种植物过程中发挥作用，例如细胞组织、花序、叶子和籽粒的发育、营养物质（例如氮和磷酸盐）的吸收和利用、苯并氧杂氮苷、氧磷脂、类黄酮和蜡的代谢，以及对压力的反应。该网络阐明了在进化分化的背景下不同物种之间的基因模块是如何组织的，并突出了其结构和基因内容可以为具有应用潜力的玉米基因功能研究提供重要资源的模块。
2025-02-10 23:26:45
60
翻译 CSGD-YOLO：基于YOLOv8n的玉米种子萌发状态检测模型
种子质量检测对于确保粮食安全和稳定至关重要。为准确检测造纸培养基发芽试验过程中玉米种子的发芽状态，本研究提出了一种基于 YOLO v8n 的玉米种子发芽状态检测模型 （CSGD-YOLO）。最初，为了减轻传统模型中遇到的复杂性，设计了一种轻量级空间金字塔池化快速 （L-SPPF） 结构来增强特征的表示。同时，利用 GhostConv 架构设计了一个名为 Ghost_Detection 的检测模块，以提高检测效率，同时减少参数数量和计算开销。
2025-02-10 22:52:47
53
原创 基于图形高斯模型的拟南芥基因网络
我们描述了一个基于改良图形高斯模型（Graphical Gaussian Model, GGM）的拟南芥转录组基因网络。通过偏相关性（partial correlation, pcor），GGM能够推断基因对之间的共调控模式，这些模式是基于其他基因行为的条件而得出的。经过正则化的GGM每次计算约2000个输入基因对之间的偏相关性。通过将正则化GGM与基因的迭代随机抽样相结合，我们构建了一个覆盖拟南芥全基因组（22,266个基因）的网络。
2025-02-10 20:22:16
1009
翻译 使用图形聚类方法从共表达模块中鉴定出潜在的拟南芥硫代葡萄糖苷基因
植物次生代谢物分为三个化学上不同的类别：萜烯、酚类和含氮化合物（Taiz & Zeiger，2010）。生物碱、生氰苷、非蛋白质氨基酸 （NPAA） 和硫代葡萄糖苷是含氮化合物的例子（Wink，2015 年）。硫代葡萄糖苷 （GSL） 以保护植物免受入侵的害虫和病原体以及预防人类癌症而闻名（Tang 等人，2010 年;Frerigmann等人，2016 年;Megna等人，2016 年;
2025-02-06 00:37:31
39
翻译 小麦雌蕊相关基因和网络的共表达网络分析
作物雄性不育具有重要的理论研究和育种应用价值。HTS-1 的雄蕊转化为雌蕊或雌蕊状结构，是春季三雌蕊 （CSTP） 小麦中重要的雄性不育材料。然而，HTS-1 中雌蕊发育的分子机制仍然是一个谜。11 个小麦组织的 RNA-seq 数据来自美国国家生物技术信息中心 （NCBI），包括 CSTP 的雄蕊和 HTS-1 的雌蕊和雌蕊。鲑鱼程序用于量化 11 种小麦组织的基因表达水平;基因定量结果通过每百万转录本 （TPM） 进行标准化。
2025-02-06 00:32:14
75
翻译 基于共表达网络和差异表达基因分析水稻干旱和热胁迫响应基因
这些阵列数据集包括 GSE136746 （Ps et al.， 2017）、GSE41648 （Sharma et al.， 2021）、GSE14275 （胡， 胡 & Han， 2009）、GSE93917 （Wang et al.， 2020） 和 GSE83378 （Wei et al.， 2017） （表 1）。近几十年来，随着全球总人口的快速增长和对生计保障的需求，水稻遗传学和育种的重要性变得尤为关键（Huang et al.， 2016）。
2025-02-06 00:24:24
101
转载 基因共表达网络分析鉴定拟南芥中性状相关模块
基于微阵列的高通量技术已广泛应用于分析不同条件下的全基因组基因表达（Aoki et al. 2007）。使用先进的生物信息学工具，研究人员可以找到特定表型的候选基因，推断基因功能和调节（Usadel 等人，2009 年;Li 等人，2015 年;Ficklin 和 Feltus 2011 年），并进行比较共表达分析（Movahedi 等人，2012 年;Ruprecht 等人，2017 年）。作为一个强大的系统，生物可以对生物和非生物胁迫做出反应（Amrine 等人，2015 年;
2025-02-06 00:10:38
62
原创 deseq2进行差异分析时的分组问题
这段代码是使用 DESeq2 包进行 RNA-Seq 数据差异表达分析的示例。它展示了如何在不同实验设计下进行差异表达分析，包括两组比较、两条件两基因型的交互作用，以及两条件三基因型的分析。
2025-02-05 17:00:58
945
转载 批量处理RNA-seq数据的Shell脚本学习笔记
在Shell脚本中，循环结构是一种基本的控制流结构，用于重复执行一系列命令。两种最常用的循环是for循环和while循环，它们各自有不同的用途和语法。For循环for循环用于遍历一系列值（例如，一组数字、字符串列表或文件等），对每个值执行一组命令。基本语法do# 执行命令done示例dodone这个循环将打印数字1到5。While循环while循环用于在给定条件为真时重复执行一组命令。当条件不再为真时，循环终止。基本语法do# 执行命令done示例counter=1dodone。
2025-02-04 18:01:43
54
转载 差异表达基因的火山图和热图
通过上述步骤，你可以使用R语言和DESeq2绘制差异表达基因的火山图和热图。这些可视化方法有助于理解和解释RNA-seq数据分析的结果。
2025-02-04 17:46:18
363
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